More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3188 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010508  Bcenmc03_2561  diguanylate phosphodiesterase  83.25 
 
 		 424 aa  711    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0195477 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0546  diguanylate phosphodiesterase  89.39 
 
 		 424 aa  752    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.49841  normal  0.628054 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2261  EAL domain-containing protein  81.84 
 
 		 424 aa  692    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.807134  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0939  EAL domain-containing protein  81.75 
 
 		 422 aa  688    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.876817  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1094  EAL domain-containing protein  81.84 
 
 		 424 aa  692    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.464012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5868  diguanylate phosphodiesterase  82.55 
 
 		 424 aa  705    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0145256  normal  0.285313 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0558  cyclic diguanylate phosphodiesterase  81.75 
 
 		 422 aa  689    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2455  diguanylate phosphodiesterase  82.78 
 
 		 424 aa  708    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000463502 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2138  cyclic diguanylate phosphodiesterase  81.75 
 
 		 422 aa  689    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0943  cyclic diguanylate phosphodiesterase  81.75 
 
 		 422 aa  688    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0751  EAL domain-containing protein  81.6 
 
 		 424 aa  694    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0758  diguanylate phosphodiesterase  83.02 
 
 		 424 aa  709    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.121187  normal  0.125569 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0778  diguanylate phosphodiesterase  97.25 
 
 		 436 aa  841    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.263766  normal  0.696218 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1925  diguanylate phosphodiesterase  83.25 
 
 		 424 aa  711    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.544322  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2585  diguanylate phosphodiesterase  82.78 
 
 		 424 aa  708    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0503461  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3188  diguanylate phosphodiesterase  100 
 
 		 436 aa  887    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.338182  normal  0.117578 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2537  diguanylate phosphodiesterase  83.25 
 
 		 424 aa  711    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2960  diguanylate phosphodiesterase  49.87 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.735556  normal  0.776936 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0359  diguanylate phosphodiesterase  49.87 
 
 		 423 aa  369  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.834381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2324  diguanylate phosphodiesterase  49.87 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00890506  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2985  diguanylate phosphodiesterase  49.61 
 
 		 428 aa  369  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2938  diguanylate phosphodiesterase  49.87 
 
 		 428 aa  370  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200549  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2848  diguanylate phosphodiesterase  49.35 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.423911  normal  0.493577 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6290  diguanylate phosphodiesterase  49.35 
 
 		 428 aa  368  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0415  diguanylate phosphodiesterase  48.61 
 
 		 422 aa  360  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.404943 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4292  diguanylate phosphodiesterase  48.86 
 
 		 425 aa  360  3e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.843441 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0330  EAL domain-containing protein  48.83 
 
 		 429 aa  353  4e-96  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0140  diguanylate phosphodiesterase  48.35 
 
 		 424 aa  352  1e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.537566  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0380  cyclic diguanylate phosphodiesterase  48.31 
 
 		 464 aa  348  1e-94  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0565  EAL domain-containing protein  48.31 
 
 		 515 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0400  cyclic diguanylate phosphodiesterase  48.31 
 
 		 464 aa  347  2e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2792  diguanylate phosphodiesterase  35.82 
 
 		 427 aa  266  5e-70  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2214  diguanylate phosphodiesterase  37.99 
 
 		 428 aa  264  3e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.706339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2288  diguanylate phosphodiesterase  37.6 
 
 		 419 aa  260  3e-68  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000327147  normal  0.604082 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2662  EAL domain-containing protein  33.67 
 
 		 428 aa  249  5e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.31527  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0192  diguanylate phosphodiesterase  36.27 
 
 		 429 aa  242  1e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.11093  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0993  diguanylate phosphodiesterase  34.09 
 
 		 441 aa  239  6.999999999999999e-62  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.457608  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1523  EAL domain-containing protein  35.5 
 
 		 427 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1389  EAL domain-containing protein  35.43 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1394  EAL domain-containing protein  36.09 
 
 		 403 aa  224  3e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3700  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  33.67 
 
 		 780 aa  222  9e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.973532 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2035  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.07 
 
 		 790 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0244946 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4326  diguanylate phosphodiesterase  35.1 
 
 		 426 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0277437  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1176  diguanylate phosphodiesterase  34.79 
 
 		 411 aa  219  6e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1191  diguanylate phosphodiesterase  36.43 
 
 		 447 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0738047  normal  0.284826 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0737  diguanylate phosphodiesterase  36.27 
 
