More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6333 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6333  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
252 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.519755  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2869  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  70.28 
 
 
250 aa  355  3.9999999999999996e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0227742 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.52 
 
 
250 aa  268  4e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.886047  decreased coverage  0.000126478 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  57.09 
 
 
257 aa  263  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1762  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.22 
 
 
251 aa  192  3e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.350436  normal  0.454063 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
245 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0474  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.8 
 
 
246 aa  181  9.000000000000001e-45  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1054  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.62 
 
 
242 aa  181  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.582501 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5902  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.71 
 
 
241 aa  179  4.999999999999999e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.96 
 
 
245 aa  176  4e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.0000000035289  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2677  putative short-chain dehydrogenase/oxidoreductase  43.31 
 
 
245 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334903  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2190  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.83 
 
 
263 aa  176  4e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.230027  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  43.15 
 
 
240 aa  171  7.999999999999999e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6143  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.39 
 
 
272 aa  171  1e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.684326  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0513  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42 
 
 
233 aa  166  2.9999999999999998e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2451  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.57 
 
 
241 aa  164  1.0000000000000001e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.409582  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.24 
 
 
260 aa  162  5.0000000000000005e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0814  putative short-chain dehydrogenase/reductase  40.78 
 
 
257 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.968056 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0664  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.04 
 
 
244 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120829  normal  0.282186 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5128  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.64 
 
 
270 aa  161  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5380  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.9 
 
 
246 aa  160  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6522  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
229 aa  159  3e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.98 
 
 
247 aa  159  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.5116  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4618  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.47 
 
 
245 aa  159  5e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.978262  normal  0.20317 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.13 
 
 
250 aa  157  1e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0163958 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.08 
 
 
229 aa  156  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5035  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.15 
 
 
249 aa  155  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7619  short chain oxidoreductase  39.68 
 
 
244 aa  153  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.493234  normal  0.169233 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0146  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
244 aa  153  2.9999999999999998e-36  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1084  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.61 
 
 
248 aa  149  4e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1322  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.92 
 
 
239 aa  149  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475837  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0980  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.29 
 
 
238 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000000633587  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
227 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4034  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
231 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.376795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2390  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.39 
 
 
236 aa  145  5e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.4 
 
 
239 aa  145  5e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.512494 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2655  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
234 aa  145  8.000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2601  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.94 
 
 
234 aa  145  8.000000000000001e-34  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2801  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.48 
 
 
248 aa  143  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4589  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.89 
 
 
237 aa  142  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0285855 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3598  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.3 
 
 
238 aa  142  4e-33  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1765  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.43 
 
 
237 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0199  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
237 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.735027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.43 
 
 
244 aa  139  4.999999999999999e-32  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0535711  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5559  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.15 
 
 
240 aa  138  7e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02369  short chain dehydrogenase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G15350)  37.9 
 
 
309 aa  136  3.0000000000000003e-31  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.406317 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3828  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.17 
 
 
246 aa  136  4e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.73 
 
 
231 aa  135  7.000000000000001e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0836078 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
232 aa  131  7.999999999999999e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3562  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1782  short chain dehydrogenase  32.17 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1616  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.124879  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1818  short chain dehydrogenase  32.56 
 
 
236 aa  129  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07268  short chain dehydrogenase/reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_7G00840)  36.94 
 
 
245 aa  123  2e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.886513 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
243 aa  118  9e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.19 
 
 
242 aa  114  2.0000000000000002e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3747  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.191543  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4824  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.81 
 
 
254 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  32.38 
 
 
273 aa  112  4.0000000000000004e-24  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  35.32 
 
 
277 aa  112  4.0000000000000004e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6378  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.91 
 
 
280 aa  109  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02039  short chain oxidoreductase (CsgA), putative (AFU_orthologue; AFUA_4G00910)  31.6 
 
 
251 aa  107  1e-22  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.049775  normal  0.21203 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
236 aa  107  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0497428  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01679  20-beta-hydroxysteroid dehydrogenase  32.02 
 
 
242 aa  108  1e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.774728  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  37.68 
 
 
268 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3635  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.56 
 
 
223 aa  107  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1115  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
281 aa  107  2e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.299534  normal  0.313819 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2758  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.9 
 
 
236 aa  107  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.32 
 
 
271 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_003296  RS05466  dehydrogenase oxidoreductase protein  39.52 
 
 
255 aa  105  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.968817  normal  0.104137 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  38.03 
 
 
268 aa  103  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0494  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
252 aa  103  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.81 
 
 
252 aa  103  3e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  36.28 
 
 
287 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.08 
 
 
276 aa  103  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.02 
 
 
249 aa  102  4e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2625  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
248 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.627882  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0971  Short-chain alcohol dehydrogenase  33.96 
 
 
287 aa  102  5e-21  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2669  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
248 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.412658  normal  0.910239 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.98 
 
 
248 aa  102  5e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02810  hypothetical protein  28.17 
 
 
247 aa  101  9e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  31.92 
 
 
291 aa  101  1e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  35.53 
 
 
272 aa  101  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  35.05 
 
 
286 aa  100  2e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1719  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  38.79 
 
 
249 aa  100  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0037  short chain dehydrogenase  37.44 
 
 
283 aa  100  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.40951  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4381  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.49 
 
 
254 aa  100  2e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2002  oxidoreductase  37.07 
 
 
257 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.193457  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0517  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.17 
 
 
246 aa  99.8  3e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3739  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.97 
 
 
250 aa  99.8  3e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3255  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.56 
 
 
262 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.207826 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1563  oxidoreductase  37.02 
 
 
257 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.256146 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3759  oxidoreductase  37.07 
 
 
257 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.108381  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  32.86 
 
 
276 aa  99.8  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4152  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.1 
 
 
257 aa  99.8  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2943  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
282 aa  99.8  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.599912  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3068  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
253 aa  99.4  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.365942 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.58 
 
 
266 aa  99.4  5e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1536  oxidoreductase  37.07 
 
 
257 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.328678 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0026  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
269 aa  99  6e-20  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>