142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_1238 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1008  poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] depolymerase protein  75.12 
 
 
422 aa  682    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0708481  normal  0.116581 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1928  intracellular PHB depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.216313  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1049  polyhydroxyalkanoate depolymerase  77.26 
 
 
413 aa  678    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1339  intracellular PHB depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5666  polyhydroxyalkanoate depolymerase  84.6 
 
 
491 aa  773    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0973  intracellular PHB depolymerase  86.81 
 
 
489 aa  774    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3308  polyhydroxyalkanoate depolymerase  97.18 
 
 
425 aa  868    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1017  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  76.7 
 
 
414 aa  685    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0679448  normal  0.514648 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1238  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  100 
 
 
425 aa  890    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.216045  normal  0.981991 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1712  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.4 
 
 
496 aa  771    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.251069  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2094  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  88.03 
 
 
426 aa  802    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0897664 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2363  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.54 
 
 
493 aa  776    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.664586  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0874  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  74.7 
 
 
423 aa  677    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.275188 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2324  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.4 
 
 
496 aa  771    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1025  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.610303  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0840  intracellular PHB depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1178  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  86.57 
 
 
488 aa  773    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1186  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0939  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  75.18 
 
 
423 aa  679    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0791917 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0308  intracellular poly[D(-)-3-hydroxybutyrate] (PHB) depolymerase  86.33 
 
 
488 aa  773    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.209918  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2243  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.87 
 
 
493 aa  775    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.900848 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0953  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.36 
 
 
498 aa  774    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.268615  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2347  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  84.4 
 
 
496 aa  771    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0907841 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1497  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66.67 
 
 
429 aa  632  1e-180  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0465  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66.67 
 
 
426 aa  620  1e-176  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0188945  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2173  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  66.19 
 
 
489 aa  598  1e-170  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.83307  normal  0.399177 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2488  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  65.25 
 
 
475 aa  600  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.89917  normal  0.104373 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2375  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  64.29 
 
 
577 aa  600  1e-170  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0272  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  65.8 
 
 
537 aa  600  1e-170  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  63.87 
 
 
435 aa  596  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.247321 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1886  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  63.4 
 
 
435 aa  590  1e-167  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2138  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  64.08 
 
 
471 aa  588  1e-167  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.621716  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01811  PHB depolymerase  64.42 
 
 
447 aa  588  1e-167  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.146201  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2974  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  65.22 
 
 
413 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3620  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  63.57 
 
 
457 aa  581  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0440063  normal  0.0507451 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2340  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  62.06 
 
 
465 aa  578  1e-164  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.110215  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1246  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  63.81 
 
 
435 aa  567  1e-160  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.292614  normal  0.146048 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2410  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  48.18 
 
 
416 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.864459  normal  0.428989 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1875  hypothetical protein  48.42 
 
 
430 aa  396  1e-109  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.00000000000304391  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0569  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.09 
 
 
414 aa  396  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.120563  normal  0.13441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4365  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.76 
 
 
425 aa  397  1e-109  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0229  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.76 
 
 
444 aa  393  1e-108  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.141477  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4888  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.07 
 
 
424 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.995024  normal  0.020248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0130  polyhydroxyalkanoate depolymerase  46.35 
 
 
444 aa  389  1e-107  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.232557  normal  0.295515 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0012  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.78 
 
 
412 aa  390  1e-107  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.814207  hitchhiker  0.000215226 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3356  polyhydroxyalkanoate depolymerase  47.12 
 
 
418 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.407835  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0645  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.34 
 
 
406 aa  387  1e-106  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.287948  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.1 
 
 
441 aa  382  1e-105  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0356  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.32 
 
 
442 aa  385  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0126  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.1 
 
 
441 aa  383  1e-105  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0685  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.19 
 
 
410 aa  382  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0605  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.36 
 
 
414 aa  384  1e-105  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.302778  normal  0.0859081 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0016  intracellular PHB depolymerase  45.52 
 
 
431 aa  382  1e-105  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1836  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.34 
 
 
422 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.176989  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0594  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  46.36 
 
 
414 aa  385  1e-105  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.470124  normal  0.0258179 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3233  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.9 
 
 
424 aa  379  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0578  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.1 
 
 
442 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.124675  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7656  putative intracellular PHB depolymerase  46.52 
 
 
413 aa  376  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17009  normal  0.928701 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2866  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.58 
 
 
420 aa  374  1e-102  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00128937  normal  0.272145 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2136  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.93 
 
 
405 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0323  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.79 
 
 
427 aa  368  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0033027 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3950  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.03 
 
 
425 aa  365  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0878456  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4214  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.38 
 
 
419 aa  365  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.013947 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4277  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.56 
 
 
425 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1565  hypothetical protein  43.9 
 
 
406 aa  362  8e-99  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.185575  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4722  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.85 
 
 
460 aa  362  9e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0138565 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2759  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.69 
 
 
405 aa  361  2e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0304  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.49 
 
 
473 aa  361  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0456984 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3323  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.78 
 
 
427 aa  359  4e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.343449 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4653  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.17 
 
 
418 aa  359  6e-98  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.35575  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4032  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  47.4 
 
 
357 aa  358  8e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4070  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.31 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1984  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.93 
 
 
406 aa  357  1.9999999999999998e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.309579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3776  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.31 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0649961  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4090  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.86 
 
 
405 aa  353  4e-96  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.102252  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4575  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.66 
 
 
454 aa  349  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0345994 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4633  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.45 
 
 
451 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3731  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.45 
 
 
451 aa  347  2e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.561013  normal  0.0436616 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4205  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.66 
 
 
454 aa  347  2e-94  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.619695  normal  0.249841 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0752  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.41 
 
 
446 aa  347  2e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3790  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.45 
 
 
451 aa  346  4e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal  0.0255913 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2756  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  44.88 
 
 
409 aa  344  1e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.40043  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2955  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.61 
 
 
402 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.141224  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1489  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.17 
 
 
404 aa  339  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4709  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  41.49 
 
 
446 aa  339  7e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1063  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.38 
 
 
430 aa  334  1e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3182  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.25 
 
 
421 aa  334  2e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0623  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  41.56 
 
 
404 aa  333  3e-90  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00770897 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3613  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  45.71 
 
 
445 aa  331  2e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.811214  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2365  polyhydroxyalkanoate depolymerase  45.45 
 
 
451 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.315244  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1960  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.75 
 
 
405 aa  329  6e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258028  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1683  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.93 
 
 
405 aa  328  1.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1214  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  40.73 
 
 
404 aa  327  3e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.302913  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0683  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  43.17 
 
 
404 aa  327  3e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.527178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1839  intracellular polyhydroxyalkanoate depolymerase  42.22 
 
 
429 aa  318  2e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0639707 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6279  hypothetical protein  40.98 
 
 
406 aa  317  2e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2312  intracellular polyhydroxyalkanoate depolymerase  41.5 
 
 
423 aa  316  5e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3745  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  40.62 
 
 
414 aa  316  6e-85  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4313  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  42.52 
 
 
476 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.77179  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2701  polyhydroxyalkanoate depolymerase, intracellular  41.63 
 
 
410 aa  311  2e-83  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.986005  normal  0.471986 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>