More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0500 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_0500  30S ribosomal protein S4  100 
 
 		 207 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0344  30S ribosomal protein S4  94.2 
 
 		 207 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.311272  decreased coverage  0.0000419462 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5046  30S ribosomal protein S4  92.27 
 
 		 207 aa  399  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4218  30S ribosomal protein S4  89.37 
 
 		 207 aa  388  1e-107  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2302  30S ribosomal protein S4  86.47 
 
 		 207 aa  380  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0625  30S ribosomal protein S4  88.41 
 
 		 207 aa  380  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0397  30S ribosomal protein S4  86.47 
 
 		 207 aa  375  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0405  30S ribosomal protein S4  86.96 
 
 		 207 aa  376  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.916178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1046  30S ribosomal protein S4  85.99 
 
 		 207 aa  376  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3924  30S ribosomal protein S4  84.06 
 
 		 207 aa  359  2e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3418  30S ribosomal protein S4  84.06 
 
 		 207 aa  355  2.9999999999999997e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.122235 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3043  30S ribosomal protein S4  78.26 
 
 		 207 aa  340  9e-93  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.249876  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3472  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  340  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.393268 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2925  30S ribosomal protein S4  77.78 
 
 		 207 aa  340  1e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000227191 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2734  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  339  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0373  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  339  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.762852  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0352  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  339  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.243977 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2994  30S ribosomal protein S4  76.81 
 
 		 207 aa  338  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.63256 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2814  30S ribosomal protein S4  78.26 
 
 		 207 aa  337  5e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0136866  normal  0.264944 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0301  30S ribosomal protein S4  76.81 
 
 		 207 aa  337  5.9999999999999996e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.152221  normal  0.0772792 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0274  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  337  5.9999999999999996e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0146675 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2607  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3144  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.171557  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3751  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.379241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1949  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3503  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.535804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3721  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.471129  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3779  30S ribosomal protein S4  76.81 
 
 		 207 aa  335  1.9999999999999998e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0292  30S ribosomal protein S4  75.85 
 
 		 213 aa  335  1.9999999999999998e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3272  30S ribosomal protein S4  77.29 
 
 		 207 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373853 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3155  30S ribosomal protein S4  76.33 
 
 		 207 aa  334  3.9999999999999995e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3292  30S ribosomal protein S4  75.36 
 
 		 207 aa  335  3.9999999999999995e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0339  30S ribosomal protein S4  76.81 
 
 		 207 aa  330  7.000000000000001e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.411098  normal  0.0560525 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3619  30S ribosomal protein S4  76.33 
 
 		 207 aa  330  1e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00390122  hitchhiker  0.00000000725029 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0077  ribosomal protein S4  74.88 
 
 		 207 aa  327  8e-89  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0075  ribosomal protein S4  73.91 
 
 		 207 aa  321  4e-87  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000794352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0861  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 		 206 aa  298  4e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_09100  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 		 206 aa  296  1e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.908313 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0318  ribosomal protein S4  68.12 
 
 		 206 aa  295  3e-79  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.665336  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00962  30S ribosomal protein S4  68.6 
 
 		 206 aa  292  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00755213  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0083  30S ribosomal protein S4  68.12 
 
 		 206 aa  291  4e-78  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.000000323728  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0347  30S ribosomal protein S4  67.63 
 
 		 206 aa  290  1e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0772249  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06490  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  289  2e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1013  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  289  2e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000212014  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0605  30S ribosomal protein S4  67.63 
 
 		 206 aa  288  4e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000000812639  normal  0.600341 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0307  30S ribosomal protein S4  67.63 
 
 		 206 aa  288  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000246284  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3891  30S ribosomal protein S4  67.63 
 
 		 206 aa  288  4e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000651911  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3798  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  287  6e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.108792  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4520  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  287  6e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000540597  decreased coverage  0.000000609653 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0429  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  288  6e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4295  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000502229  hitchhiker  0.00000000110473 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3976  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  286  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.253174  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3727  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  286  2e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00253397  hitchhiker  0.00505868 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0834  ribosomal protein S4  63.77 
 
 		 207 aa  285  2e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4666  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  285  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000332608  unclonable  0.00000000965042 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2613  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  286  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.872553  normal  0.744433 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3500  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 		 206 aa  285  2e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0101758  hitchhiker  0.0000000843675 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3885  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  285  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0632608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0182  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 		 206 aa  285  2.9999999999999996e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000162542  hitchhiker  0.00157389 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2348  30S ribosomal protein S4  62.8 
 
 		 206 aa  285  4e-76  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2300  30S ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 206 aa  285  5e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.50143  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2150  30S ribosomal protein S4  66.18 
 
 		 206 aa  285  5e-76  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000017924  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03147  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.224373  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0417  ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000174636  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3490  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000164824  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3682  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00624205  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4618  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000445858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3591  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0175638  normal  0.0749349 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0417  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.045567  hitchhiker  0.000000319693 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3779  30S ribosomal protein S4  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0105305  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03098  hypothetical protein  67.15 
 
 		 206 aa  284  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.14617  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0223  30S ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 206 aa  284  8e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00230473  unclonable  0.0000000000516884 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0237  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  284  8e-76  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000435795  unclonable  0.0000101717 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001718  SSU ribosomal protein S4p (S9e)  65.7 
 
 		 206 aa  283  9e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000581298  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00753  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  283  9e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3782  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.034256  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0255  30S ribosomal protein S4  64.73 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3719  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0332489  normal  0.162839 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3612  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0916894  normal  0.743877 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3684  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00775419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0223  30S ribosomal protein S4  64.73 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000007109  unclonable  0.0000000000236085 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0218  30S ribosomal protein S4  64.73 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000114073  hitchhiker  0.00573009 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3611  30S ribosomal protein S4  66.67 
 
 		 206 aa  283  1.0000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00202112  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5056  30S ribosomal protein S4  64.73 
 
 		 206 aa  282  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00247728  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0507  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0166592  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0478  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000269214 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0511  30S ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.595592  normal  0.0197267 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0208  30S ribosomal protein S4  64.25 
 
 		 206 aa  282  3.0000000000000004e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000624869  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4725  30S ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 206 aa  281  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.766159  normal  0.270309 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0343  30S ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 206 aa  281  5.000000000000001e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0236416  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0172  30S ribosomal protein S4  65.22 
 
 		 206 aa  281  6.000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000508668  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0983  SSU ribosomal protein S4P  65.7 
 
 		 206 aa  280  1e-74  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000000923822  hitchhiker  0.00443869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0650  ribosomal protein S4  63.29 
 
 		 206 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.955539  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4525  30S ribosomal protein S4  63.29 
 
 		 206 aa  279  2e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.815516  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4146  30S ribosomal protein S4  64.25 
 
 		 206 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000109466  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4032  30S ribosomal protein S4  64.25 
 
 		 206 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000124947  hitchhiker  0.0000000000798632 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0220  30S ribosomal protein S4  64.25 
 
 		 206 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000964484  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0223  30S ribosomal protein S4  64.25 
 
 		 206 aa  278  4e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000278242  normal  0.0713336 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3735  30S ribosomal protein S4  63.77 
 
 		 206 aa  278  5e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000110035  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0743  ribosomal protein S4  65.7 
 
 		 206 aa  277  6e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.068041  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>