More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1999 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_1999  amino acid permease-associated region  100 
 
 		 483 aa  957    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.597442 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6478  amino acid permease-associated region  45.64 
 
 		 479 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6713  amino acid permease-associated region  45.64 
 
 		 479 aa  420  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.300572 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0436  amino acid permease-associated region  44.28 
 
 		 467 aa  384  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3239  amino acid permease-associated region  45.7 
 
 		 464 aa  367  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1922  amino acid permease-associated region  46.37 
 
 		 485 aa  364  2e-99  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.255466  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7499  amino acid permease-associated region  40.84 
 
 		 495 aa  325  1e-87  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2557  amino acid permease-associated region  38.22 
 
 		 484 aa  321  1.9999999999999998e-86  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.549104  normal  0.058591 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1105  amino acid permease-associated region  39.39 
 
 		 516 aa  313  4.999999999999999e-84  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.536968  normal  0.272162 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4433  amino acid permease-associated region  39.08 
 
 		 484 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000000491134  normal  0.744647 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3067  amino acid permease-associated region  43.41 
 
 		 498 aa  304  3.0000000000000004e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0955  amino acid transporter  35.22 
 
 		 481 aa  290  4e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3953  amino acid permease-associated region  38.91 
 
 		 485 aa  289  8e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1170  amino acid permease family protein  40.93 
 
 		 497 aa  288  1e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.381443  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0252  amino acid permease-associated region  36.57 
 
 		 485 aa  288  1e-76  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1037  amino acid permease-associated region  36.27 
 
 		 509 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.809227  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1795  amino acid permease-associated region  33.81 
 
 		 516 aa  286  8e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.829801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5564  amino acid permease-associated region  33.6 
 
 		 510 aa  285  9e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.293737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1244  amino acid permease-associated region  32.87 
 
 		 513 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  decreased coverage  0.000000642825  decreased coverage  0.00000288489 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4853  amino acid permease-associated region  37.42 
 
 		 493 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.983882  normal  0.590068 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1630  amino acid permease-associated region  37.37 
 
 		 497 aa  283  4.0000000000000003e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.100446 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0188  amino acid permease-associated region  33.61 
 
 		 510 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.215217 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0199  amino acid permease-associated region  33.4 
 
 		 510 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4735  amino acid permease-associated region  35.12 
 
 		 488 aa  280  4e-74  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0673378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0208  amino acid permease-associated region  33.4 
 
 		 510 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.350417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0667  amino acid permease-associated region  34.47 
 
 		 474 aa  279  7e-74  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.819834  decreased coverage  0.000117019 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0605  amino acid permease-associated region  33.33 
 
 		 504 aa  278  2e-73  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.139482  normal  0.912711 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3507  amino acid permease-associated region  38.84 
 
 		 491 aa  274  2.0000000000000002e-72  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2722  amino acid permease-associated region  40.13 
 
 		 486 aa  269  1e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3579  amino acid permease-associated region  39.24 
 
 		 496 aa  263  8e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0767  amino acid permease-associated region  34.69 
 
 		 490 aa  262  1e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.184256 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1747  amino acid permease-associated region  34.58 
 
 		 510 aa  257  3e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.318843 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1731  amino acid permease-associated region  34.79 
 
 		 509 aa  256  8e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.177585  decreased coverage  0.00117638 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3754  amino acid permease-associated region  33.61 
 
 		 485 aa  253  6e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1046  amino acid permease-associated region  36.31 
 
 		 492 aa  233  6e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20672  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2078  amino acid permease-associated region  31.4 
 
 		 527 aa  229  1e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.491472  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0145  amino acid permease-associated region  32.79 
 
 		 486 aa  228  2e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0153  amino acid permease-associated region  31.67 
 
 		 487 aa  226  1e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3178  amino acid permease-associated region  31.58 
 
 		 502 aa  212  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00000963226  hitchhiker  0.000000000995055 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00320  amino acid transporter  34.97 
 
 		 483 aa  191  2e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8962  amino acid permease-associated region  31.55 
 
 		 504 aa  185  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4018  amino acid permease-associated region  31.28 
 
 		 507 aa  152  8.999999999999999e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.536093  hitchhiker  0.00116869 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0648  amino acid permease-associated region  27.39 
 
 		 469 aa  130  7.000000000000001e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.916187  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3299  amino acid permease-associated region  25.92 
 
 		 491 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2522  amino acid permease-associated region  26.05 
 
 		 461 aa  110  6e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2626  amino acid permease-associated region  24.85 
 
