More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6461 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6461  GntR domain protein  100 
 
 		 257 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0712738  hitchhiker  0.00000516822 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5550  putative GntR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 240 aa  170  2e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2247  GntR domain protein  42.92 
 
 		 242 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2365  GntR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 251 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0740393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3534  GntR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 248 aa  163  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0913049  normal  0.268016 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4982  GntR domain protein  41.18 
 
 		 229 aa  159  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5865  GntR domain-containing protein  42.03 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3340  regulatory protein GntR, HTH:GntR-like  37.9 
 
 		 254 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0714467 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1157  GntR domain protein  31.53 
 
 		 255 aa  105  8e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  29.38 
 
 		 227 aa  105  8e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0563  GntR domain protein  32.3 
 
 		 241 aa  103  3e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11478  transcriptional regulator, GntR family protein  31.96 
 
 		 233 aa  102  6e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  31.43 
 
 		 238 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3324  GntR domain protein  28.85 
 
 		 244 aa  100  3e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0986  GntR domain protein  28.85 
 
 		 244 aa  99.8  4e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.4902  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  33.8 
 
 		 252 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4155  GntR domain-containing protein  31.51 
 
 		 240 aa  97.8  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0585899  normal  0.800121 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  29.17 
 
 		 241 aa  95.9  5e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0753  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 256 aa  95.5  7e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 240 aa  95.5  8e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0527  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 		 258 aa  95.1  9e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.914747  normal  0.270736 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1205  GntR domain protein  31.13 
 
 		 238 aa  94  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0725034 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4413  GntR domain protein  34.88 
 
 		 241 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04193  DNA-binding transcriptional repressor  28.93 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3673  regulatory protein GntR HTH  28.93 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3740  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.93 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.714727  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04155  hypothetical protein  28.93 
 
 		 257 aa  93.2  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4550  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.93 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4789  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.93 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5830  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.93 
 
 		 257 aa  92.4  6e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 241 aa  92  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2703  uxu operon transcriptional regulator  29.67 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2780  GntR domain-containing protein  29.67 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1506  uxu operon transcriptional regulator  29.67 
 
 		 247 aa  92  7e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  28.7 
 
 		 245 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4851  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.93 
 
 		 257 aa  91.7  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4761  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  25.76 
 
 		 239 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4837  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4861  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.25238 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4923  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.75 
 
 		 257 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4908  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.305801  normal  0.0431827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4911  DNA-binding transcriptional repressor UxuR  28.51 
 
 		 257 aa  90.5  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.460485  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  31.51 
 
 		 255 aa  90.5  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  30.16 
 
 		 253 aa  90.1  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 234 aa  90.1  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  32.84 
 
 		 231 aa  89.7  4e-17  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5347  transcriptional regulator GntR family  30.33 
 
 		 242 aa  89.7  4e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 245 aa  89.4  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  32.41 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5244  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 234 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  31.19 
 
 		 235 aa  88.6  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 249 aa  87.8  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2274  GntR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 232 aa  88.2  1e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000375173  decreased coverage  0.000000235359 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5812  GntR domain-containing protein  31.05 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 248 aa  88.2  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  33.84 
 
 		 269 aa  87.8  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3872  GntR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 243 aa  87.8  1e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.405491 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4492  GntR domain-containing protein  31.05 
 
 		 240 aa  87.8  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  31.69 
 
 		 248 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3406  GntR domain protein  26.15 
 
 		 243 aa  87.8  2e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  27.65 
 
 		 240 aa  87  2e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6346  GntR domain-containing protein  32.08 
 
 		 233 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.385639  normal  0.289379 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  29.47 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3345  DNA-binding transcriptional repressor LldR  29.41 
 
 		 268 aa  87  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.956466  normal  0.392938 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 233 aa  86.3  4e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2645  GntR domain protein  29.21 
 
 		 254 aa  86.3  4e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  30.1 
 
 		 227 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0036  GntR domain-containing protein  29.2 
 
 		 255 aa  86.3  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2785  GntR domain-containing protein  30 
 
 		 258 aa  85.9  6e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00845086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 226 aa  85.9  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4037  GntR domain protein  27.19 
 
 		 226 aa  85.5  7e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 255 aa  85.5  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  29.33 
 
 		 244 aa  85.5  7e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  29.81 
 
 		 239 aa  85.5  8e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1453  GntR domain protein  27.68 
 
 		 231 aa  85.5  8e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  31.08 
 
 		 255 aa  85.1  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  25 
 
 		 215 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.23 
 
 		 255 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  31.92 
 
 		 234 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 234 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  29.19 
 
 		 240 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  29.85 
 
 		 242 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  29.09 
 
 		 234 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00680  transcriptional regulator, GntR family  29.44 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  29.3 
 
 		 228 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0637  GntR domain-containing protein  28.75 
 
 		 252 aa  84  0.000000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.108013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  31.88 
 
 		 243 aa  83.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  29.19 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1739  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 251 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.549482  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3301  GntR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 249 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0570986 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  30.62 
 
 		 239 aa  84  0.000000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  27.18 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000963165  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  22.9 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 247 aa  83.2  0.000000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  22.9 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6769  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 261 aa  82.8  0.000000000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 255 aa  82.8  0.000000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>