More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1027 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
384 aa  771    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  63.33 
 
 
383 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  61.08 
 
 
393 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  59.03 
 
 
389 aa  462  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1214  extracellular ligand-binding receptor  60.73 
 
 
380 aa  454  1.0000000000000001e-126  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  58.92 
 
 
407 aa  441  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6118  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  50.93 
 
 
379 aa  400  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.147292 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
394 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.95 
 
 
380 aa  127  3e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  29.71 
 
 
374 aa  127  3e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 
397 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3583  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
397 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.160701  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3937  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 
397 aa  124  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.108497  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.22 
 
 
397 aa  122  9e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 
405 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 
392 aa  120  4.9999999999999996e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.35 
 
 
405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.3 
 
 
399 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1695  extracellular ligand-binding receptor  29.67 
 
 
381 aa  117  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  28.25 
 
 
380 aa  116  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5102  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 
397 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.294794 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
384 aa  115  1.0000000000000001e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  30.56 
 
 
396 aa  114  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  31.29 
 
 
382 aa  114  3e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  30.77 
 
 
400 aa  114  3e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.48 
 
 
395 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  28.96 
 
 
396 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 
380 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  28.2 
 
 
403 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
385 aa  112  2.0000000000000002e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
406 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  28.35 
 
 
402 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  27.95 
 
 
404 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  30.39 
 
 
395 aa  108  1e-22  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  31.09 
 
 
391 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  28.97 
 
 
389 aa  107  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
379 aa  107  2e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.94 
 
 
376 aa  107  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3294  ABC transporter substrate binding protein (branched chain amino acid)  29.58 
 
 
368 aa  108  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0602747  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6587  Extracellular ligand-binding receptor  27.2 
 
 
388 aa  107  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  26.97 
 
 
372 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.03 
 
 
379 aa  107  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  29.19 
 
 
375 aa  107  4e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1290  branched chain amino acid ABC transporter permease  27.43 
 
 
392 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.169952  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4261  ABC branched chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  26.78 
 
 
404 aa  106  7e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
404 aa  106  9e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6489  extracellular ligand-binding receptor  28.31 
 
 
387 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.225285  normal  0.518138 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0523  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
390 aa  105  1e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0215267  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5391  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 
417 aa  105  1e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.59544  normal  0.2602 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  28.95 
 
 
370 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  29.44 
 
 
376 aa  105  1e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
386 aa  105  1e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4416  Extracellular ligand-binding receptor  26.78 
 
 
404 aa  104  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  26.91 
 
 
373 aa  103  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 
383 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
395 aa  103  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 
379 aa  102  8e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.74 
 
 
399 aa  102  9e-21  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  29.6 
 
 
371 aa  102  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  29.28 
 
 
396 aa  102  1e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2114  Extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 
405 aa  102  2e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.447818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  28.71 
 
 
412 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  26.89 
 
 
392 aa  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6014  extracellular ligand-binding receptor  26.98 
 
 
387 aa  101  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00769519 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  25.95 
 
 
415 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
396 aa  100  5e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
381 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.3 
 
 
402 aa  99.8  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 
372 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  29.38 
 
 
396 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.93 
 
 
392 aa  99.8  8e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3105  extracellular ligand-binding receptor  26.02 
 
 
389 aa  99.4  8e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.64702 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1746  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 
368 aa  99.4  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.681098  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3323  Extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 
373 aa  99.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.41386 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2480  extracellular ligand-binding receptor  29.52 
 
 
375 aa  99.4  1e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143282  normal  0.0556416 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 
379 aa  99  1e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1651  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
392 aa  98.2  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.689603  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 
375 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
381 aa  98.2  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  27.09 
 
 
372 aa  97.8  2e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
383 aa  98.6  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.55 
 
 
383 aa  98.6  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.77 
 
 
381 aa  97.8  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  27.37 
 
 
398 aa  98.6  2e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 
376 aa  98.6  2e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
396 aa  98.2  2e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.76 
 
 
379 aa  97.8  3e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2138  leucine-, isoleucine-, valine-, threonine-, and alanine-binding protein precursor  29.86 
 
 
371 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.469771  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0772  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  29.86 
 
 
371 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1586  twin-arginine translocation pathway signal  27.83 
 
 
392 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.764817 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1418  extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 
404 aa  97.8  3e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4432  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.197262  hitchhiker  0.000137112 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
382 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0486  extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 
374 aa  97.8  3e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.853674  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1582  branched-chain amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  26.91 
 
 
388 aa  97.4  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0000809144  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  28.32 
 
 
368 aa  97.4  4e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  28.1 
 
 
364 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  28.66 
 
 
399 aa  97.4  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  28.09 
 
 
366 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4947  extracellular ligand-binding receptor  29.31 
 
 
372 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>