 		 521 aa  105  1e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1683  amino acid permease-associated region  27.37 
 
 		 501 aa  100  4e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.374924 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1312  amino acid permease-associated region  26.24 
 
 		 450 aa  99.8  9e-20  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3295  amino acid permease-associated region  25.05 
 
 		 486 aa  99.4  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2055  amino acid permease-associated region  26.27 
 
 		 449 aa  96.7  8e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0413  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 454 aa  93.2  9e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1999  amino acid permease-associated region  22.81 
 
 		 490 aa  91.3  3e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.352019  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2478  amino acid permease-associated region  25.3 
 
 		 459 aa  88.2  3e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.65738  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1968  amino acid permease-associated region  28.25 
 
 		 495 aa  88.2  3e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.196311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38130  putative amino acid permease  24.31 
 
 		 456 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00291045 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0513  amino acid permease-associated region  24.02 
 
 		 492 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.120819  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7852  Amino acid transporter-like protein  26.42 
 
 		 489 aa  87.4  6e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.512635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0524  amino acid permease-associated region  24.02 
 
 		 492 aa  87  6e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.735838  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1035  amino acid permease-associated region  24.25 
 
 		 477 aa  87  7e-16  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7711  amino acid permease-associated region  26.1 
 
 		 482 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.668016  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0502  amino acid permease-associated region  23.81 
 
 		 492 aa  86.7  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3246  putative amino acid permease  24.77 
 
 		 456 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1969  amino acid permease-associated region  26.85 
 
 		 487 aa  83.2  0.000000000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0135269  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6311  putative transporter  25.27 
 
 		 449 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2831  amino acid permease-associated region  25.95 
 
 		 497 aa  81.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.820669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0222  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 		 502 aa  81.3  0.00000000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0218084  normal  0.257393 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0232  amino acid permease-associated region  25.41 
 
 		 511 aa  81.3  0.00000000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.188638  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0242  amino acid permease-associated region  25.54 
 
 		 502 aa  80.9  0.00000000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.990635 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2919  amino acid permease-associated region  24.44 
 
 		 507 aa  80.9  0.00000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0553691 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1778  amino acid permease-associated region  23.35 
 
 		 475 aa  80.1  0.00000000000008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72710  putative transporter  26.38 
 
 		 449 aa  80.1  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1182  amino acid permease-associated region  22.81 
 
 		 472 aa  79.7  0.0000000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.616059 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23470  amino acid transporter  22.87 
 
 		 465 aa  75.9  0.000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00108461  hitchhiker  0.00000906997 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1550  amino acid permease-associated region  25.96 
 
 		 462 aa  73.9  0.000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.29371  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2839  amino acid permease-associated region  26.68 
 
 		 506 aa  73.6  0.000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.703085 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2324  putative transporter  22.83 
 
 		 468 aa  72.4  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4004  amino acid permease-associated region  22.56 
 
 		 456 aa  71.6  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.967061  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3079  amino acid permease-associated region  22.15 
 
 		 456 aa  70.9  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2924  amino acid permease-associated region  25.33 
 
 		 473 aa  70.9  0.00000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.670343  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1698  amino acid permease-associated region  25.67 
 
 		 463 aa  70.1  0.00000000008  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.471872  normal  0.470522 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01273  putrescine importer  21.73 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01284  hypothetical protein  21.73 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6404  amino acid tranporter  26.32 
 
 		 468 aa  70.1  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.307303 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1411  amino acid permease  21.73 
 
 		 461 aa  70.1  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1938  amino acid permease  21.6 
 
 		 461 aa  69.7  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.173953 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1271  amino acid permease-associated region  22.26 
 
 		 449 aa  69.3  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.633139  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1826  amino acid permease  21.6 
 
 		 461 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1505  amino acid permease  21.6 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3425  amino acid permease-associated region  22.36 
 
 		 456 aa  68.9  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2329  amino acid permease-associated region  21.6 
 
 		 461 aa  69.3  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4371  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.670873  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3995  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140691  normal  0.543798 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3634  amino acid permease-associated region  24.78 
 
 		 443 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3528  amino acid permease-associated region  25 
 
 		 446 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.802107 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0187  amino acid permease-associated region  22.79 
 
 		 466 aa  68.2  0.0000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.20058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3458  amino acid permease-associated region  24.55 
 
 		 443 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4081  amino acid permease  24.48 
 
 		 443 aa  67.4  0.0000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2442  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3056  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.738455  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3075  amino acid permease-associated region  26.01 
 
 		 468 aa  67.4  0.0000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>