More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6889 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010515  Bcenmc03_3610  transcriptional regulator  76.89 
 
 
507 aa  810    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.530067  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2503  GntR family transcriptional regulator  77 
 
 
506 aa  798    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0430  GntR family transcriptional regulator  77 
 
 
506 aa  805    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4666  transcriptional regulator  78.25 
 
 
511 aa  821    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5240  transcriptional regulator  62.6 
 
 
502 aa  645    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0817  GntR family transcriptional regulator  76.61 
 
 
506 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.389843  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3811  transcriptional regulator  77.48 
 
 
507 aa  808    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0281  GntR family transcriptional regulator  62.4 
 
 
503 aa  649    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2171  GntR family transcriptional regulator  78.1 
 
 
507 aa  819    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.164401  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2364  GntR family transcriptional regulator  76.61 
 
 
506 aa  796    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0684851  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6889  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  100 
 
 
515 aa  1044    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0343806  normal  0.248624 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4520  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  62.85 
 
 
501 aa  658    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0641  GntR family transcriptional regulator  77.64 
 
 
506 aa  799    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.371693  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4910  transcriptional regulator  62.2 
 
 
502 aa  644    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0835  GntR family transcriptional regulator  63.24 
 
 
501 aa  659    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.255171 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2934  GntR family transcriptional regulator  94.74 
 
 
513 aa  983    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3365  transcriptional regulator  62.33 
 
 
503 aa  652    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.987625  normal  0.688219 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3006  GntR family transcriptional regulator  62.2 
 
 
502 aa  644    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4619  transcriptional regulator  61.78 
 
 
520 aa  653    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.232866 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0480  GntR family transcriptional regulator  77.33 
 
 
509 aa  812    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.320093  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4449  GntR family transcriptional regulator  76.89 
 
 
507 aa  810    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3295  GntR family transcriptional regulator  77.28 
 
 
507 aa  808    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.761418 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1809  GntR family transcriptional regulator  77 
 
 
506 aa  805    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4710  GntR family transcriptional regulator  62.8 
 
 
502 aa  645    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.991475  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3917  GntR family transcriptional regulator  76.89 
 
 
507 aa  810    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4320  transcriptional regulator  85.99 
 
 
521 aa  878    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.268323 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5360  GntR family transcriptional regulator  62.2 
 
 
502 aa  644    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.881059  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4852  transcriptional regulator  58.8 
 
 
523 aa  627  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.791352 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1478.1  GntR family transcriptional regulator  60.54 
 
 
546 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2128  GntR family transcriptional regulator  60.54 
 
 
564 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0495  transcriptional regulator  60.54 
 
 
561 aa  622  1e-177  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.885427  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0811  GntR family transcriptional regulator  60.54 
 
 
564 aa  622  1e-177  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.482303  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1824  GntR family transcriptional regulator  60.73 
 
 
564 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0397  transcriptional regulator  60.73 
 
 
564 aa  610  1e-173  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.493491  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2118  GntR family transcriptional regulator  61.4 
 
 
562 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0506592  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1609  GntR family transcriptional regulator  53.03 
 
 
569 aa  551  1e-155  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0318445  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0030  putative transcription regulator protein  53.97 
 
 
509 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3397  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  53.86 
 
 
504 aa  525  1e-148  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3720  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  53.47 
 
 
507 aa  522  1e-147  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1783  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  46.52 
 
 
501 aa  461  9.999999999999999e-129  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.26432  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4307  transcriptional regulator  48.49 
 
 
488 aa  453  1.0000000000000001e-126  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3105  GntR family transcriptional regulator  47.26 
 
 
501 aa  450  1e-125  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1866  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  47.39 
 
 
495 aa  451  1e-125  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1334  transcriptional regulator  47.26 
 
 
501 aa  449  1e-125  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0569  transcriptional regulator  46.43 
 
 
499 aa  448  1.0000000000000001e-124  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1217  GntR family transcriptional regulator  47.05 
 
 
501 aa  447  1.0000000000000001e-124  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2546  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain protein  47.27 
 
 
497 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.474867  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2234  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  48.2 
 
