More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5398 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5398  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 295 aa  596  1e-169  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.187721  normal  0.0384441 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  94.9 
 
 		 296 aa  569  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  72.26 
 
 		 296 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0583  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.824085  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1975  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0760524  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  61.22 
 
 		 299 aa  366  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7632  LysR family transcriptional regulator  60.69 
 
 		 305 aa  363  2e-99  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.228485 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 		 399 aa  363  2e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  60.07 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 294 aa  360  1e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6055  LysR family transcriptional regulator  59.73 
 
 		 294 aa  359  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.031905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 305 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 305 aa  358  6e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  59.59 
 
 		 305 aa  358  8e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  59.11 
 
 		 293 aa  336  1.9999999999999998e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  55.78 
 
 		 299 aa  318  6e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  53.47 
 
 		 301 aa  311  5.999999999999999e-84  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 298 aa  305  8.000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  51.9 
 
 		 313 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  51.56 
 
 		 294 aa  301  7.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  51.92 
 
 		 294 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  51.04 
 
 		 302 aa  299  4e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2632  LysR family transcriptional regulator  47.9 
 
 		 291 aa  265  8e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  44.64 
 
 		 335 aa  249  4e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  45.8 
 
 		 305 aa  248  7e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 301 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  41.75 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  43.21 
 
 		 299 aa  235  5.0000000000000005e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  42.66 
 
 		 301 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 297 aa  232  6e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 296 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 304 aa  228  8e-59  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  37.33 
 
 		 290 aa  228  8e-59  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  44.33 
 
 		 316 aa  227  2e-58  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 298 aa  227  2e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  41.32 
 
 		 299 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  39.01 
 
 		 289 aa  226  4e-58  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.59 
 
 		 307 aa  225  7e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 299 aa  225  8e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  39.22 
 
 		 289 aa  225  9e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1366  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40.7 
 
 		 298 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 		 306 aa  224  1e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2420  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 292 aa  223  2e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 		 306 aa  224  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1436  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 295 aa  223  3e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1509  putative transcriptional regulator  39.44 
 
 		 302 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  38.52 
 
 		 289 aa  223  3e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  41.1 
 
 		 295 aa  223  4e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1939  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.775483 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2527  LysR family transcriptional regulator  37.28 
 
 		 292 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.618648 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 289 aa  222  4.9999999999999996e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.51 
 
 		 303 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  38.83 
 
 		 298 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.28 
 
 		 302 aa  222  6e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 304 aa  222  6e-57  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  42.01 
 
 		 294 aa  221  8e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1557  transcriptional regulator, LysR family  40.64 
 
 		 298 aa  221  8e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2175  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 292 aa  221  8e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17380  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.650762  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  36.81 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  38.7 
 
 		 297 aa  221  9.999999999999999e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2544  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2192  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.257142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1785  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 293 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2409  LysR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 292 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.687274  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  43.94 
 
 		 308 aa  221  9.999999999999999e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1672  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.255647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 288 aa  220  1.9999999999999999e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  40.29 
 
 		 289 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  37.94 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 299 aa  219  3e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.15 
 
 		 295 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  41.16 
 
 		 299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.37 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1124  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.960499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4060  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 298 aa  219  5e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000026158 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 289 aa  219  6e-56  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1836  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 293 aa  217  2e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.471013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  40.07 
 
 		 293 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3029  LysR family transcriptional regulator  40.56 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000686925 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  215  7e-55  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1169  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.695965 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0747  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  36.62 
 
 		 290 aa  215  8e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.796071  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  38.41 
 
 		 309 aa  214  9e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1615  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86393  normal  0.536311 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 292 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 307 aa  214  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0005  LysR, substrate-binding  38.01 
 
 		 290 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000616557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5474  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03330  putative transcriptional regulator  37.15 
 
 		 292 aa  214  1.9999999999999998e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5388  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.14883 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4493  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.708471  normal  0.878724 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4882  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>