More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3023 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.56 
 
 
983 aa  1807    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1861  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.75 
 
 
978 aa  1545    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3479  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.13 
 
 
946 aa  1455    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.389807 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1473  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.6 
 
 
947 aa  1386    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0442327  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.6 
 
 
898 aa  748    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2185  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.24 
 
 
960 aa  1555    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.602321  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1391  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.48 
 
 
947 aa  1551    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3925  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.38 
 
 
959 aa  1441    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.287134  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.43 
 
 
967 aa  1481    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4024  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.61 
 
 
966 aa  1473    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2902  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1724    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.679741  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0031  formate dehydrogenase, alpha subunit  59.72 
 
 
1000 aa  1209    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4097  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.47 
 
 
959 aa  1465    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0805  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.04 
 
 
948 aa  1463    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.624345  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.13 
 
 
901 aa  731    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.95 
 
 
911 aa  675    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0450  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1725    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.858013  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2964  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1722    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  81.7 
 
 
956 aa  1649    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4406  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.53 
 
 
950 aa  1489    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3012  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  83.23 
 
 
984 aa  1726    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.467116  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  80.96 
 
 
977 aa  1652    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1080  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  72.31 
 
 
960 aa  1414    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4144  formate dehydrogenase, alpha subunit  87.44 
 
 
983 aa  1807    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.110494  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4869  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.53 
 
 
950 aa  1489    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0187329 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0839  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.25 
 
 
946 aa  1439    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.331727  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4914  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.63 
 
 
950 aa  1493    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.263268 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3636  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.6 
 
 
959 aa  1447    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.234983 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3019  formate dehydrogenase, alpha subunit  80.06 
 
 
957 aa  1612    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.41 
 
 
983 aa  1802    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  43.09 
 
 
899 aa  734    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2595  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1725    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.619743  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1622  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.74 
 
 
984 aa  1734    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.437101  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.54 
 
 
879 aa  642    Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0724  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.43 
 
 
948 aa  1443    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.696908  normal  0.792249 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0735  formate dehydrogenase, alpha subunit  69.7 
 
 
952 aa  1389    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.33 
 
 
953 aa  1466    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  75.87 
 
 
944 aa  1516    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3023  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 
982 aa  2055    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0162015  normal  0.0152175 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3552  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.34 
 
 
960 aa  1554    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2897  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.81 
 
 
959 aa  1446    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.30865  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2558  formate dehydrogenase, alpha subunit  68.64 
 
 
973 aa  1375    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.779669  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.4 
 
 
893 aa  756    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1809  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.24 
 
 
960 aa  1550    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.550904  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4645  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.2 
 
 
948 aa  1467    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.83 
 
 
949 aa  1555    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0964  NAD-dependent formate dehydrogenase, alpha subunit  97.86 
 
 
982 aa  2024    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0180  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1725    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0623  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.87 
 
 
948 aa  1463    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.816724  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  82.22 
 
 
957 aa  1652    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  74.55 
 
 
952 aa  1488    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.99 
 
 
983 aa  1813    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.86 
 
 
893 aa  743    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.18 
 
 
900 aa  774    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0967  formate dehydrogenase, alpha subunit  83.13 
 
 
984 aa  1725    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.15 
 
 
900 aa  715    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.48 
 
 
906 aa  677    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.04 
 
 
893 aa  779    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3089  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.34 
 
 
959 aa  1456    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.440267  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.15 
 
 
903 aa  644    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2383  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.08 
 
 
959 aa  1552    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.6 
 
 
917 aa  758    Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2684  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.26 
 
 
951 aa  1379    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.801873  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0895  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.69 
 
 
983 aa  1809    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.99873  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2750  formate dehydrogenase, alpha subunit  77.95 
 
 
969 aa  1586    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0453604 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3660  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.22 
 
 
888 aa  684    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.99 
 
 
983 aa  1813    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2741  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.64 
 
 
960 aa  1413    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.313061 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1708  formate dehydrogenase, alpha subunit  76.48 
 
 
959 aa  1554    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.19 
 
 
920 aa  670    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  86.89 
 
 
983 aa  1813    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2853  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.6 
 
 
960 aa  1415    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.771386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  72.21 
 
 
951 aa  1464    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0727  formate dehydrogenase, alpha subunit  89.01 
 
 
979 aa  1857    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0216931  normal  0.398444 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.14 
 
 
886 aa  679    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.11 
 
 
905 aa  673    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3656  formate dehydrogenase, alpha subunit  70.93 
 
 
948 aa  1443    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.480327 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.61 
 
 
956 aa  1464    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.6 
 
 
904 aa  719    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2856  formate dehydrogenase, alpha subunit  67.13 
 
 
959 aa  1312    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3566  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.1 
 
 
886 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0757584 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4642  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.1 
 
 
886 aa  627  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0800652  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.95 
 
 
925 aa  624  1e-177  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.59 
 
 
945 aa  620  1e-176  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2513  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.93 
 
 
927 aa  612  1e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0190469  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3266  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.63 
 
 
988 aa  607  9.999999999999999e-173  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271284  normal  0.20027 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4523  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.33 
 
 
886 aa  602  1e-170  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.195662  normal  0.224956 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4391  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.33 
 
 
886 aa  602  1e-170  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.410335  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5226  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.34 
 
 
988 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.24763  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8358  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.34 
 
 
988 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0641  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.76 
 
 
979 aa  595  1e-168  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.92 
 
 
937 aa  592  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3926  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.88 
 
 
924 aa  590  1e-167  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0997  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.4 
 
 
953 aa  582  1e-164  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5043  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.67 
 
 
989 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.331865  normal  0.361747 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0464  formate dehydrogenase, alpha subunit  34.75 
 
 
987 aa  578  1.0000000000000001e-163  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.58 
 
 
933 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1318  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.41 
 
 
973 aa  578  1.0000000000000001e-163  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4582  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.67 
 
 
989 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.656955 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0843  formate dehydrogenase, alpha subunit  35.83 
 
 
994 aa  573  1.0000000000000001e-162  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>