 
497 aa  445  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2382  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  43.81 
 
 
503 aa  434  1e-120  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0552603  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5048  transcriptional regulator  47.02 
 
 
502 aa  434  1e-120  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.528927 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0423  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  45.06 
 
 
494 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2866  GntR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
492 aa  396  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.156549  normal  0.161976 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0348  GntR family transcriptional regulator  43.48 
 
 
495 aa  388  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5427  transcriptional regulator  42.66 
 
 
490 aa  385  1e-105  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.491975  normal  0.163691 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1152  GntR family transcriptional regulator  44.17 
 
 
492 aa  376  1e-103  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2297  GntR family transcriptional regulator  45.2 
 
 
501 aa  363  6e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.35156  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0136  GntR family transcriptional regulator  44.33 
 
 
496 aa  360  5e-98  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3403  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  42.12 
 
 
489 aa  354  2e-96  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.335079 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1933  GntR family transcriptional regulator  39.17 
 
 
490 aa  350  5e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.100433  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2202  GntR family transcriptional regulator  39.22 
 
 
488 aa  342  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3639  transcriptional regulator  39.57 
 
 
488 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4478  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
488 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.728897  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3888  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
488 aa  341  2e-92  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.490049  normal  0.865641 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4112  transcriptional regulator  38.59 
 
 
495 aa  332  8e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1071  GntR family transcriptional regulator  41.31 
 
 
511 aa  332  1e-89  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.030835  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3267  transcriptional regulator  40.17 
 
 
492 aa  329  9e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0988  transcriptional regulator  40.9 
 
 
502 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5126  GntR family transcriptional regulator  39.96 
 
 
492 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.835239  normal  0.332894 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0515  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
498 aa  327  5e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0133  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
502 aa  326  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1480  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
502 aa  326  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1398  GntR family transcriptional regulator  40.7 
 
 
502 aa  326  7e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.309369  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0246  GntR family transcriptional regulator  38.17 
 
 
507 aa  326  7e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2302  GntR family regulatory protein  40.73 
 
 
502 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5345  transcriptional regulator  41.89 
 
 
506 aa  324  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0493543 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1693  GntR family transcriptional regulator  40.38 
 
 
502 aa  324  2e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3352  GntR family transcriptional regulator  38.67 
 
 
485 aa  323  3e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1011  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.21 
 
 
485 aa  323  4e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1023  transcriptional regulator  38.51 
 
 
485 aa  323  5e-87  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.582702 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3119  transcription regulator protein  40.67 
 
 
488 aa  322  9.999999999999999e-87  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3858  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  39.01 
 
 
491 aa  320  3e-86  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0989  GntR family transcriptional regulator  38.8 
 
 
485 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3074  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 
470 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7128  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  37.34 
 
 
507 aa  319  6e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3519  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  36.27 
 
 
471 aa  313  4.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1910  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  40.84 
 
 
494 aa  312  6.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.279247  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0937  GntR family transcriptional regulator  36.51 
 
 
486 aa  312  7.999999999999999e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3003  GntR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
487 aa  312  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.32  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0986  transcriptional regulator, GntR family with aminotransferase domain  35.85 
 
 
495 aa  310  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0130  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
490 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3892  GntR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
492 aa  309  6.999999999999999e-83  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.179019  normal  0.485504 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5251  GntR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
509 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.519291 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5056  regulatory protein, GntR  38.55 
 
 
520 aa  306  6e-82  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.0000152055  normal  0.949132 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5504  transcriptional regulator, GntR family  38.32 
 
 
520 aa  306  8.000000000000001e-82  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5117  transcriptional regulator  38.68 
 
 
508 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  unclonable  0.0000000208159  normal  0.0731219 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5342  GntR family transcriptional regulator  36.24 
 
 
509 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  unclonable  0.000000722465 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2817  transcriptional regulator  38.07 
 
 
487 aa  305  1.0000000000000001e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.151028  normal  0.354487 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4413  transcriptional regulator  38.2 
 
 
490 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.336861  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10010  putative transcriptional regulator  38.01 
 
 
496 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.287288  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3950  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
515 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.115894  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>