More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6122 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6122  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 359 aa  723    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2375  LysR family transcriptional regulator  87.58 
 
 		 306 aa  546  1e-154  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.624275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5712  LysR family transcriptional regulator  79.74 
 
 		 306 aa  501  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.462122 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5596  LysR family transcriptional regulator  64.88 
 
 		 302 aa  419  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.21872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7036  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.753996  normal  0.202987 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1459  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 302 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5812  LysR family transcriptional regulator  65.2 
 
 		 302 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.394289  normal  0.69254 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6369  LysR family transcriptional regulator  65.88 
 
 		 302 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4973  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 312 aa  403  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00010332  normal  0.633614 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7006  LysR family transcriptional regulator  64.19 
 
 		 302 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00245056 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1489  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6340  LysR family transcriptional regulator  63.18 
 
 		 302 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6436  LysR family transcriptional regulator  56.91 
 
 		 320 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4888  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 306 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.842782  hitchhiker  0.000000597964 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4371  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 306 aa  350  2e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.120427  normal  0.0114569 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5569  LysR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 320 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.21388  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5934  LysR family transcriptional regulator  56.58 
 
 		 320 aa  349  5e-95  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0901  LysR family transcriptional regulator  48.87 
 
 		 335 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.273357  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2580  LysR family transcriptional regulator  46.86 
 
 		 342 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.64734 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2209  transcriptional regulator transcription regulator protein  48.5 
 
 		 300 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.852985  normal  0.255336 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2269  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 300 aa  268  1e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1503  transcriptional regulator, LysR family  48.17 
 
 		 306 aa  268  1e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0885147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0552  LysR family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 303 aa  266  5.999999999999999e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.268778 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2407  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 300 aa  262  6e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2013  transcriptional regulator, LysR family  47.18 
 
 		 300 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.706751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00136  transcriptional regulator  47.97 
 
 		 314 aa  261  2e-68  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0939848  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1835  LysR family transcriptional regulator  42.23 
 
 		 300 aa  248  9e-65  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4846  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.67 
 
 		 306 aa  238  2e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1044  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.141419 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1739  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 305 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.133946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2153  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 309 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2949  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 309 aa  226  6e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.666822  hitchhiker  0.000000000477709 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1642  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 316 aa  225  8e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0837368  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1217  transcriptional regulator, LysR family  41.05 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.50196  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01918  predicted DNA-binding transcriptional regulator  40.7 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.577058  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1625  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.27656 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2306  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.666046  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3537  LysR family transcriptional regulator  43.55 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0653502 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01904  hypothetical protein  40.7 
 
 		 309 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.444507  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0207  transcriptional regulator, LysR family protein  38.49 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2996  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 297 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3011  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 297 aa  224  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2890  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.357452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1367  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 297 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.780274  hitchhiker  0.00766256 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2566  transcriptional regulator, LysR family protein  40.14 
 
 		 297 aa  223  6e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.169801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3009  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 307 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3154  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 297 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0073956 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4168  MarR family transcriptional regulator  41.12 
 
 		 305 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0180003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2629  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0897024  normal  0.716838 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1432  transcriptional regulator, MarR family  41.61 
 
 		 307 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.830157 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3318  LysR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2658  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 297 aa  219  6e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0852  LysR family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0564501  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4110  transcriptional regulator, MarR family  39.2 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.180794 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3997  transcriptional regulator, MarR family  39.2 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.686656 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3250  MarR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.99864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3695  LysR family transcriptional regulator  40.79 
 
 		 305 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.12971  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4267  LysR family transcriptional regulator  40.46 
 
 		 305 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.287329  normal  0.303303 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1388  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 297 aa  216  4e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.837907  normal  0.0605197 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 320 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0757  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.827898 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  40.42 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  40.77 
 
 		 297 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4099  LysR family transcriptional regulator  39.87 
 
 		 325 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.296149  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3247  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  37.37 
 
 		 301 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2294  LysR substrate binding domain-containing protein  39.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0349652 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2296  LysR substrate binding domain protein  39.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0629525 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2193  LysR substrate binding domain protein  39.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.453125  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2247  LysR substrate binding domain protein  39.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.160886  normal  0.244849 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2406  LysR substrate binding domain-containing protein  39.46 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.668519  normal  0.0417714 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  209  4e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2902  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 319 aa  210  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.374405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0689  LysR family transcriptional regulator  39.61 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5474  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 302 aa  204  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.361907  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1907  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 312 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.683551  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1675  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 300 aa  199  5e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3124  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 317 aa  198  9e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.151908  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3030  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 315 aa  196  5.000000000000001e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.503722  normal  0.316328 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2932  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 317 aa  196  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1984  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 312 aa  195  1e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.482578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1784  transcriptional regulator, LysR family  38.36 
 
 		 312 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0518  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.29025  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3395  transcriptional regulator, LysR family  37.11 
 
 		 298 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3521  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.81702  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0518  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  186  8e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03709  putative conserved protein  37.97 
 
 		 298 aa  186  8e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03658  hypothetical protein  37.97 
 
 		 298 aa  186  8e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4196  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 298 aa  186  8e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00191866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0736  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 298 aa  185  9e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.54796  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3593  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 298 aa  184  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.480915  normal  0.520178 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3558  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.755428 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3426  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0409161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3496  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.149256  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3423  transcriptional regulator, LysR family  37.37 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3530  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.24524  normal  0.157223 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0596  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4420  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0786567 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3295  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0591  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 298 aa  182  9.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02925  hypothetical protein  36.68 
 
 		 298 aa  181  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>