More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3419 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3419  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 287 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.108659 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0539  shikimate 5-dehydrogenase  92.68 
 
 		 287 aa  533  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2622  shikimate 5-dehydrogenase  80.21 
 
 		 290 aa  462  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2772  shikimate 5-dehydrogenase  81.27 
 
 		 288 aa  427  1e-119  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0538  shikimate 5-dehydrogenase  80.15 
 
 		 288 aa  423  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.617722 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3458  shikimate 5-dehydrogenase  79.1 
 
 		 292 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0514  shikimate 5-dehydrogenase  79.78 
 
 		 288 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1274  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2494  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.454315  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3496  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.664786  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3493  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1171  shikimate 5-dehydrogenase  79.17 
 
 		 290 aa  417  1e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3291  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0414  shikimate 5-dehydrogenase  78.73 
 
 		 292 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.341202  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0581  shikimate 5-dehydrogenase  76.28 
 
 		 288 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00113233 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3695  shikimate 5-dehydrogenase  78.28 
 
 		 288 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.452524 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0130  shikimate 5-dehydrogenase  76.28 
 
 		 288 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.676056  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0613  shikimate 5-dehydrogenase  76.28 
 
 		 288 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3021  shikimate 5-dehydrogenase  58.82 
 
 		 305 aa  314  9.999999999999999e-85  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2611  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 305 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2777  shikimate 5-dehydrogenase  58.46 
 
 		 306 aa  312  4.999999999999999e-84  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.371956 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3054  shikimate 5-dehydrogenase  56.54 
 
 		 302 aa  296  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2855  shikimate 5-dehydrogenase  56.94 
 
 		 294 aa  294  1e-78  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.39713  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3680  shikimate 5-dehydrogenase  58.48 
 
 		 277 aa  291  9e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0538  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 		 277 aa  280  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0093  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 274 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.275997  hitchhiker  0.0000233392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2504  shikimate dehydrogenase  56.25 
 
 		 265 aa  273  3e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2445  shikimate dehydrogenase  54.95 
 
 		 270 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000308711  normal  0.608428 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3907  shikimate dehydrogenase  56.12 
 
 		 274 aa  271  8.000000000000001e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0074  shikimate 5-dehydrogenase  55.6 
 
 		 274 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0521802  hitchhiker  0.000359852 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0090  shikimate 5-dehydrogenase  55.23 
 
 		 274 aa  271  1e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0043  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 		 292 aa  268  5.9999999999999995e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000585691  hitchhiker  0.0000012855 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0090  shikimate 5-dehydrogenase  54.87 
 
 		 274 aa  268  7e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000484063 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0025  shikimate 5-dehydrogenase  54.84 
 
 		 274 aa  266  2e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2825  shikimate dehydrogenase  53.31 
 
 		 270 aa  265  5e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0035  shikimate 5-dehydrogenase  51.59 
 
 		 292 aa  264  1e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00784696  normal  0.0101527 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0037  shikimate 5-dehydrogenase  51.24 
 
 		 292 aa  263  2e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000234984  hitchhiker  0.000719905 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0039  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 		 282 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000317979  unclonable  0.000011065 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0169  shikimate 5-dehydrogenase  53.05 
 
 		 274 aa  260  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0023  shikimate 5-dehydrogenase  54.29 
 
 		 273 aa  260  2e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0804894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0035  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 		 282 aa  260  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.265435  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0039  shikimate 5-dehydrogenase  52.16 
 
 		 282 aa  259  3e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0451521  unclonable  0.00000000000512206 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0062  shikimate 5-dehydrogenase  51.47 
 
 		 266 aa  259  3e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.950078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0043  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 271 aa  258  6e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00363655  normal  0.913504 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00382  shikimate 5-dehydrogenase  52.17 
 
 		 277 aa  258  8e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2464  shikimate 5-dehydrogenase  51.97 
 
 		 278 aa  258  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000013894  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0032  shikimate 5-dehydrogenase  52.52 
 
 		 282 aa  257  1e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00424938  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2862  shikimate dehydrogenase  53.28 
 
 		 271 aa  256  2e-67  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0040  shikimate 5-dehydrogenase  51.8 
 
 		 282 aa  256  3e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0916944  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002067  shikimate 5-dehydrogenase I alpha  50.72 
 
 		 277 aa  256  4e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00115853  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0040  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 271 aa  255  5e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0102694  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0040  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 287 aa  254  8e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0083  shikimate 5-dehydrogenase  50.72 
 
