More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5936 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
302 aa  603  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  77.85 
 
 
299 aa  472  1e-132  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  77.29 
 
 
306 aa  470  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  76.95 
 
 
306 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  76.27 
 
 
306 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  75.93 
 
 
306 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 
306 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 
306 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  75.25 
 
 
306 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2130  LysR family transcriptional regulator  73.8 
 
 
190 aa  288  8e-77  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
305 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
309 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
329 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 
329 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
311 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  37.92 
 
 
316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
300 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
300 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 
300 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  37.58 
 
 
316 aa  159  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 
316 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
300 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 
338 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.38 
 
 
298 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
300 aa  152  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.21 
 
 
298 aa  150  3e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
319 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 
315 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 
306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 
332 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  32.77 
 
 
310 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
303 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 
320 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
317 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
320 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
315 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 
316 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 
307 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 
305 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
306 aa  136  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 
312 aa  135  9e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 
318 aa  134  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  35.58 
 
 
329 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 
310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 
318 aa  130  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
311 aa  130  3e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.86 
 
 
298 aa  130  3e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  127  3e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  126  5e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.42 
 
 
302 aa  125  6e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 
302 aa  125  8.000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 
317 aa  125  1e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 
305 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.07 
 
 
302 aa  123  3e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 
304 aa  123  4e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
342 aa  122  5e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 
301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 
316 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 
316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
316 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  32.37 
 
 
296 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 
308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0254  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 
306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.56957 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 
302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5141  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 
320 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0705436 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
306 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 
308 aa  104  1e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4898  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.118323  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2994  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5372  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
306 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2833  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 
339 aa  103  4e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.823205  normal  0.100227 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 
300 aa  102  5e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
300 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  31.28 
 
 
300 aa  102  9e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  31.28 
 
 
300 aa  102  9e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>