 		 426 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1218  diguanylate phosphodiesterase  36.27 
 
 		 426 aa  216  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.048247  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2848  EAL domain-containing protein  34.99 
 
 		 427 aa  216  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.197533  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1618  diguanylate phosphodiesterase  35.44 
 
 		 446 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.991621  normal  0.575282 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5831  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.63 
 
 		 777 aa  210  3e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.36212 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2085  diguanylate phosphodiesterase  36.36 
 
 		 423 aa  210  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2834  diguanylate phosphodiesterase  34.68 
 
 		 440 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.77 
 
 		 426 aa  206  5e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1744  diguanylate phosphodiesterase  33.25 
 
 		 424 aa  206  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.943154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1101  diguanylate phosphodiesterase  35.77 
 
 		 426 aa  205  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0770  diguanylate phosphodiesterase  31.73 
 
 		 414 aa  193  4e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.294803  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3887  diguanylate phosphodiesterase  33.16 
 
 		 421 aa  192  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0192627  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1766  EAL domain-containing protein  39.83 
 
 		 474 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.561967  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1192  EAL domain-containing protein  39.83 
 
 		 474 aa  166  5e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.252573  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0677  EAL domain-containing protein  39.83 
 
 		 482 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0823154  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1033  diguanylate phosphodiesterase  25.84 
 
 		 413 aa  153  5e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1754  diguanylate phosphodiesterase  30.41 
 
 		 431 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0109  hypothetical protein  46.26 
 
 		 171 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00195405  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3070  hypothetical protein  46.26 
 
 		 171 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2261  hypothetical protein  46.26 
 
 		 171 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2024  hypothetical protein  46.26 
 
 		 171 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2032  EAL domain protein  26.55 
 
 		 396 aa  118  3e-25  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2479  diguanylate phosphodiesterase  27.56 
 
 		 416 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0612  diguanylate phosphodiesterase  29.31 
 
 		 197 aa  108  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.996724 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3003  diguanylate phosphodiesterase  27.04 
 
 		 387 aa  107  4e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000176635 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0662  putative signaling protein  30.52 
 
 		 266 aa  103  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.260634  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0470  hypothetical protein  31.95 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000129901  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  30.74 
 
 		 581 aa  98.2  3e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05954  hypothetical protein  31.09 
 
 		 272 aa  95.9  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3972  diguanylate phosphodiesterase  29.27 
 
 		 387 aa  95.5  2e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0220  hypothetical protein  24.77 
 
 		 362 aa  94  5e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1154  hypothetical protein  29.6 
 
 		 603 aa  93.2  8e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000218  diguanylate phosphodiesterase  29.8 
 
 		 272 aa  93.2  8e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.12 
 
 		 599 aa  93.2  9e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1320  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  32.24 
 
 		 584 aa  92.8  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00692574  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0220  hypothetical protein  24.77 
 
 		 360 aa  92.8  1e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0436  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.75 
 
 		 590 aa  92  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4345  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.5 
 
 		 572 aa  91.3  3e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3319  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  26.67 
 
 		 584 aa  89.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.777593  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3153  putative diguanylate phosphodiesterase  27.33 
 
 		 584 aa  88.2  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.920716  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0751  diguanylate phosphodiesterase  31.3 
 
 		 231 aa  87.8  4e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0555  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.58 
 
 		 583 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3475  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  25.97 
 
 		 583 aa  87.4  4e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  26.72 
 
 		 584 aa  87.4  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21870  EAL domain/GGDEF domain-containing protein  31.72 
 
 		 601 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.220571  hitchhiker  0.00056029 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0514  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 		 585 aa  86.7  8e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00136052  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3936  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 		 585 aa  86.3  9e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.573208  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1718  diguanylate phosphodiesterase  28.09 
 
 		 379 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0187822  normal  0.029577 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3810  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.16 
 
 		 585 aa  86.3  0.000000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000137032  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1678  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  29.93 
 
 		 596 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.684126  normal  0.910388 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3754  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  27.31 
 
 		 585 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000868734  normal  0.0557959 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1867  hypothetical protein  30.53 
 
 		 582 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.145916  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4001  diguanylate phosphodiesterase  29.17 
 
 		 357 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00838727  normal  0.748991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3724  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  28.07 
 
 		 580 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0883602  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  30.74 
 
 		 592 aa  85.1  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>