More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4862 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  100 
 
 
247 aa  493  1e-138  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  98.79 
 
 
247 aa  487  1e-137  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  71.02 
 
 
253 aa  346  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  61.38 
 
 
253 aa  294  9e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  60.57 
 
 
253 aa  292  4e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  60.57 
 
 
253 aa  291  7e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  60.57 
 
 
253 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  60.67 
 
 
249 aa  285  3e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  60.67 
 
 
249 aa  285  3e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  60.67 
 
 
249 aa  285  3e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  57.5 
 
 
255 aa  266  2e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  56.28 
 
 
251 aa  259  3e-68  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  56.12 
 
 
274 aa  254  7e-67  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  54.73 
 
 
249 aa  254  7e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  56.12 
 
 
249 aa  254  1e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  56.12 
 
 
254 aa  254  1e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  55.69 
 
 
251 aa  253  2e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  56.12 
 
 
249 aa  253  2e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  54.66 
 
 
249 aa  251  6e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  53.85 
 
 
249 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  53.51 
 
 
251 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  56.12 
 
 
252 aa  238  5e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  54.8 
 
 
247 aa  230  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  55.33 
 
 
272 aa  229  3e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  54.62 
 
 
270 aa  227  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  52.52 
 
 
268 aa  226  4e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  53.04 
 
 
272 aa  222  5e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  53.28 
 
 
268 aa  221  1e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  51.28 
 
 
273 aa  218  9e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  52.36 
 
 
248 aa  217  1e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  51.23 
 
 
273 aa  216  2e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  9.57079e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  52.77 
 
 
262 aa  216  3e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  49.79 
 
 
236 aa  211  8e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  44.12 
 
 
248 aa  200  2e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  44.21 
 
 
244 aa  197  1e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1116  GntR domain-containing protein  51.81 
 
 
244 aa  191  8e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  47.37 
 
 
232 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  48.05 
 
 
237 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  48.05 
 
 
237 aa  189  3e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  48.89 
 
 
259 aa  182  5e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  8.56086e-05  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  48.89 
 
 
233 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  48 
 
 
233 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3719  GntR family transcriptional regulator  48.91 
 
 
237 aa  177  1e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3539  regulatory protein GntR, HTH  45.02 
 
 
260 aa  167  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1886  GntR domain-containing protein  41.46 
 
 
242 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  37.72 
 
 
246 aa  136  3e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  37.13 
 
 
248 aa  136  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  37.04 
 
 
250 aa  135  6e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  37.82 
 
 
246 aa  134  2e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  36.24 
 
 
249 aa  134  2e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  37.07 
 
 
234 aa  132  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 
299 aa  132  7e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  40.17 
 
 
247 aa  130  2e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.44 
 
 
264 aa  130  2e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  43.96 
 
 
240 aa  128  7e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  38.77 
 
 
255 aa  128  9e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1691  GntR domain protein  37.61 
 
 
236 aa  127  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.148925  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  39.73 
 
 
245 aa  126  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0037  GntR domain protein  38.7 
 
 
234 aa  126  3e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0031  GntR family transcriptional regulator  37.28 
 
 
230 aa  125  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  37.33 
 
 
238 aa  125  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1877  GntR domain protein  37.5 
 
 
236 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380896  normal  0.264595 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  40.6 
 
 
242 aa  123  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.509013 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  35.34 
 
 
251 aa  123  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 
235 aa  120  1e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  37 
 
 
240 aa  120  2e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  40.54 
 
 
242 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1636  GntR domain-containing protein  33.05 
 
 
266 aa  117  1e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000195276  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  37.32 
 
 
284 aa  117  2e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  32.77 
 
 
245 aa  116  3e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.85286e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  34.5 
 
 
229 aa  115  6e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  35.42 
 
 
275 aa  114  1e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  33.62 
 
 
229 aa  114  1e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  33.78 
 
 
252 aa  114  1e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0554  GntR family transcriptional regulator  38.39 
 
 
252 aa  114  1e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00161353  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32950  transcriptional regulator, GntR family  48.87 
 
 
143 aa  113  4e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.982848  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 
239 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
239 aa  111  9e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3401  GntR domain-containing protein  39.57 
 
 
233 aa  111  1e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.334761  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  33.05 
 
 
239 aa  110  2e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  36.12 
 
 
233 aa  110  2e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0020  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 
256 aa  109  4e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.321852  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5932  GntR domain protein  36.97 
 
 
234 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2173  GntR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
234 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.727858  normal  0.299603 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  30.64 
 
 
237 aa  107  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  37.07 
 
 
238 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  37.07 
 
 
253 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3664  GntR family transcriptional regulator  38.7 
 
 
249 aa  107  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.514259  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  34.21 
 
 
264 aa  107  2e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
233 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5113  GntR family transcriptional regulator  35.14 
 
 
274 aa  106  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
252 aa  106  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  31.22 
 
 
250 aa  105  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26860  GntR family regulatory protein  35.53 
 
 
241 aa  105  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1975  GntR domain protein  35.29 
 
 
233 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64094  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
288 aa  104  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.98 
 
 
250 aa  103  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  29.91 
 
 
250 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6745  GntR domain-containing protein  35.62 
 
 
243 aa  102  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
238 aa  102  7e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>