More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_2411 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_2166  extracellular ligand-binding receptor  92.02 
 
 
376 aa  719    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.179903  normal  0.0643115 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2411  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
376 aa  766    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.32979  normal  0.572085 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3159  extracellular ligand-binding receptor  86.97 
 
 
376 aa  633  1e-180  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4914  extracellular ligand-binding receptor  79.47 
 
 
375 aa  625  1e-178  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.113346  normal  0.710388 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1728  Extracellular ligand-binding receptor  82.71 
 
 
375 aa  612  9.999999999999999e-175  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1925  extracellular ligand-binding receptor  80.37 
 
 
377 aa  609  1e-173  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0315464  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2119  extracellular ligand-binding receptor  77.93 
 
 
376 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00221988  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1940  putative secreted substrate binding protein  76.6 
 
 
375 aa  599  1e-170  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.15659  normal  0.0532415 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4919  extracellular ligand-binding receptor  76.6 
 
 
376 aa  595  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2197  extracellular ligand-binding receptor  68.62 
 
 
376 aa  545  1e-154  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.974618 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0371  extracellular ligand-binding receptor  68.8 
 
 
383 aa  535  1e-151  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3084  extracellular ligand-binding receptor  70.11 
 
 
386 aa  533  1e-150  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0552294  normal  0.474312 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  69.66 
 
 
381 aa  530  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4810  extracellular ligand-binding receptor  55.56 
 
 
422 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.422272  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2592  extracellular ligand-binding receptor  58.12 
 
 
398 aa  411  1e-114  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0214076 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  56.82 
 
 
400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2733  Extracellular ligand-binding receptor  58.64 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.464024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  55.34 
 
 
401 aa  399  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  52.13 
 
 
381 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3346  extracellular ligand-binding receptor  55.11 
 
 
380 aa  397  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  53.32 
 
 
381 aa  397  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  53.46 
 
 
380 aa  393  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0270  extracellular ligand-binding receptor  54.18 
 
 
460 aa  392  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186259  normal  0.56965 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.86 
 
 
402 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.19 
 
 
380 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  52.93 
 
 
376 aa  389  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.93 
 
 
380 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  53.19 
 
 
380 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  53.19 
 
 
380 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.93 
 
 
380 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  53.19 
 
 
380 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.46 
 
 
380 aa  390  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  52.93 
 
 
380 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  52.93 
 
 
380 aa  388  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  54.96 
 
 
401 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  54.67 
 
 
401 aa  386  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  52.66 
 
 
380 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  52.66 
 
 
391 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  52.66 
 
 
380 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2101  Extracellular ligand-binding receptor  52.12 
 
 
380 aa  385  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  52.66 
 
 
391 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  50.54 
 
 
371 aa  382  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  52.71 
 
 
399 aa  381  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  54.11 
 
 
377 aa  381  1e-104  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  50.91 
 
 
393 aa  379  1e-104  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1592  leucine-specific binding precursor transmembrane protein  51.52 
 
 
380 aa  378  1e-103  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  52.12 
 
 
381 aa  374  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  54.49 
 
 
336 aa  369  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0821  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.12 
 
 
399 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  51.84 
 
 
380 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.84 
 
 
380 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  51.84 
 
 
372 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  51.56 
 
 
378 aa  365  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.84 
 
 
380 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  48.15 
 
 
382 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.84 
 
 
380 aa  367  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  51.84 
 
 
380 aa  367  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  51.84 
 
 
384 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  51.84 
 
 
384 aa  363  3e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
369 aa  361  9e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  50.57 
 
 
399 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  48.46 
 
 
399 aa  359  5e-98  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
384 aa  358  9e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  50.42 
 
 
384 aa  357  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  51.27 
 
 
384 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4030  extracellular ligand-binding receptor  47.34 
 
 
386 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.229342  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
384 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  50.71 
 
 
384 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3492  extracellular ligand-binding receptor  48.86 
 
 
386 aa  354  1e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.839805 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3300  putative amino-acid transport signal peptide protein  48.52 
 
 
377 aa  340  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  48.95 
 
 
381 aa  338  5.9999999999999996e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4954  extracellular ligand-binding receptor  47.31 
 
 
376 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0182124 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3052  extracellular ligand-binding receptor  47.03 
 
 
376 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3300  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.92 
 
 
379 aa  335  7e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5315  extracellular ligand-binding receptor  47.03 
 
 
599 aa  335  1e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.568135 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3017  extracellular ligand-binding receptor  47.44 
 
 
382 aa  334  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4469  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  47.54 
 
 
404 aa  334  2e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3957  putative periplasmic substrate-binding protein  46.52 
 
 
379 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.877185  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0165  outative extracellular ligand binding protein  46.52 
 
 
379 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  48.58 
 
 
384 aa  333  4e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4031  putative periplasmic substrate-binding protein  46.52 
 
 
379 aa  333  4e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3886  Extracellular ligand-binding receptor  46.19 
 
 
382 aa  331  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  46.3 
 
 
379 aa  331  1e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  46.03 
 
 
379 aa  330  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1575  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  46.52 
 
 
379 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3027  putative periplasmic substrate-binding protein  46.52 
 
 
379 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.58 
 
 
379 aa  330  2e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3344  putative periplasmic substrate-binding protein  46.52 
 
 
379 aa  331  2e-89  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2966  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  46.52 
 
 
375 aa  330  3e-89  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  45.93 
 
 
382 aa  330  3e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  48.32 
 
 
381 aa  330  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  48.29 
 
 
380 aa  329  4e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4261  extracellular ligand-binding receptor  48.49 
 
 
373 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2810  extracellular ligand-binding receptor  46.77 
 
 
377 aa  329  6e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.079562  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0129  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
379 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.212558  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2941  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
379 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.70065  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0114  extracellular ligand-binding receptor  46.67 
 
 
379 aa  328  8e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  45.58 
 
 
379 aa  328  9e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5695  Extracellular ligand-binding receptor  50 
 
 
373 aa  328  9e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.348726 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1045  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
378 aa  327  3e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>