More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_0074 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_0074  16S rRNA methyltransferase GidB  100 
 
 
226 aa  460  1e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0064  16S rRNA methyltransferase GidB  74.77 
 
 
221 aa  340  1e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.75809 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0027  16S rRNA methyltransferase GidB  68.69 
 
 
226 aa  296  1e-79  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.292216 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  68.69 
 
 
226 aa  296  2e-79  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0052  16S rRNA methyltransferase GidB  63.44 
 
 
243 aa  286  2e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0050  16S rRNA methyltransferase GidB  66.36 
 
 
224 aa  284  7e-76  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.368551  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0047  16S rRNA methyltransferase GidB  65.38 
 
 
219 aa  282  3.0000000000000004e-75  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0046  16S rRNA methyltransferase GidB  61.61 
 
 
213 aa  253  2.0000000000000002e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1064  16S rRNA methyltransferase GidB  58.37 
 
 
239 aa  248  5e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.482961  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3786  16S rRNA methyltransferase GidB  62.26 
 
 
221 aa  244  9e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.393771  decreased coverage  0.000261644 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4197  16S rRNA methyltransferase GidB  52.25 
 
 
218 aa  216  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000264563 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3327  16S rRNA methyltransferase GidB  48.33 
 
 
223 aa  178  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0247343  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4104  16S rRNA methyltransferase GidB  45.24 
 
 
205 aa  176  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0344821  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0085  16S rRNA methyltransferase GidB  48.36 
 
 
228 aa  174  9e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.446759  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0095  16S rRNA methyltransferase GidB  48.36 
 
 
228 aa  174  9e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.706349 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3522  16S rRNA methyltransferase GidB  48.79 
 
 
222 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0003474 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3197  16S rRNA methyltransferase GidB  47.85 
 
 
222 aa  173  1.9999999999999998e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3319  16S rRNA methyltransferase GidB  47.93 
 
 
231 aa  173  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3315  glucose-inhibited division protein B  47.39 
 
 
210 aa  172  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.395697  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3276  16S rRNA methyltransferase GidB  47.91 
 
 
228 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.606838  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0029  16S rRNA methyltransferase GidB  47.83 
 
 
227 aa  172  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2961  16S rRNA methyltransferase GidB  49.51 
 
 
228 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  49.51 
 
 
228 aa  171  5.999999999999999e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0094  16S rRNA methyltransferase GidB  46.95 
 
 
228 aa  170  1e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.978547  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0111  16S rRNA methyltransferase GidB  49.03 
 
 
228 aa  170  1e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3904  16S rRNA methyltransferase GidB  47.34 
 
 
227 aa  169  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4617  16S rRNA methyltransferase GidB  44.08 
 
 
214 aa  168  6e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52260  16S rRNA methyltransferase GidB  44.08 
 
 
215 aa  167  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2807  16S rRNA methyltransferase GidB  49.47 
 
 
208 aa  166  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.202155  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2945  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.373809  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3004  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0189  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.121969  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1598  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
232 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.140153  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3366  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
213 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04093  glucose-inhibited division protein B  41.71 
 
 
211 aa  166  4e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3038  16S rRNA methyltransferase GidB  46.19 
 
 
225 aa  165  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.631468  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3356  16S rRNA methyltransferase GidB  46.61 
 
 
235 aa  164  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3981  16S rRNA methyltransferase GidB  47 
 
 
213 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73360  16S rRNA methyltransferase GidB  45.02 
 
 
214 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0205  16S rRNA methyltransferase GidB  45.24 
 
 
240 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4055  16S rRNA methyltransferase GidB  46.54 
 
 
213 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03624  glucose-inhibited division protein  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0012473  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4227  methyltransferase GidB  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000380789  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4181  16S rRNA methyltransferase GidB  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000279663  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5176  16S rRNA methyltransferase GidB  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000263973  normal  0.0413042 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4254  16S rRNA methyltransferase GidB  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0110141  normal  0.0720919 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3956  16S rRNA methyltransferase GidB  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792968  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03568  hypothetical protein  40.38 
 
 
207 aa  161  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00122769  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6366  16S rRNA methyltransferase GidB  44.19 
 
 
214 aa  161  6e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5609  glucose-inhibited division protein B  41.71 
 
 
211 aa  161  7e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3294  methyltransferase GidB  46.45 
 
 
208 aa  161  8.000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4108  16S rRNA methyltransferase GidB  39.9 
 
 
207 aa  160  1e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000252823  normal  0.110996 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5131  16S rRNA methyltransferase GidB  42.18 
 
 
214 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.896881 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4265  16S rRNA methyltransferase GidB  40.59 
 
 
207 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.286943  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2754  methyltransferase GidB  43.46 
 