 		 273 aa  254  1.0000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.59928  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00230  shikimate 5-dehydrogenase  55.23 
 
 		 270 aa  253  3e-66  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.677963  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0153  shikimate 5-dehydrogenase  46.79 
 
 		 277 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0128088  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0026  shikimate 5-dehydrogenase  52.35 
 
 		 274 aa  251  7e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0048  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 275 aa  250  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.282753  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0061  shikimate 5-dehydrogenase  53.79 
 
 		 273 aa  249  4e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00290  shikimate 5-dehydrogenase  52.35 
 
 		 274 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.395705 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2575  quinate/shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 282 aa  246  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.303834  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6127  shikimate 5-dehydrogenase  50.38 
 
 		 286 aa  242  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0031  shikimate 5-dehydrogenase  49.46 
 
 		 272 aa  241  7e-63  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00161886  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0071  shikimate 5-dehydrogenase  48.72 
 
 		 272 aa  240  2e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.507292  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0694  shikimate 5-dehydrogenase  50.18 
 
 		 282 aa  239  5e-62  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0217  shikimate 5-dehydrogenase  46.29 
 
 		 301 aa  239  5.999999999999999e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0052  shikimate dehydrogenase  53.6 
 
 		 278 aa  238  5.999999999999999e-62  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0642399  normal  0.0742475 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0238  shikimate 5-dehydrogenase  46.83 
 
 		 301 aa  238  8e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0030  shikimate 5-dehydrogenase  47.5 
 
 		 275 aa  238  9e-62  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0026  shikimate dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  237  1e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2794  shikimate 5-dehydrogenase  48.54 
 
 		 279 aa  237  2e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2414  shikimate 5-dehydrogenase  51.45 
 
 		 277 aa  236  4e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.128526 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3002  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 272 aa  235  8e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.526798  normal  0.0484515 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2691  shikimate 5-dehydrogenase  47.6 
 
 		 272 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2281  shikimate 5-dehydrogenase  49.82 
 
 		 282 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.010499 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3201  shikimate 5-dehydrogenase  52.88 
 
 		 294 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0217038 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1087  shikimate 5-dehydrogenase  49.65 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.608629  normal  0.718876 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3727  shikimate 5-dehydrogenase  49.12 
 
 		 304 aa  229  6e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.114545  hitchhiker  0.00916884 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5512  shikimate 5-dehydrogenase  48.91 
 
 		 277 aa  228  9e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.612524  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0034  shikimate 5-dehydrogenase  46.89 
 
 		 273 aa  228  1e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000384966  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0119  shikimate 5-dehydrogenase  48.35 
 
 		 273 aa  227  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1482  shikimate 5-dehydrogenase  51.08 
 
 		 285 aa  226  4e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00492116  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0047  shikimate 5-dehydrogenase  47.99 
 
 		 273 aa  225  5.0000000000000005e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00102259  normal  0.175558 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3656  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 282 aa  225  7e-58  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03132  dehydroshikimate reductase, NAD(P)-binding  46.4 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000370296  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0432  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000304625  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3475  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000134858  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03083  hypothetical protein  46.4 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000786117  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0432  shikimate 5-dehydrogenase  46.4 
 
 		 272 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000194925  hitchhiker  0.00828747 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6532  shikimate 5-dehydrogenase  50.36 
 
 		 277 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2966  shikimate 5-dehydrogenase  49.64 
 
 		 282 aa  223  4e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3764  shikimate 5-dehydrogenase  46.04 
 
 		 272 aa  223  4e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000795686  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3666  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 272 aa  222  6e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000246161  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0034  shikimate 5-dehydrogenase  46.76 
 
 		 277 aa  222  6e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0039291  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3413  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  221  9e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4604  shikimate 5-dehydrogenase  46.04 
 
 		 272 aa  221  9e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000305601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3577  shikimate 5-dehydrogenase  45.68 
 
 		 272 aa  220  1.9999999999999999e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000112137  normal  0.172636 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1054  shikimate 5-dehydrogenase  52.75 
 
 		 270 aa  219  5e-56  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.456181  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3407  shikimate 5-dehydrogenase  51.44 
 
 		 286 aa  218  8.999999999999998e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.21779 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5532  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5896  shikimate 5-dehydrogenase  50 
 
 		 278 aa  216  4e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.684807  normal  0.6752 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>