More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4825 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 293 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  97.93 
 
 		 296 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  89.27 
 
 		 295 aa  522  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 284 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4219  LysR family transcriptional regulator  53.21 
 
 		 283 aa  300  2e-80  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  50.53 
 
 		 291 aa  299  3e-80  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 291 aa  297  1e-79  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 291 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 291 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 291 aa  295  4e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 291 aa  295  5e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  50 
 
 		 283 aa  295  7e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5162  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 291 aa  295  8e-79  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  50.36 
 
 		 287 aa  293  3e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 283 aa  292  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1492  transcriptional regulator, LysR family  50.38 
 
 		 271 aa  276  2e-73  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.403981  hitchhiker  0.0000917621 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5807  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 283 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6037  LysR family transcriptional regulator  48.75 
 
 		 283 aa  275  5e-73  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6632  LysR family transcriptional regulator  47.84 
 
 		 282 aa  275  7e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.994606 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5787  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 282 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6152  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 282 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.824926  normal  0.461056 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7706  LysR family transcriptional regulator  48.39 
 
 		 283 aa  271  1e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  45.8 
 
 		 289 aa  245  8e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  47.91 
 
 		 289 aa  241  1e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  44.6 
 
 		 300 aa  236  2e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  40.99 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 284 aa  202  7e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  41.3 
 
 		 284 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 296 aa  194  2e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  38.43 
 
 		 283 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  40.93 
 
 		 298 aa  189  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  40.93 
 
 		 299 aa  188  8e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 321 aa  188  9e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  38.77 
 
 		 283 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 322 aa  186  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 284 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 294 aa  186  4e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  40.54 
 
 		 313 aa  186  5e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  42.31 
 
 		 285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 299 aa  183  4.0000000000000006e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  39.64 
 
 		 293 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 296 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 316 aa  182  7e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 322 aa  179  7e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 322 aa  178  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 284 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 283 aa  178  1e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 284 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 290 aa  176  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  39.86 
 
 		 290 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 316 aa  169  7e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  37.26 
 
 		 332 aa  166  2.9999999999999998e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 323 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 303 aa  166  5.9999999999999996e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 298 aa  165  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5090  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 285 aa  164  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 285 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3636  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 295 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.27 
 
 		 291 aa  162  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 285 aa  161  1e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 285 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 317 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  34.7 
 
 		 294 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3312  transcriptional regulator, LysR family  37.01 
 
 		 294 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 282 aa  159  4e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 294 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 284 aa  159  7e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 290 aa  159  7e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 293 aa  158  9e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 290 aa  158  9e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  35.36 
 
 		 282 aa  158  9e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2390  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 293 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.610355 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 283 aa  157  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 282 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 286 aa  157  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 367 aa  156  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 282 aa  156  3e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  36.97 
 
 		 298 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  40.15 
 
 		 321 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 307 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 310 aa  155  8e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  38.52 
 
 		 289 aa  155  8e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>