More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6809 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6809  porin gram-negative type  100 
 
 
359 aa  711    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.357402  hitchhiker  0.0000584942 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5977  porin  60.18 
 
 
356 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0893366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1190  outer membrane protein (porin)  61.61 
 
 
359 aa  412  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0135905  normal  0.83536 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6157  porin  57.54 
 
 
355 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0964625  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5890  porin  59.52 
 
 
355 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2457  porin  54.6 
 
 
359 aa  390  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0201668  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5150  porin  57.18 
 
 
356 aa  387  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.376337  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5131  outer membrane protein (porin)  56.9 
 
 
356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3237  outer membrane protein (porin)  56.9 
 
 
356 aa  384  1e-105  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.133992  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1202  outer membrane protein (porin)  55.49 
 
 
361 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.818549  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5977  porin  48.76 
 
 
363 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00000000297374  decreased coverage  0.000158153 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5613  porin  48.76 
 
 
363 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00000212183  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7462  outer membrane protein (porin)  48.59 
 
 
360 aa  328  9e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00141122  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6767  outer membrane protein (porin)-like  45.56 
 
 
370 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0380133  normal  0.91585 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7310  outer membrane protein (porin)  44.75 
 
 
369 aa  276  4e-73  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.949846  normal  0.523788 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0698  OmpC family outer membrane porin  39.34 
 
 
351 aa  222  8e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.151008  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0274  OmpC family outer membrane porin  38.42 
 
 
350 aa  193  3e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000878136  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4837  outer membrane protein, (porin)  33.05 
 
 
374 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00816794 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1041  OmpC family outer membrane porin  30.73 
 
 
358 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.000439487  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6355  porin  33.51 
 
 
398 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1582  porin  33.43 
 
 
374 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0636869  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5679  porin Gram-negative type  30.66 
 
 
361 aa  143  5e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.841044 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  31.99 
 
 
367 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  35.38 
 
 
353 aa  141  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1601  porin  32.96 
 
 
374 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.32825  normal  0.100291 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  29.83 
 
 
363 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  29.83 
 
 
363 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  29.83 
 
 
363 aa  139  1e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  34.26 
 
 
355 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  34.26 
 
 
355 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  31.12 
 
 
363 aa  137  2e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  29.83 
 
 
363 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  29.83 
 
 
363 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  29.83 
 
 
449 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2036  putative outer membrane porin  32.87 
 
 
375 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1060  putative outer membrane porin  32.87 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1346  putative outer membrane porin  32.87 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.80313  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2327  putative outer membrane porin  32.87 
 
 
376 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1434  putative porin protein  32.96 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3095  putative outer membrane porin  32.96 
 
 
391 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1084  porin transmembrane protein  32.95 
 
 
364 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.00229533  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4019  porin Gram-negative type  33.51 
 
 
379 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000808591  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1628  porin  29.19 
 
 
354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  33.24 
 
 
355 aa  129  7.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3663  porin  29.48 
 
 
363 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107889  normal  0.482694 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1072  outer membrane porin  32.23 
 
 
379 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.645195  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2365  porin  32.23 
 
 
379 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.130283  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4363  porin  29.62 
 
 
392 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.357316  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3276  porin  29.28 
 
 
363 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0390165  normal  0.139851 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  32.68 
 
 
355 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  34.86 
 
 
374 aa  129  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1737  putative transmembrane outer membrane porin signal peptide protein  30.5 
 
 
353 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.172575  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  32.61 
 
 
402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1770  outer membrane protein (porin)  29.43 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.170315  normal  0.0138453 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4137  porin  28.99 
 
 
363 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0387994  normal  0.314302 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3009  putative outer membrane porin signal peptide protein  32.09 
 
 
367 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.494139  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0633  putative outer membrane porin  31.78 
 
 
379 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1796  putative outer membrane porin  31.78 
 
 
379 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0933184  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0832  putative outer membrane porin  31.78 
 
 
379 aa  126  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3632  porin  34.73 
 
 
362 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4735  porin  34.73 
 
 
362 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5547  porin  34.73 
 
 
362 aa  126  7e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4125  porin  28.7 
 
 
363 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0517462  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4241  porin  28.7 
 
 
363 aa  125  9e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0294588  normal  0.0402554 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4962  porin Gram-negative type  33.91 
 
 
354 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0589815  normal  0.0680007 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3115  outer membrane protein (porin)  33.61 
 
 
374 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2783  porin Gram-negative type  33.91 
 
 
354 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0106499  normal  0.0987784 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  32.3 
 
 
367 aa  125  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02151  porin signal peptide protein  33.33 
 
 
374 aa  124  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4787  porin  31.72 
 
 
357 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0681178  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  33.72 
 
 
351 aa  124  4e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.6 
 
 
386 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3567  porin  32.46 
 
 
363 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.000504769  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  33.6 
 
 
386 aa  120  3e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3704  outer membrane porin  30.29 
 
 
363 aa  119  7e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0181941 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1222  porin  31.58 
 
 
356 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  32.99 
 
 
354 aa  119  9e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6332  porin  31 
 
 
365 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00191281  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4384  outer membrane protein, (porin)  31.86 
 
 
356 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0769  porin  31.58 
 
 
356 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.8463  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1250  porin  31.58 
 
 
356 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.341565  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0181  outer membrane protein (porin)  30.7 
 
 
385 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  34.08 
 
 
353 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5510  porin  33.24 
 
 
372 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.913776  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  33.24 
 
 
368 aa  116  6.9999999999999995e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5230  outer membrane protein, (porin)  31.3 
 
 
348 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4871  porin  32.03 
 
 
371 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.0000247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  32.87 
 
 
377 aa  115  8.999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4265  porin Gram-negative type  30.28 
 
 
348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.505475 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  29.69 
 
 
371 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0804  porin  33.15 
 
 
373 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  30.34 
 
 
362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1352  porin  34.22 
 
 
377 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.198854 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6618  porin Gram-negative type  30.43 
 
 
350 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  33.07 
 
 
401 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2361  OmpC family outer membrane porin  31.27 
 
 
349 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.149156  normal  0.52718 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0148  outer membrane protein (porin)  31.28 
 
 
350 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.268856 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6973  porin  31.5 
 
 
376 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1917  porin  30.38 
 
 
347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6718  porin  34.13 
 
 
351 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.6284  normal  0.457172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>