142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0600 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  70.32 
 
 		 441 aa  638    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  68.76 
 
 		 437 aa  638    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  100 
 
 		 444 aa  909    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  68.24 
 
 		 443 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  72.13 
 
 		 442 aa  655    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  69.86 
 
 		 441 aa  636    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  69.44 
 
 		 443 aa  638    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  61.7 
 
 		 440 aa  539  9.999999999999999e-153  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  59.05 
 
 		 440 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  63.14 
 
 		 438 aa  530  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  59.56 
 
 		 441 aa  506  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.12 
 
 		 441 aa  405  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.03 
 
 		 445 aa  404  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.6 
 
 		 445 aa  403  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.7 
 
 		 440 aa  387  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  44.98 
 
 		 443 aa  364  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  44.47 
 
 		 441 aa  359  5e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  42.98 
 
 		 441 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  44.23 
 
 		 441 aa  358  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.96 
 
 		 429 aa  357  2.9999999999999997e-97  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.98 
 
 		 441 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  43.95 
 
 		 446 aa  349  5e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.73 
 
 		 429 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  43.73 
 
 		 429 aa  345  1e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  43.06 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.27 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  42.27 
 
 		 427 aa  342  9e-93  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  41.94 
 
 		 444 aa  341  1e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  43.17 
 
 		 446 aa  341  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  41.56 
 
 		 455 aa  339  5e-92  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  41.71 
 
 		 447 aa  338  9.999999999999999e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.63 
 
 		 466 aa  333  5e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 426 aa  332  6e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  41.26 
 
 		 446 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  40.24 
 
 		 444 aa  330  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  43.35 
 
 		 426 aa  329  5.0000000000000004e-89  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  41.42 
 
 		 457 aa  323  5e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  42.48 
 
 		 457 aa  322  6e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  40.69 
 
 		 429 aa  318  1e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  41.3 
 
 		 454 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  38.68 
 
 		 449 aa  310  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  41.19 
 
 		 450 aa  304  2.0000000000000002e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  39.59 
 
 		 442 aa  298  9e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.58 
 
 		 418 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.47 
 
 		 438 aa  180  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.62 
 
 		 444 aa  179  7e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  28.99 
 
 		 394 aa  135  9.999999999999999e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  26.84 
 
 		 385 aa  101  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 397 aa  94  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.99 
 
 		 391 aa  91.3  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 		 393 aa  87.4  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.45 
 
 		 403 aa  85.9  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.58 
 
 		 420 aa  86.3  0.000000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.03 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 		 389 aa  81.6  0.00000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  26.43 
 
 		 414 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.82 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  24.16 
 
 		 414 aa  77.4  0.0000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.63 
 
 		 419 aa  76.3  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.26 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.76 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  27.14 
 
 		 408 aa  72  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.65 
 
 		 379 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.33 
 
 		 426 aa  69.3  0.0000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29 
 
 		 378 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 379 aa  67.8  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.8 
 
 		 424 aa  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.25 
 
 		 438 aa  63.9  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  28.67 
 
 		 381 aa  63.9  0.000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.38 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  24.87 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 379 aa  62.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  25.62 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 		 384 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  24.06 
 
 		 428 aa  58.9  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 		 407 aa  58.2  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  21.25 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 415 aa  56.6  0.0000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24.23 
 
 		 426 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.34 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  20.77 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.43 
 
 		 407 aa  53.5  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 377 aa  53.5  0.000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  20.22 
 
 		 411 aa  53.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  19.85 
 
 		 403 aa  52.8  0.00001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  23.23 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 		 386 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 		 409 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 		 390 aa  51.2  0.00003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3114  Extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 364 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4713  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.91 
 
 		 414 aa  51.2  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.656767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 437 aa  50.4  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  18.9 
 
 		 405 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25 
 
 		 409 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  22.05 
 
 		 411 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  23.57 
 
 		 410 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4698  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 		 366 aa  49.3  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.026016  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>