269 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1944 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  52.6 
 
 
1042 aa  1057    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  49.06 
 
 
1210 aa  739    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  77.3 
 
 
1040 aa  1642    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.04 
 
 
1044 aa  1214    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2507  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  40.19 
 
 
1068 aa  755    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.351896  normal  0.319546 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  55.35 
 
 
1068 aa  1174    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  45.31 
 
 
1084 aa  945    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  81.25 
 
 
855 aa  1397    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  47.22 
 
 
1044 aa  927    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  79.22 
 
 
1045 aa  1676    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3082  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.65 
 
 
1085 aa  681    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  50.81 
 
 
1051 aa  1060    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.69 
 
 
1035 aa  715    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.46 
 
 
1042 aa  942    Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  55.87 
 
 
1046 aa  1193    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4010  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.18 
 
 
1067 aa  947    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  49.27 
 
 
1022 aa  982    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.53 
 
 
1028 aa  1034    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1034 aa  2133    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  85.38 
 
 
1028 aa  1801    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1213  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  47.55 
 
 
1074 aa  1011    Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  50.86 
 
 
1044 aa  1063    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.97 
 
 
1029 aa  1078    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.38 
 
 
1046 aa  1028    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0874  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  41.25 
 
 
1041 aa  813    Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.31 
 
 
1032 aa  1006    Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  48.5 
 
 
1032 aa  1009    Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  49.27 
 
 
1022 aa  982    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  52.5 
 
 
1084 aa  1135    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  46.82 
 
 
1040 aa  930    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  53.05 
 
 
1084 aa  1144    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  39.06 
 
 
1003 aa  738    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  80.64 
 
 
1026 aa  1684    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7554  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.58 
 
 
1072 aa  668    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.02 
 
 
1074 aa  666    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  38.18 
 
 
1061 aa  678    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  38.81 
 
 
1003 aa  730    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  46.39 
 
 
1053 aa  941    Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  56.23 
 
 
1052 aa  1194    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3906  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.21 
 
 
1097 aa  669    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  87.43 
 
 
1029 aa  1846    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  45.65 
 
 
1079 aa  958    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  49.53 
 
 
1070 aa  1017    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  50.33 
 
 
1060 aa  1045    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  43.86 
 
 
1031 aa  872    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  81.43 
 
 
1061 aa  1751    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2995  type I site-specific deoxyribonuclease  83.71 
 
 
539 aa  901    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1105  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  36.31 
 
 
1066 aa  627  1e-178  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.147445  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1362  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.17 
 
 
1060 aa  460  9.999999999999999e-129  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.21821 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4929  hypothetical protein  30.14 
 
 
1088 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.511306  normal  0.806169 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0881  putative type I site specific deoxyribonuclease HsdR  30.14 
 
 
1060 aa  451  1e-125  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0350782  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.58 
 
 
1046 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.68 
 
 
1065 aa  430  1e-119  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.01 
 
 
1010 aa  424  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.63 
 
 
1046 aa  421  1e-116  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0024  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.37 
 
 
1108 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.955051  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0032  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.37 
 
 
1108 aa  421  1e-116  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0395746 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  30.9 
 
 
1076 aa  411  1e-113  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.44 
 
 
1068 aa  410  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  29.21 
 
 
1059 aa  409  1.0000000000000001e-112  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3502  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.13 
 
 
1079 aa  406  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.23995 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  30.5 
 
 
1077 aa  401  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0037  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.23 
 
 
1022 aa  395  1e-108  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  0.18362  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.28 
 
 
1012 aa  392  1e-107  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.4 
 
 
1044 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0334  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.96 
 
 
1075 aa  369  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2363  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  33.8 
 
 
1067 aa  370  1e-100  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.267976 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.46 
 
 
967 aa  365  3e-99  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  30.25 
 
 
967 aa  364  5.0000000000000005e-99  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4345  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  32.64 
 
 
920 aa  360  7e-98  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.79 
 
 
1042 aa  357  5.999999999999999e-97  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.75 
 
 
1067 aa  352  3e-95  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  27.93 
 
 
1072 aa  338  2.9999999999999997e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  28.75 
 
 
1033 aa  337  7.999999999999999e-91  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.53 
 
 
1053 aa  330  6e-89  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.66 
 
 
1067 aa  327  7e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.49 
 
 
1042 aa  326  1e-87  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.6 
 
 
1000 aa  318  4e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  31.91 
 
 
1061 aa  315  1.9999999999999998e-84  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.86 
 
 
1000 aa  315  2.9999999999999996e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  32.34 
 
 
993 aa  313  9e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.57 
 
 
995 aa  312  2e-83  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  29.2 
 
 
984 aa  311  4e-83  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  28.16 
 
 
1089 aa  310  8e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  27.27 
 
 
1179 aa  308  4.0000000000000004e-82  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.57 
 
 
984 aa  308  4.0000000000000004e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.37 
 
 
1111 aa  307  6e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.82 
 
 
1084 aa  302  2e-80  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.76 
 
 
1110 aa  296  2e-78  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.4 
 
 
1087 aa  296  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.34 
 
 
1006 aa  295  3e-78  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.84 
 
 
1024 aa  285  3.0000000000000004e-75  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.23 
 
 
1020 aa  284  7.000000000000001e-75  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.48 
 
 
1020 aa  282  2e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.61 
 
 
1034 aa  281  5e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.45 
 
 
1020 aa  276  1.0000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1898  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.54 
 
 
981 aa  276  2.0000000000000002e-72  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.62 
 
 
982 aa  271  5e-71  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0101  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  25.93 
 
 
986 aa  268  5e-70  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0969  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.8 
 
 
973 aa  266  1e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.301095 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>