More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2168 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2168  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 
310 aa  633  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2585  LysR family transcriptional regulator  64.63 
 
 
306 aa  404  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2711  LysR family transcriptional regulator  64.29 
 
 
306 aa  403  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4103  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 
300 aa  260  3e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4432  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1299  LysR family transcriptional regulator  47.24 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.713495  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3970  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
300 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0489002 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0957  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1940  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1244  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2219  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  9.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4546  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.471439  normal  0.18075 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3822  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.563678  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5758  LysR family transcriptional regulator  46.9 
 
 
300 aa  251  1e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0665563  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0206  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0296  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  251  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1663  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
338 aa  249  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0218  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 
300 aa  247  2e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6670  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 
311 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.128722  normal  0.169753 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1518  transcriptional regulator, LysR family  37.41 
 
 
316 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5141  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.730925 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2956  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 
316 aa  192  4e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.2285  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6018  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
320 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6318  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
320 aa  192  6e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.988548  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1826  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
316 aa  191  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0150451  hitchhiker  0.00784297 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3344  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
329 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0604334  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4171  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
305 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.632041  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4822  LysR family transcriptional regulator  37.09 
 
 
329 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2599  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 
319 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888741  normal  0.833483 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2910  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 
309 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5236  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 
311 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.61001  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0068  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 
318 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3819  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
316 aa  178  9e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.166193  normal  0.37605 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3555  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
302 aa  178  1e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0795  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 
316 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.556779 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3205  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0988994 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1582  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  171  2e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1783  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  170  2e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6961  transcriptional regulator, LysR family  34.69 
 
 
316 aa  171  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01316  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.789583  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1986  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  170  3e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.388332 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1553  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  170  3e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.381755  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01326  hypothetical protein  34.48 
 
 
302 aa  170  3e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.688177  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2286  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.48 
 
 
302 aa  170  3e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2305  transcriptional regulator, LysR family  34.48 
 
 
302 aa  169  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.661434  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26270  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 
329 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.338283  normal  0.903696 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1455  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.14 
 
 
302 aa  168  1e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0515  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 
298 aa  167  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.523289  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0222  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 
307 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4199  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 
298 aa  166  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0146  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 
296 aa  165  9e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2110  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.136267  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1495  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0603097  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1807  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0475  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0793  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0377  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 
299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0396  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 
298 aa  163  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1301  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 
301 aa  161  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.828365  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5811  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
303 aa  159  6e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.638559  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0229  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
306 aa  159  7e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.983112 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5159  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
318 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6604  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 
315 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0610737  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5134  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 
342 aa  155  9e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.178908  normal  0.868057 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5936  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
302 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3700  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
332 aa  153  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0546971  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5307  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 
306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0037216  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5423  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
306 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0829573  normal  0.0352079 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4846  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
306 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5439  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
306 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4764  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 
306 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.6122  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3348  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 
306 aa  152  7e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0103811 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5417  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
302 aa  152  8.999999999999999e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.826157  normal  0.396347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1765  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 
315 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.111845 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7451  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 
302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4446  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
306 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.553142  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1450  transcriptional regulator, LysR family  32.18 
 
 
305 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.756367  normal  0.270362 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1408  transcriptional regulator, LysR family  31.83 
 
 
312 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0263821  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3287  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
316 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4296  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 
295 aa  132  7.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4505  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
308 aa  126  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.061822 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4197  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 
310 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5895  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
304 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0445545 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4768  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.533402 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0947  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 
305 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.401348 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3599  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.601039  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5515  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
304 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.664098  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0207  LysR family transcriptional regulator  28.31 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7090  transcriptional regulator, LysR family  27.44 
 
 
306 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1777  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 
351 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.142089  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3031  LysR family transcriptional regulator  32.02 
 
 
324 aa  116  5e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0317613  normal  0.872582 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3436  DNA-binding transcriptional activator TdcA  26.89 
 
 
312 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.716587  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5745  transcriptional regulator, LysR family  25.48 
 
 
331 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02985  DNA-binding transcriptional activator  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0585  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4431  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0908114 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3592  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3414  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0580  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.74712  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3306  DNA-binding transcriptional activator TdcA  27.27 
 
 
312 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>