More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3038 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_3038  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 226 aa  456  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.340421  normal  0.0334024 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0899  GntR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 226 aa  262  3e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.742389  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0887  GntR family transcriptional regulator  61.95 
 
 		 258 aa  260  1e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4135  GntR family transcriptional regulator  60.73 
 
 		 226 aa  251  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0982  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 226 aa  247  9e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0526617 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0544  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.314121  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1023  GntR family transcriptional regulator  60.44 
 
 		 226 aa  247  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2372  GntR family transcriptional regulator  61.9 
 
 		 226 aa  234  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.126259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1929  GntR family transcriptional regulator  49.77 
 
 		 249 aa  228  4e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0500  transcriptional regulator, GntR family  51.64 
 
 		 240 aa  224  7e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.162166  normal  0.780963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0513  transcriptional regulator, GntR family  51.64 
 
 		 238 aa  224  8e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.332909  normal  0.319587 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0040  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 227 aa  177  2e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5037  GntR family transcriptional regulator  43.63 
 
 		 216 aa  167  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.641243  hitchhiker  0.00313463 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5344  transcriptional regulator, GntR family  44.61 
 
 		 216 aa  162  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.227261  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3450  transcriptional regulator, GntR family  41.67 
 
 		 231 aa  161  7e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.101357  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 244 aa  152  2.9999999999999998e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  39.7 
 
 		 223 aa  147  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1728  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 231 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.414703  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1795  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1109  GntR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 215 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0065  GntR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 235 aa  108  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0261299  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 229 aa  105  5e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5572  GntR family transcriptional regulator  38.22 
 
 		 244 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0073  GntR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 232 aa  102  7e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3327  GntR family transcriptional regulator  33.52 
 
 		 250 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.545906  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1831  transcriptional regulator, GntR family  30.29 
 
 		 239 aa  99.8  3e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.185738  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 228 aa  99  6e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2350  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 242 aa  98.2  1e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2096  transcriptional regulator, GntR family  31.6 
 
 		 237 aa  97.1  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5826  GntR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 254 aa  96.7  3e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000644703 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0694  transcriptional regulator, GntR family  28.28 
 
 		 215 aa  96.7  3e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 231 aa  96.3  4e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1861  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 264 aa  93.6  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8055  transcriptional regulator, GntR family  32.85 
 
 		 250 aa  93.6  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0095  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 230 aa  92.8  3e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2587  transcriptional regulator, GntR family  32.09 
 
 		 225 aa  92.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0202  transcriptional regulator, GntR family  31.22 
 
 		 233 aa  92.8  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0023081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 229 aa  92  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0795  GntR family transcriptional regulator  28 
 
 		 232 aa  92  6e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1537  transcriptional regulator, GntR family  27.98 
 
 		 226 aa  92  7e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000150611  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1711  GntR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 255 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.950871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0786  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 253 aa  91.3  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.000452632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0479  transcriptional regulator, GntR family  29.38 
 
 		 265 aa  90.1  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3756  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 243 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.435924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0526  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000481506  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3029  GntR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 233 aa  90.1  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4266  transcriptional regulator, GntR family  33.66 
 
 		 239 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 230 aa  89.4  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0276  transcriptional regulator, GntR family  28.44 
 
 		 254 aa  89  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0241099  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3731  GntR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 229 aa  89  6e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1021  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 231 aa  89  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.698861  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2118  GntR family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.654279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0088  transcriptional regulator, GntR family  30.59 
 
 		 239 aa  88.2  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2360  GntR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 247 aa  88.2  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.68775 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3249  GntR family transcriptional regulator  30.73 
 
 		 215 aa  87.8  1e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5794  GntR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 216 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.499675 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0046  regulatory protein GntR, HTH  31.58 
 
 		 247 aa  86.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3003  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 216 aa  86.3  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.88449  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5741  GntR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 228 aa  86.3  4e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0911809  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8046  transcriptional regulator, GntR family  32.92 
 
 		 224 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.529008  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 233 aa  85.5  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2899  GntR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 241 aa  85.1  8e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527875  normal  0.0122308 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3658  GntR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 245 aa  84.7  9e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2211  transcriptional regulator, GntR family  31.55 
 
 		 222 aa  84.3  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0153172  decreased coverage  0.00038585 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 226 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 235 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5914  transcriptional regulator, GntR family  29.61 
 
 		 243 aa  84.7  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.961809  normal  0.157742 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3321  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 230 aa  84  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.216307  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 234 aa  83.2  0.000000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3020  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 239 aa  83.2  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7955  transcriptional regulator, GntR family  33.82 
 
 		 233 aa  83.2  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5221  transcriptional regulator, GntR family  31.25 
 
 		 218 aa  82.8  0.000000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.910392 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8557  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 217 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 229 aa  82  0.000000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  30.6 
 
 		 223 aa  82  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  30.51 
 
 		 247 aa  81.6  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 224 aa  80.9  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  27.92 
 
 		 229 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0081  GntR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 240 aa  81.3  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0384322 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4416  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 217 aa  81.3  0.00000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3874  GntR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 236 aa  81.3  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.692905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3844  GntR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 260 aa  80.9  0.00000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0591762 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5067  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 226 aa  81.3  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.722709 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0855  transcriptional regulator, GntR family  26.77 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.894475  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 247 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  30.21 
 
 		 253 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  29.95 
 
 		 238 aa  80.1  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3761  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4432  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.200664  normal  0.344729 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3706  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 223 aa  80.5  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5905  GntR family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 244 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  26.96 
 
 		 231 aa  79.7  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3132  GntR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 230 aa  80.1  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.258152  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4499  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 239 aa  80.1  0.00000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.928158  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0496  transcriptional regulator, GntR family  31.75 
 
 		 218 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.50739  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>