More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0150 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0150  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
417 aa  841    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0096  extracellular ligand-binding receptor  84.22 
 
 
416 aa  685    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.809601 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3230  extracellular ligand-binding receptor  71.09 
 
 
400 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.293864  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0089  Extracellular ligand-binding receptor  70.59 
 
 
396 aa  550  1e-155  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0070  extracellular ligand-binding receptor  70.32 
 
 
396 aa  546  1e-154  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3577  extracellular ligand-binding receptor  63.04 
 
 
412 aa  516  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  44.76 
 
 
399 aa  328  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  46.38 
 
 
400 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0612  extracellular ligand-binding receptor  45.69 
 
 
412 aa  325  8.000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  44.72 
 
 
404 aa  325  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2712  extracellular ligand-binding receptor  44.88 
 
 
405 aa  322  8e-87  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.620726  hitchhiker  0.00485368 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  44.24 
 
 
402 aa  319  5e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4053  extracellular ligand-binding receptor  45.8 
 
 
406 aa  317  2e-85  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  44.07 
 
 
405 aa  316  5e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  43.68 
 
 
405 aa  312  5.999999999999999e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0299  extracellular ligand-binding receptor  42.15 
 
 
403 aa  308  9e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.102439  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0355  extracellular ligand-binding receptor  45.65 
 
 
394 aa  300  4e-80  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  42.59 
 
 
392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  40 
 
 
415 aa  276  4e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1682  extracellular ligand-binding receptor  38.38 
 
 
410 aa  230  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.0000183641  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0480  Extracellular ligand-binding receptor  37.27 
 
 
407 aa  227  3e-58  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1699  Extracellular ligand-binding receptor  37.34 
 
 
410 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.574188  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2179  ABC branched-chain amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.6 
 
 
410 aa  224  2e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.138394  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1770  Extracellular ligand-binding receptor  37.34 
 
 
410 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.718343  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0291  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
401 aa  157  3e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.512826 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  28.33 
 
 
394 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  29.86 
 
 
393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3837  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
395 aa  130  3e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2165  extracellular ligand-binding receptor  29.02 
 
 
390 aa  126  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.18 
 
 
396 aa  119  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
374 aa  118  1.9999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1934  Extracellular ligand-binding receptor  30.51 
 
 
397 aa  117  3e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000937878  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  27.32 
 
 
396 aa  117  3e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 
396 aa  117  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  27.05 
 
 
396 aa  116  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2086  Extracellular ligand-binding receptor  29.12 
 
 
372 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 
380 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2283  Extracellular ligand-binding receptor  29.04 
 
 
395 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000119381 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03165  Extracellular ligand-binding receptor  26.01 
 
 
364 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4060  extracellular ligand-binding receptor  28.89 
 
 
400 aa  108  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
380 aa  107  3e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.44 
 
 
380 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
379 aa  105  1e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
394 aa  105  2e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 
379 aa  104  3e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 
394 aa  104  4e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
379 aa  102  9e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  25.56 
 
 
385 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
392 aa  102  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.86 
 
 
374 aa  101  3e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
396 aa  101  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0219  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.7 
 
 
376 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00187981  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4416  extracellular ligand-binding receptor  29.88 
 
 
402 aa  100  5e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.859568  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5431  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
372 aa  99.8  8e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.601412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4646  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
384 aa  99.4  9e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
389 aa  99.4  1e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0065  Extracellular ligand-binding receptor  27.54 
 
 
392 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  31.53 
 
 
374 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  31.75 
 
 
376 aa  97.8  3e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2113  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.17 
 
 
399 aa  97.8  3e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1741  Extracellular ligand-binding receptor  31.05 
 
 
375 aa  97.4  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.734186  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 
373 aa  96.7  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1307  Extracellular ligand-binding receptor  31.25 
 
 
425 aa  96.7  7e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.168587  normal  0.0355411 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4013  extracellular ligand-binding receptor  28.93 
 
 
391 aa  96.3  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00118971  normal  0.173861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.05 
 
 
378 aa  96.3  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2556  branched chain amino acid ABC transporter (substrate-binding protein)  26.79 
 
 
392 aa  95.5  1e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00169682  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  30 
 
 
393 aa  96.3  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  29.81 
 
 
383 aa  95.5  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2306  Extracellular ligand-binding receptor  27.79 
 
 
419 aa  95.5  2e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.110917  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 
389 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4276  extracellular ligand-binding receptor  27.7 
 
 
371 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2607  Extracellular ligand-binding receptor  34.73 
 
 
372 aa  94.4  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1720  extracellular ligand-binding receptor  27.08 
 
 
396 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.565956  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.2 
 
 
383 aa  94  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 
389 aa  93.6  5e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1248  extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 
375 aa  93.6  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
393 aa  93.6  6e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4395  Extracellular ligand-binding receptor  28.83 
 
 
404 aa  93.2  7e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.817669  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1141  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
371 aa  93.2  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.209837 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0258  amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  25.65 
 
 
393 aa  92.8  1e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1175  extracellular ligand-binding receptor  27.34 
 
 
371 aa  92.4  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.343144  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  23.63 
 
 
379 aa  92.8  1e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
375 aa  91.7  2e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0612  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid-binding protein  32.91 
 
 
371 aa  92  2e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4923  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000164326 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4659  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
378 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00580673 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1257  extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 
386 aa  92  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000744493  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4867  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
378 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0924005  hitchhiker  0.00865323 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
384 aa  91.3  3e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  31.45 
 
 
367 aa  91.3  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1158  extracellular ligand-binding receptor  27.44 
 
 
371 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0616664  normal  0.0422789 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4745  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
378 aa  91.3  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000119526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3623  extracellular ligand-binding receptor  26.93 
 
 
372 aa  91.3  3e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.606149  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3067  Extracellular ligand-binding receptor  30.56 
 
 
374 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  29.16 
 
 
399 aa  90.9  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 
381 aa  90.9  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  30.27 
 
 
367 aa  90.9  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3905  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 
388 aa  90.9  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.504593  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 
376 aa  90.9  4e-17  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>