More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6114 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  644    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  94.52 
 
 		 316 aa  596  1e-169  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  75 
 
 		 306 aa  476  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0690  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 304 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.393278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 305 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 		 305 aa  216  5.9999999999999996e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 432 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 306 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  40.56 
 
 		 316 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  38.01 
 
 		 300 aa  208  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.23 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 301 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  38.67 
 
 		 320 aa  204  1e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 		 306 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  38.73 
 
 		 298 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 318 aa  199  6e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 301 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 305 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 305 aa  195  9e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  37.68 
 
 		 304 aa  195  9e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  37.88 
 
 		 299 aa  195  1e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 		 298 aa  193  4e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 308 aa  189  4e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 306 aa  187  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 307 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 310 aa  187  3e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 310 aa  185  9e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  36.95 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 301 aa  182  6e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 301 aa  182  7e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 314 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 307 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 314 aa  180  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 320 aa  180  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 302 aa  180  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  36.68 
 
 		 321 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  35.97 
 
 		 333 aa  179  5.999999999999999e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 301 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 332 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 308 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 331 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 311 aa  178  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 308 aa  176  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 314 aa  176  7e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 308 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 307 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 301 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 314 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 317 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 317 aa  171  1e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6434  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.455845 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.83 
 
 		 309 aa  170  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 333 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 327 aa  169  7e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 295 aa  168  1e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 314 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  35.25 
 
 		 308 aa  166  2.9999999999999998e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 299 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  166  5e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 308 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 310 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 306 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  35.36 
 
 		 306 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  32.78 
 
 		 326 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 301 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>