More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3060 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS00787  hypothetical protein  60.98 
 
 		 563 aa  645    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0694  AMP-dependent synthetase and ligase  76.58 
 
 		 562 aa  823    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0938067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4765  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 		 557 aa  639    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.652066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3688  AMP-dependent synthetase and ligase  59.12 
 
 		 557 aa  639    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.458035 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0931  putative AMP-dependent synthetase and ligase  82.93 
 
 		 615 aa  946    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3060  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 568 aa  1135    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.36768  normal  0.993674 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4077  AMP-dependent synthetase and ligase  59.86 
 
 		 563 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  60.21 
 
 		 563 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0436  AMP-dependent synthetase and ligase  40.91 
 
 		 559 aa  356  6.999999999999999e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.34152  normal  0.595328 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5096  AMP-binding enzyme family protein  41.46 
 
 		 524 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0434  AMP-dependent synthetase and ligase  41.18 
 
 		 563 aa  339  7e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3382  hypothetical protein  43.55 
 
 		 459 aa  315  1.9999999999999998e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0322  hypothetical protein  39.11 
 
 		 454 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00168086 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3514  hypothetical protein  42.48 
 
 		 453 aa  305  2.0000000000000002e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4599  hypothetical protein  41 
 
 		 454 aa  303  6.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000326637 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3891  hypothetical protein  40.43 
 
 		 459 aa  300  4e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1491  AMP-dependent synthetase and ligase  38.25 
 
 		 551 aa  296  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.969337  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0349  hypothetical protein  38.57 
 
 		 455 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4381  AMP-dependent synthetase and ligase  38.1 
 
 		 557 aa  288  2e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.432872  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0347  hypothetical protein  39.9 
 
 		 454 aa  287  4e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3679  hypothetical protein  39.9 
 
 		 454 aa  287  4e-76  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.824748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0338  aconitate hydratase  39.67 
 
 		 454 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0344  aconitate hydratase  38.72 
 
 		 454 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004067  putative surfactin synthetase  35.84 
 
 		 466 aa  280  4e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4371  hypothetical protein  39.19 
 
 		 454 aa  280  5e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0347  hypothetical protein  38.72 
 
 		 454 aa  279  9e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000166165 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0443  hypothetical protein  38.95 
 
 		 454 aa  279  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0339  aconitate hydratase  38.48 
 
 		 454 aa  278  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.53194  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0337  aconitate hydratase  38.48 
 
 		 454 aa  277  4e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3920  AMP-dependent synthetase and ligase  38.9 
 
 		 561 aa  266  1e-69  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3878  AMP-dependent synthetase and ligase  31.26 
 
 		 565 aa  265  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.680679 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2100  hypothetical protein  33.88 
 
 		 457 aa  256  7e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0893  putative AMP-binding protein  33.77 
 
 		 457 aa  223  9e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.639204  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  34.51 
 
 		 451 aa  221  3e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2751  AMP-binding enzyme family protein  35.85 
 
 		 591 aa  221  3e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.859274  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3889  AMP-dependent synthetase and ligase  31.48 
 
 		 453 aa  182  2e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.329532 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0437  AMP-binding enzyme  26.73 
 
 		 448 aa  167  2.9999999999999998e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.219492  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0971  3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  26.59 
 
 		 518 aa  162  1e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00727606  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2176  trigger factor (TF)  26.45 
 
 		 518 aa  158  3e-37  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.437953  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6091  Acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like  31.25 
 
 		 584 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.316945  normal  0.66243 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2813  Acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  30.25 
 
 		 609 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0432  hypothetical protein  32.06 
 
 		 580 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.744258  normal  0.621474 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2147  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like  31.5 
 
 		 590 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2761  acyl-coenzyme A synthetases/AMP-(fatty) acid ligases-like protein  31.5 
 
 		 590 aa  148  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.054979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0308  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  30.07 
 
 		 565 aa  147  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0320  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  29.77 
 
 		 565 aa  146  9e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2680  acyl-coenzyme A synthetase/AMP-(fatty) acid ligase-like protein  29.35 
 
 		 609 aa  145  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3932  AMP-dependent synthetase and ligase  30.49 
 
 		 570 aa  144  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.297166  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0115  acyl-coenzyme A synthetase-related protein  29.76 
 
 		 427 aa  134  3.9999999999999996e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0065  AMP-dependent synthetase and ligase  29.95 
 
 		 593 aa  126  1e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3987  hypothetical protein  29.44 
 
