More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4643 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4643  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 221 aa  443  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.215636  normal  0.668191 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1292  GntR family transcriptional regulator  95.02 
 
 		 221 aa  390  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.284438 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  60.93 
 
 		 226 aa  266  2e-70  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  61.03 
 
 		 239 aa  261  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  58.8 
 
 		 240 aa  253  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1839  GntR family transcriptional regulator  60 
 
 		 220 aa  247  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.00000090483  n/a   
 
 
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 223 aa  216  2e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0572  transcriptional regulator, GntR family  52.43 
 
 		 216 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.666259  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0614  transcriptional regulator, GntR family  50.97 
 
 		 216 aa  213  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.22125  normal  0.431633 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6029  GntR family transcriptional regulator  52.11 
 
 		 251 aa  211  7e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.235411  normal  0.357721 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5133  GntR family transcriptional regulator  50.96 
 
 		 224 aa  211  1e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.319425 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5373  transcriptional regulator GntR family  52.43 
 
 		 216 aa  208  4e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.693668  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1722  GntR family transcriptional regulator  51.44 
 
 		 218 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.622001 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1385  GntR domain-containing protein  53.02 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00179807 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1660  transcriptional regulator, GntR family  53.02 
 
 		 223 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4056  GntR family transcriptional regulator  51.71 
 
 		 244 aa  187  7e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.153402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3571  hypothetical protein  50.24 
 
 		 230 aa  187  9e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.792294 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7256  transcriptional regulator, GntR family  53.37 
 
 		 218 aa  185  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0660662  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3801  GntR-like  50.98 
 
 		 237 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1381  transcriptional regulator, GntR family  53.49 
 
 		 223 aa  181  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.526175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0723  GntR family transcriptional regulator  49.02 
 
 		 243 aa  181  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.214964  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2908  GntR family transcriptional regulator  50.7 
 
 		 217 aa  177  9e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1652  transcriptional regulator, GntR family  47.55 
 
 		 248 aa  176  2e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13154  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3196  transcriptional regulator, GntR family  44.02 
 
 		 237 aa  175  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.594143 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3298  GntR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 226 aa  174  9e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.197273 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0165  GntR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 222 aa  172  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.108309  decreased coverage  0.00499675 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0023  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 230 aa  170  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.697058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0022  GntR domain-containing protein  44.93 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6860  GntR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 242 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3004  transcriptional regulator  46.23 
 
 		 218 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.729807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4283  GntR family transcriptional regulator  44.9 
 
 		 222 aa  166  2e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0724479  normal  0.899409 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3148  transcriptional regulator, GntR family  43.96 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5660  transcriptional regulator GntR family  44.98 
 
 		 227 aa  164  6.9999999999999995e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.495941  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0043  transcriptional regulator, GntR family  44.93 
 
 		 231 aa  164  8e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0169991 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4654  GntR family transcriptional regulator  46.92 
 
 		 238 aa  160  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.456786  normal  0.661063 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2445  transcriptional regulator, GntR family  47.96 
 
 		 230 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_6647  GntR family transcriptional regulator  41.04 
 
 		 227 aa  155  6e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00159077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0520  GntR family transcriptional regulator  48.74 
 
 		 225 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.656964  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 218 aa  146  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6458  transcriptional regulator, GntR family  41.62 
 
 		 216 aa  145  5e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.467399  normal  0.135131 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5213  GntR family transcriptional regulator  42.05 
 
 		 221 aa  144  7.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.380021  normal  0.310032 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2767  GntR family transcriptional regulator  40.1 
 
 		 231 aa  142  5e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7654  GntR family transcriptional regulator  42.56 
 
 		 248 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4082  transcriptional regulator, GntR family  40.95 
 
 		 223 aa  139  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.833771  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4473  transcriptional regulator, GntR family  42.22 
 
 		 224 aa  135  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.729614 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4801  GntR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 254 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0205444  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1484  transcriptional regulator, GntR family  40.51 
 
 		 219 aa  131  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4792  GntR family transcriptional regulator  39.9 
 
 		 240 aa  127  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.815698  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3667  transcriptional regulator  33.66 
 
 		 214 aa  124  9e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.808717  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1347  GntR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 234 aa  121  7e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.744622  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  37 
 
 		 223 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 244 aa  118  7e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0081  transcriptional regulator, GntR family  36.95 
 
 		 231 aa  118  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2422  GntR family transcriptional regulator  38.5 
 
 		 253 aa  117  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 223 aa  116  3e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  38.31 
 
 		 222 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 233 aa  115  5e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2798  GntR family transcriptional regulator  38 
 
 		 233 aa  115  6e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.297778 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 235 aa  115  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3723  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 216 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.504621 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5875  GntR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 222 aa  112  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  38.58 
 
 		 241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  38.38 
 
 		 225 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  36.41 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 229 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 222 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 223 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 211 aa  108  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  34.57 
 
 		 224 aa  108  6e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 239 aa  108  7.000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 219 aa  108  7.000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  37.56 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  38.07 
 
 		 241 aa  107  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 212 aa  107  1e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  36.92 
 
 		 226 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3589  GntR family transcriptional regulator  39.89 
 
 		 218 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.144586 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 211 aa  107  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  37.44 
 
 		 230 aa  106  2e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  30.81 
 
 		 234 aa  107  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1595  GntR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000118605  normal  0.686931 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  34.83 
 
 		 238 aa  106  2e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  38.34 
 
 		 222 aa  106  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 235 aa  106  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  32.97 
 
 		 229 aa  106  3e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02398  hypothetical protein  36.68 
 
 		 239 aa  106  3e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  37.44 
 
 		 230 aa  106  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  32.51 
 
 		 231 aa  105  4e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2915  GntR family transcriptional regulator  33.5 
 
 		 222 aa  105  4e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.18394 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 225 aa  104  9e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003387  propionate catabolism operon transcriptional regulator of GntR family  36.68 
 
 		 237 aa  104  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 224 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2323  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 220 aa  103  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.474326  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 242 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6285  transcriptional regulator, GntR family  32.47 
 
 		 234 aa  102  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  33.16 
 
 		 226 aa  102  4e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0521  GntR family transcriptional regulator  40.64 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.803557  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>