More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_2004 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 		 215 aa  437  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  52.45 
 
 		 246 aa  209  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 246 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  53.43 
 
 		 246 aa  208  4e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  46.57 
 
 		 226 aa  174  9e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  47.06 
 
 		 244 aa  174  9e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 217 aa  162  3e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 227 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 236 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 248 aa  124  8.000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 237 aa  124  1e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  36.41 
 
 		 226 aa  123  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  34.48 
 
 		 237 aa  122  3e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 248 aa  121  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 238 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 280 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 238 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0431  GntR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 249 aa  120  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.21992 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 224 aa  120  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 238 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  36.18 
 
 		 226 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  36.18 
 
 		 221 aa  118  7.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  36.54 
 
 		 234 aa  118  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 266 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.8 
 
 		 221 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  33.96 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.96 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.96 
 
 		 221 aa  116  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2209  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.96 
 
 		 221 aa  115  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.583652  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.49 
 
 		 221 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  33.49 
 
 		 221 aa  115  6.9999999999999995e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.65 
 
 		 221 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4646  GntR family transcriptional regulator  43.12 
 
 		 234 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.221886 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  33.49 
 
 		 238 aa  112  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  35.71 
 
 		 240 aa  111  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  35.03 
 
 		 227 aa  110  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 219 aa  109  3e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  32.67 
 
 		 219 aa  108  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 243 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 244 aa  107  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 245 aa  106  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 237 aa  106  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 230 aa  105  6e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 214 aa  105  6e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 220 aa  105  7e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 236 aa  103  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3784  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 222 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.142846  normal  0.227758 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 244 aa  101  9e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  36.88 
 
 		 215 aa  99  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 248 aa  99  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 228 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2552  GntR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 245 aa  97.1  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.00000205206  normal  0.288206 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1669  transcriptional regulator, GntR family  32.02 
 
 		 225 aa  96.7  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.072531  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 235 aa  97.4  2e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 		 216 aa  97.1  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.37 
 
 		 221 aa  95.5  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7238  transcriptional regulator GntR family  28.57 
 
 		 224 aa  95.5  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.178912  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 262 aa  95.1  7e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  32 
 
 		 239 aa  94.7  9e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 236 aa  94.7  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1190  transcriptional regulator, GntR family  29.58 
 
 		 219 aa  94  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.814536  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 221 aa  93.2  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 216 aa  92.8  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0023  transcriptional regulator, GntR family  28.12 
 
 		 228 aa  93.2  3e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 233 aa  91.3  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4931  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 231 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.558054  hitchhiker  0.000443766 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2971  GntR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 232 aa  90.5  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3745  transcriptional regulator, GntR family  29.56 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 222 aa  88.6  7e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3795  transcriptional regulator, GntR family  24.19 
 
 		 229 aa  88.2  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.326665  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0600  GntR family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 225 aa  88.2  8e-17  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2044  transcriptional regulator, GntR family  28.85 
 
 		 221 aa  88.2  8e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000328211  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 234 aa  87.4  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  31.79 
 
 		 218 aa  86.3  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 248 aa  86.3  3e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0874  transcriptional regulator, GntR family  22.33 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.917982  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3588  transcriptional regulator, GntR family  32.24 
 
 		 226 aa  85.9  4e-16  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3878  transcriptional regulator, GntR family  23.72 
 
 		 229 aa  86.3  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.709818 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0988  transcriptional regulator, GntR family  29.41 
 
 		 227 aa  85.5  6e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3042  GntR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 226 aa  85.5  6e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0942  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 214 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2464  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 219 aa  84.3  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0602  GntR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 220 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0180782  normal  0.364212 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0059  GntR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 229 aa  83.6  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8629  transcriptional regulator, GntR family  32.31 
 
 		 223 aa  83.6  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>