 		 448 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0480  AMP-dependent synthetase and ligase  27.93 
 
 		 446 aa  114  5e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.872653 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03741  AMP-ligase  31.17 
 
 		 501 aa  112  3e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2746  CoA ligase (AMP forming)  31.42 
 
 		 443 aa  107  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.913246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0315  putative AMP-dependent synthetase and ligase family protein  28.57 
 
 		 435 aa  103  8e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.529021  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0350  peptide synthase  28.84 
 
 		 450 aa  103  8e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.693872  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2671  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  28.55 
 
 		 569 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.669798  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0802  AMP-binding protein  28.64 
 
 		 453 aa  97.1  8e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2105  aconitate hydratase  30.13 
 
 		 393 aa  96.3  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4173  AMP-dependent synthetase and ligase  30.09 
 
 		 458 aa  88.2  4e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0937  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.2 
 
 		 345 aa  87.4  6e-16  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.24401  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3671  4-coumarate--CoA ligase  29.6 
 
 		 411 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.180666  normal  0.0402717 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3969  AMP-dependent synthetase and ligase  26.34 
 
 		 500 aa  85.1  0.000000000000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.130763  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2136  AMP-dependent synthetase and ligase  26.74 
 
 		 493 aa  81.6  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4020  AMP-dependent synthetase and ligase  28.42 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.165206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3946  AMP-dependent synthetase and ligase  28.42 
 
 		 523 aa  81.3  0.00000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4372  thioester dehydrase family protein  36.79 
 
 		 124 aa  80.1  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0165  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  25.13 
 
 		 506 aa  79.7  0.0000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000579194  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3491  acyl-CoA synthetase  27.67 
 
 		 467 aa  79  0.0000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.310406 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5539  acetate/CoA ligase  27.93 
 
 		 649 aa  78.2  0.0000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.105209  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3832  AMP-dependent synthetase and ligase  27.47 
 
 		 509 aa  77.8  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0033  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.71 
 
 		 361 aa  77.8  0.0000000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.336703 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3960  AMP-dependent synthetase and ligase  27.99 
 
 		 523 aa  77.4  0.0000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.454538  normal  0.0173498 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2364  AMP-dependent synthetase and ligase  26.96 
 
 		 497 aa  77  0.0000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.472982  normal  0.0410842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0718  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  24.86 
 
 		 547 aa  77  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3040  long-chain acyl-CoA synthetase  22.59 
 
 		 518 aa  77  0.0000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0346  thioester dehydrase family protein  35.85 
 
 		 124 aa  77  0.0000000000008  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0337  thioester dehydrase family protein  35.85 
 
 		 124 aa  77  0.0000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2184  AMP-dependent synthetase and ligase  25.98 
 
 		 493 aa  76.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.944129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3680  thioester dehydrase family protein  35.85 
 
 		 124 aa  76.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  25.34 
 
 		 498 aa  76.6  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.292337 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3958  AMP-dependent synthetase and ligase  23.2 
 
 		 707 aa  75.5  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0951  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  25.75 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0932  D-alanine--poly(phosphoribitol) ligase subunit 1  25.75 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.210053  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1318  putative CoA ligase (AMP forming)  26.44 
 
 		 466 aa  75.1  0.000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  25.4 
 
 		 512 aa  75.1  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3252  AMP-dependent synthetase and ligase  21.46 
 
 		 474 aa  75.1  0.000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3918  cyclohexanecarboxylate-CoA ligase  25 
 
 		 549 aa  74.3  0.000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.570213  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0503  AMP-dependent synthetase and ligase  27.25 
 
 		 492 aa  74.7  0.000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4177  AMP-dependent synthetase and ligase  25.22 
 
 		 546 aa  74.3  0.000000000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1330  AMP-dependent synthetase and ligase  24.78 
 
 		 502 aa  73.9  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1846  peptide synthase  23.9 
 
 		 4502 aa  73.2  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  25.77 
 
 		 561 aa  73.6  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0336  thioester dehydrase family protein  35.71 
 
 		 134 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0321  AMP-dependent synthetase and ligase  24.42 
 
 		 503 aa  73.6  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.289675  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3892  Beta-hydroxyacyl-(acyl-carrier-protein) dehydratase FabA/FabZ  34.38 
 
 		 128 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1853  short chain acyl-CoA synthetase  24.44 
 
 		 543 aa  73.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.342081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3383  thioester dehydrase family protein  35.24 
 
 		 120 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  26.29 
 
 		 523 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  26.33 
 
 		 523 aa  72.4  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>