 
205 aa  159  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.222538  normal  0.648083 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4206  16S rRNA methyltransferase GidB  40.59 
 
 
207 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0819041  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4156  16S rRNA methyltransferase GidB  40.59 
 
 
207 aa  159  5e-38  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00135676  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0003  16S rRNA methyltransferase GidB  41.59 
 
 
216 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.113806  hitchhiker  0.000164452 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5305  16S rRNA methyltransferase GidB  41.59 
 
 
216 aa  158  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0376618 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4100  16S rRNA methyltransferase GidB  40.59 
 
 
207 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000205274  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4085  16S rRNA methyltransferase GidB  40.59 
 
 
207 aa  157  1e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.0040729  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4124  16S rRNA methyltransferase GidB  41 
 
 
207 aa  157  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000172745  normal  0.0365925 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5441  16S rRNA methyltransferase GidB  40.65 
 
 
216 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5210  16S rRNA methyltransferase GidB  41.01 
 
 
216 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3084  glucose inhibited division protein  41.47 
 
 
214 aa  154  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.167506  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4909  16S rRNA methyltransferase GidB  40.47 
 
 
206 aa  153  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346301  hitchhiker  0.00404661 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2176  methyltransferase GidB  41.26 
 
 
216 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000122528  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4011  glucose inhibited division protein B  41.5 
 
 
223 aa  152  2.9999999999999998e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.256555 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4472  methyltransferase GidB  39.34 
 
 
208 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.374397  hitchhiker  0.00000000163094 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2769  16S rRNA methyltransferase GidB  41.31 
 
 
216 aa  148  5e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5740  16S rRNA methyltransferase GidB  40.76 
 
 
214 aa  148  6e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0209353  normal  0.435335 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4184  16S rRNA methyltransferase GidB  39.9 
 
 
206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000958004  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4218  16S rRNA methyltransferase GidB  39.41 
 
 
206 aa  146  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00057334  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4210  16S rRNA methyltransferase GidB  39.9 
 
 
206 aa  147  2.0000000000000003e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00534269  normal  0.148659 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4305  methyltransferase GidB  36.89 
 
 
212 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.412707  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3762  16S rRNA methyltransferase GidB  36.49 
 
 
208 aa  145  5e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.247019  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3740  16S rRNA methyltransferase GidB  38.39 
 
 
207 aa  145  7.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal  0.158212 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3935  16S rRNA methyltransferase GidB  38.35 
 
 
206 aa  144  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.387591  hitchhiker  0.000403371 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4027  16S rRNA methyltransferase GidB  38.35 
 
 
206 aa  144  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.537471  normal  0.874868 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0001  16S rRNA methyltransferase GidB  38.83 
 
 
206 aa  144  1e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.895325  hitchhiker  0.000116578 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4539  16S rRNA methyltransferase GidB  38.83 
 
 
206 aa  143  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0125661  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3505  16S rRNA methyltransferase GidB  48.36 
 
 
235 aa  143  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.24566 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002020  ribosomal RNA small subunit methyltransferase G  37.79 
 
 
211 aa  143  2e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000210084  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4375  16S rRNA methyltransferase GidB  37.86 
 
 
206 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.321441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4249  16S rRNA methyltransferase GidB  38.35 
 
 
206 aa  143  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0381875  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3966  16S rRNA methyltransferase GidB  37.38 
 
 
206 aa  143  3e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.181169  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4320  16S rRNA methyltransferase GidB  37.86 
 
 
206 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000104223 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4517  16S rRNA methyltransferase GidB  37.86 
 
 
206 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289594 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2518  16S rRNA methyltransferase GidB  39.81 
 
 
210 aa  142  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000015126  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4376  16S rRNA methyltransferase GidB  37.86 
 
 
206 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000253102  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3855  16S rRNA methyltransferase GidB  38.35 
 
 
234 aa  141  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.382464  unclonable  0.00000203867 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4496  16S rRNA methyltransferase GidB  36.63 
 
 
206 aa  141  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.227983  hitchhiker  0.00000107328 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3069  16S rRNA methyltransferase GidB  39.6 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5046  16S rRNA methyltransferase GidB  34.91 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.27505  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4757  16S rRNA methyltransferase GidB  37.38 
 
 
206 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3885  methyltransferase GidB  42.72 
 
 
214 aa  139  3e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.124211  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00432  16S rRNA methyltransferase GidB  38.73 
 
 
211 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4908  16S rRNA methyltransferase GidB  36.63 
 
 
206 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.127096  normal  0.165929 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0911  16S rRNA methyltransferase GidB  40.57 
 
 
212 aa  138  6e-32  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4250  16S rRNA methyltransferase GidB  35.44 
 
 
207 aa  138  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>