More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4345 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4345  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
253 aa  515  1.0000000000000001e-145  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.120533  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2715  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  68.25 
 
 
254 aa  366  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.479047 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2956  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.35 
 
 
252 aa  327  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.717982 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
252 aa  321  7e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3162  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
252 aa  321  7e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5206  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  61.75 
 
 
252 aa  321  7e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0231345 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.97 
 
 
248 aa  273  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2495  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.78 
 
 
251 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4065  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  47.08 
 
 
252 aa  210  2e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.372477  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1647  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.6 
 
 
252 aa  209  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.140341  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2769  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.41 
 
 
252 aa  205  6e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.53 
 
 
251 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.315729  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5083  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  44.83 
 
 
250 aa  191  1e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.130584  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.22 
 
 
253 aa  191  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16840  short-chain dehydrogenase, teichoic and lipoteichoic acid D-alanine esterification  44.64 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0203884 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5866  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.43 
 
 
256 aa  181  7e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.117974  normal  0.033856 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5163  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.78 
 
 
249 aa  177  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.898611  normal  0.512081 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.92 
 
 
256 aa  176  5e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.434402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.19 
 
 
250 aa  173  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
264 aa  161  1e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3459  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.53 
 
 
247 aa  152  5e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.6 
 
 
257 aa  152  7e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.125705  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1582  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  37.61 
 
 
253 aa  149  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.518044  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6680  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
258 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2065  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.73 
 
 
248 aa  132  6.999999999999999e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4583  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.39 
 
 
264 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.427609  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.98 
 
 
241 aa  130  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.51 
 
 
260 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.488757  normal  0.0305569 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2912  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.78 
 
 
253 aa  129  5.0000000000000004e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00176111  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2130  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.32 
 
 
242 aa  125  8.000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6716  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.27 
 
 
247 aa  123  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1691  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.63 
 
 
256 aa  122  5e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2855  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40 
 
 
253 aa  122  5e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.243051  normal  0.0981468 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4279  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.45 
 
 
241 aa  122  6e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.57822  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3548  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
278 aa  122  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1732  putative short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.18 
 
 
257 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2258  oxidoreductase  33.48 
 
 
244 aa  113  3e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.188796  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5005  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.94 
 
 
246 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.277781  normal  0.0166501 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
252 aa  112  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000475718  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0143  Short-chain dehydrogenase (D-alanine transfer protein)  31.4 
 
 
261 aa  111  1.0000000000000001e-23  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1811  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.07 
 
 
240 aa  109  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300255  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0044  D-alanine transfer protein, short-chain dehydrogenase  29.79 
 
 
263 aa  110  3e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.170136  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
268 aa  108  6e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1081  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
250 aa  108  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.45 
 
 
267 aa  108  7.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6299  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.66 
 
 
251 aa  107  2e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.125126  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4835  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
273 aa  105  6e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000227026 
 
 
-
 
NC_011679  PHATR_46707  predicted protein  30.74 
 
 
260 aa  102  7e-21  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.125621  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6298  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.86 
 
 
271 aa  102  9e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.1246  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4882  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.77 
 
 
247 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.938804 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0767  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.6 
 
 
330 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.415615 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3678  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.8 
 
 
241 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.200672  normal  0.523007 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2654  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 
265 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10469  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_1G01330)  32.59 
 
 
264 aa  100  3e-20  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.331607  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.04 
 
 
268 aa  97.8  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.122827 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1019  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
330 aa  98.2  1e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0961773  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05556  conserved hypothetical protein  31.39 
 
 
266 aa  97.8  2e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.82 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1786  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.59 
 
 
246 aa  96.3  4e-19  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  32.24 
 
 
268 aa  96.3  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1181  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 
249 aa  96.3  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0850  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.98 
 
 
249 aa  96.3  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3201  oxidoreductase protein  37.89 
 
 
179 aa  95.5  6e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0457415 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2775  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.79 
 
 
238 aa  95.9  6e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.88847  normal  0.739494 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0497  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.26 
 
 
360 aa  95.5  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3307  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
261 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0864591  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2904  short chain dehydrogenase  34.69 
 
 
261 aa  95.5  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.000166666  decreased coverage  0.000436169 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.2 
 
 
239 aa  95.5  7e-19  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33 
 
 
275 aa  95.5  8e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5364  short chain dehydrogenase  32.78 
 
 
270 aa  94.4  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.778802  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
271 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2285  short chain dehydrogenase  30.47 
 
 
233 aa  94  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0920  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.46 
 
 
249 aa  93.2  3e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
272 aa  93.6  3e-18  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1109  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34 
 
 
254 aa  93.2  3e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00727999  normal  0.180483 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46600  short chain dehydrogenase  32.79 
 
 
268 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000918039  hitchhiker  0.00000172259 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3310  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.5 
 
 
276 aa  92.8  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4238  short chain dehydrogenase  30.85 
 
 
264 aa  92.8  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.210209  normal  0.968836 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00179  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family (AFU_orthologue; AFUA_5G11240)  32.34 
 
 
313 aa  92.8  5e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.983253  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  32.58 
 
 
274 aa  92.4  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3382  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.84 
 
 
266 aa  92  7e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  31.72 
 
 
304 aa  92  7e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06450  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like protein  32 
 
 
240 aa  92  8e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  30.84 
 
 
272 aa  92  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2290  3-hydroxy acid dehydrogenase  35.16 
 
 
249 aa  92  9e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.997293 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
338 aa  91.3  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  30.29 
 
 
258 aa  91.7  1e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4942  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
268 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.82 
 
 
267 aa  91.7  1e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848764  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3218  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
268 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.29 
 
 
258 aa  91.3  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  31.79 
 
 
274 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05379  conserved hypothetical protein  29.51 
 
 
365 aa  90.5  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.228242  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00620  dehydrogenase of unknown specificity, short-chain alcohol dehydrogenase like  31.5 
 
 
260 aa  90.5  2e-17  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.297652  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
268 aa  90.9  2e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2770  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
260 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.28 
 
 
317 aa  90.5  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.09 
 
 
276 aa  90.5  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000215509 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.75 
 
 
251 aa  90.1  3e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0363598  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0091  putative serine dehydrogenase  30.52 
 
 
252 aa  90.1  3e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>