More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2143 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2143  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 302 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2115  LysR family transcriptional regulator  95.24 
 
 		 294 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2218  LysR family transcriptional regulator  43.33 
 
 		 289 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.573789 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3369  LysR family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 298 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384644 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2547  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 289 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.291089  decreased coverage  0.00703073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44180  LysR family transcriptional regulator  41.43 
 
 		 293 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.680935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3168  LysR family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 298 aa  199  5e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.655223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3758  putative transcriptional regulator  40.71 
 
 		 293 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3681  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 299 aa  192  5e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 295 aa  183  3e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2552  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  157  1e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.438292 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0485  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 294 aa  151  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.916327  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3084  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  149  7e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.115544  normal  0.0198492 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3199  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 287 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 286 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 287 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  36.22 
 
 		 286 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3146  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2533  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 311 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 293 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0327  LysR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.621945 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3460  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.143807  normal  0.568663 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3254  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 288 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.819694  normal  0.147179 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6501  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711222  normal  0.162689 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29540  transcriptional regulator  35.29 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2144  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.527134  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3682  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 286 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.903074  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3260  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.670628  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 287 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1695  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 294 aa  135  8e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.909005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5138  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5011  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 289 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.967403  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  30.67 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2407  MarR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 283 aa  133  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.565631  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4477  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.861356  normal  0.041098 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4611  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.144049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4288  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 295 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.423442  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5191  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 289 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1421  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.993172  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5518  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.593502  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2677  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 286 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.519308  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 316 aa  129  9.000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 314 aa  126  5e-28  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4470  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0844089  normal  0.102172 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4604  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 311 aa  124  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 301 aa  122  5e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.32 
 
 		 303 aa  122  6e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0133  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 292 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.273474  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 320 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  31.36 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4191  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 304 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.936352  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2996  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 274 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.563844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0178  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 290 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.500574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 311 aa  118  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3147  LysR, substrate-binding  29.07 
 
 		 290 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.873813  normal  0.524387 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  23.97 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 326 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1279  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0660  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.558378 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 309 aa  115  7.999999999999999e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7527  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 295 aa  114  3e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 289 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  29.83 
 
 		 326 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  28.63 
 
 		 305 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 296 aa  110  2.0000000000000002e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4969  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  109  5e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>