More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_4093 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_4093  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 344 aa  696    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1688  LysR family transcriptional regulator  57.52 
 
 		 312 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0669222  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4276  transcriptional regulator, LysR family  57.1 
 
 		 307 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2545  LysR family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 303 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3170  LysR family transcriptional regulator  51.18 
 
 		 303 aa  318  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2679  LysR family transcriptional regulator  51.34 
 
 		 303 aa  317  2e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0566483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2698  LysR family transcriptional regulator  49.33 
 
 		 303 aa  305  7e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2679  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 310 aa  265  1e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2356  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 307 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.118407  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  36.96 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  39.59 
 
 		 293 aa  226  4e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  39.66 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 313 aa  220  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3131  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 309 aa  219  3.9999999999999997e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 294 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2683  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 310 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3196  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 304 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00241672  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2818  LysR family substrate binding transcriptional regulator  36.91 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.987922  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2905  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 303 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0131  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 		 298 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3691  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0459  transcriptional regulator, LysR family  41.38 
 
 		 297 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4702  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.685712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4227  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 314 aa  212  9e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 306 aa  212  9e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4337  transcriptional regulator, LysR family  38.06 
 
 		 314 aa  212  9e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.177835 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4864  LysR family transcriptional regulator  39.26 
 
 		 297 aa  212  9e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00635327 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0781  transcriptional regulator  37.62 
 
 		 435 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0954  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 428 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.01 
 
 		 289 aa  211  1e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0793  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 415 aa  211  1e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  39.04 
 
 		 293 aa  210  2e-53  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 334 aa  210  2e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 334 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2248  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 320 aa  210  3e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.462301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  210  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0414  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1468  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1838  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  39.45 
 
 		 335 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0511  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0825  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5136  LysR family transcriptional regulator  39.31 
 
 		 323 aa  209  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.390119 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2142  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 304 aa  209  6e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 298 aa  209  6e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5846  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0363  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 307 aa  209  6e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 289 aa  209  6e-53  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02618  transcription regulator protein  38.41 
 
 		 315 aa  209  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.836293 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 289 aa  209  7e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 334 aa  209  7e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2703  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 323 aa  209  7e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00402588  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 296 aa  209  7e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 294 aa  209  7e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2577  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 		 323 aa  209  8e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2945  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.67 
 
 		 300 aa  208  9e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0086  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.140278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0339  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2473  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.00812964  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1042  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5984  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  208  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.506594  normal  0.0565131 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0638  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  208  1e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.275932  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3540  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 309 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.808754 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3768  LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 290 aa  207  1e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 295 aa  207  2e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0880  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.803519  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06921  transcriptional regulator  35.74 
 
 		 289 aa  207  2e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0883  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 294 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.427217  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3529  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  39.37 
 
 		 298 aa  207  3e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00382378 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 295 aa  207  3e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2656  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00719303  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0632  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2045  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  206  4e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.197039  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2685  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 324 aa  206  5e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6890  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 303 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.422177  normal  0.612141 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.63 
 
 		 298 aa  206  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3990  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 298 aa  205  7e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.550501  normal  0.577869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 300 aa  205  7e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 294 aa  205  8e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2030  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 305 aa  205  9e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 307 aa  204  1e-51  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2594  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 303 aa  205  1e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.636109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1539  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 289 aa  205  1e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.014478  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0847  LysR family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 334 aa  204  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00307439 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>