More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6960 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
241 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  92.95 
 
 
241 aa  460  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  92.08 
 
 
241 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  77.54 
 
 
242 aa  378  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  74.35 
 
 
234 aa  362  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  70.8 
 
 
241 aa  338  5e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  53.28 
 
 
229 aa  238  6.999999999999999e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  52.13 
 
 
231 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  51.2 
 
 
228 aa  226  3e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  50.72 
 
 
229 aa  223  3e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  55.98 
 
 
231 aa  215  4e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  48.85 
 
 
274 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  47.47 
 
 
263 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  45.97 
 
 
231 aa  195  4.0000000000000005e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  47.57 
 
 
222 aa  195  4.0000000000000005e-49  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  45.33 
 
 
227 aa  195  5.000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  45.16 
 
 
251 aa  192  3e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  47.73 
 
 
263 aa  191  1e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  42.27 
 
 
230 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  42.27 
 
 
230 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  43.96 
 
 
226 aa  179  2.9999999999999997e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  43.96 
 
 
225 aa  179  4e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  46.26 
 
 
275 aa  179  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  45.89 
 
 
256 aa  177  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
223 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  41.55 
 
 
226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  45 
 
 
254 aa  172  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 
224 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  43 
 
 
218 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
255 aa  171  1e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  43 
 
 
223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  41.79 
 
 
214 aa  163  3e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  41.29 
 
 
227 aa  161  8.000000000000001e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  38.89 
 
 
284 aa  155  4e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  45.67 
 
 
225 aa  155  4e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 
223 aa  142  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
239 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  38.05 
 
 
221 aa  131  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
245 aa  130  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  37.98 
 
 
246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  36.1 
 
 
223 aa  128  8.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  34.05 
 
 
240 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
222 aa  126  3e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 
232 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
239 aa  125  5e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  37.11 
 
 
239 aa  125  5e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  35.14 
 
 
255 aa  124  1e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  35.02 
 
 
295 aa  123  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
226 aa  123  3e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
211 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  37.13 
 
 
222 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  34.1 
 
 
239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
222 aa  117  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
251 aa  116  3e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 
242 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3496  GntR family transcriptional regulator  36 
 
 
237 aa  114  1.0000000000000001e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2293  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
228 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.235113  hitchhiker  0.00231289 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2445  transcriptional regulator  38.89 
 
 
237 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.247601  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  35.89 
 
 
244 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  36.97 
 
 
223 aa  113  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  36.97 
 
 
223 aa  113  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3711  GntR family transcriptional regulator  38.65 
 
 
228 aa  112  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.572132  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  35.41 
 
 
211 aa  112  5e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 
220 aa  112  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  36.22 
 
 
247 aa  112  6e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3094  transcriptional regulator, GntR family  36.04 
 
 
233 aa  112  7.000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00936803  normal  0.247599 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  34.48 
 
 
223 aa  111  9e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
223 aa  111  9e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.5 
 
 
238 aa  111  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.64 
 
 
222 aa  111  1.0000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0051  GntR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.331225 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  33.49 
 
 
233 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 
218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
233 aa  110  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
230 aa  110  3e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
223 aa  109  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  35.2 
 
 
249 aa  108  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  30.1 
 
 
228 aa  107  2e-22  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
229 aa  107  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  33.52 
 
 
219 aa  106  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  39.2 
 
 
235 aa  106  3e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  35.15 
 
 
240 aa  106  4e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  37.31 
 
 
226 aa  106  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  35.11 
 
 
224 aa  105  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
211 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
248 aa  104  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  32.32 
 
 
226 aa  104  2e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
222 aa  103  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  31.75 
 
 
211 aa  103  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.17 
 
 
222 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
219 aa  103  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
235 aa  103  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.35 
 
 
234 aa  102  4e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  36.76 
 
 
238 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
225 aa  102  4e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
242 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
212 aa  102  6e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.84 
 
 
226 aa  102  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
222 aa  102  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>