More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6026 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6026  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
323 aa  646  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.306271 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2261  LysR family transcriptional regulator  86.85 
 
 
327 aa  572  1e-162  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015207  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4699  LysR family transcriptional regulator  57.45 
 
 
340 aa  335  7e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.254912  normal  0.0113206 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4655  LysR family transcriptional regulator  48.61 
 
 
310 aa  257  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0129573  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4367  LysR family transcriptional regulator  47.44 
 
 
309 aa  250  2e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.764337  normal  0.231435 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 
300 aa  220  2e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  43.34 
 
 
300 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  43.34 
 
 
300 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
300 aa  206  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
300 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
300 aa  203  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.87 
 
 
304 aa  201  1e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  44.14 
 
 
300 aa  199  7e-50  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  9.07778e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 
300 aa  198  8e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
301 aa  197  2e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  4.54001e-05 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  44.64 
 
 
300 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  42.71 
 
 
297 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  43.94 
 
 
300 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 
306 aa  188  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
305 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
300 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  43.6 
 
 
300 aa  187  3e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  36.81 
 
 
308 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  36.81 
 
 
308 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  36.81 
 
 
308 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  36.81 
 
 
308 aa  182  8e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  36.81 
 
 
308 aa  182  9e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
298 aa  180  3e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
297 aa  180  4e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 
298 aa  179  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3638  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
308 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.59787e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2773  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
308 aa  167  3e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.07011e-12  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1253  transcriptional regulator, LysR family  38.54 
 
 
308 aa  167  3e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0013481  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2694  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
308 aa  167  3e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  2.01069e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2563  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 
308 aa  166  4e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00385912  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02269  hypothetical protein  38.54 
 
 
308 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.58143e-07  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02308  predicted DNA-binding transcriptional regulator  38.54 
 
 
308 aa  166  5e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  8.41101e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2543  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
308 aa  166  5e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.81621e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1270  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
308 aa  166  5e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  1.0142e-07  hitchhiker  0.000508597 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2936  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
311 aa  162  5e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00477843  normal  0.111677 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0975  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
309 aa  142  1e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00417013 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
300 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
294 aa  140  4e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 
304 aa  135  7e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 
312 aa  134  2e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 
301 aa  132  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1556  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 
309 aa  131  2e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  decreased coverage  0.00011369  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  32.28 
 
 
300 aa  130  2e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 
310 aa  130  2e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1039  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 
321 aa  130  3e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.204243  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  130  3e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 
310 aa  129  6e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
297 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5612  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
294 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
297 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
297 aa  126  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
305 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
305 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 
320 aa  125  7e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 
328 aa  125  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 
305 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.98 
 
 
302 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
298 aa  124  2e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.15 
 
 
297 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  32.98 
 
 
322 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
297 aa  122  7e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
305 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  122  1e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  33.79 
 
 
297 aa  121  2e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 
299 aa  121  2e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
298 aa  120  2e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 
299 aa  121  2e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 
304 aa  121  2e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
298 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
297 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 
302 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
307 aa  119  5e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
305 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 
298 aa  119  9e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
307 aa  119  1e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.65 
 
 
313 aa  118  1e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6428  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 
301 aa  118  1e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.410616 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
298 aa  118  1e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.63 
 
 
294 aa  117  2e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
309 aa  117  2e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 
297 aa  117  2e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
307 aa  117  2e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6140  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 
301 aa  117  2e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 
299 aa  117  2e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4404  LysR family transcriptional regulator  30.11 
 
 
308 aa  118  2e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 
305 aa  117  2e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 
308 aa  118  2e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
307 aa  118  2e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
307 aa  117  2e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>