More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0961 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 359 aa  718    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  97.83 
 
 		 323 aa  641    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  86.06 
 
 		 338 aa  580  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  43.43 
 
 		 330 aa  297  1e-79  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  47.56 
 
 		 326 aa  289  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  43.6 
 
 		 326 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3061  transcriptional regulator, LacI family  43.16 
 
 		 326 aa  264  2e-69  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1193  transcriptional regulator, LacI family  42.81 
 
 		 326 aa  259  5.0000000000000005e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.502548  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  42.12 
 
 		 335 aa  254  1.0000000000000001e-66  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  42.33 
 
 		 337 aa  249  5e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.91 
 
 		 335 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.82 
 
 		 335 aa  246  4.9999999999999997e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  41.59 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  42.38 
 
 		 325 aa  241  2e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  39.21 
 
 		 335 aa  238  1e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.24 
 
 		 342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.24 
 
 		 342 aa  234  2.0000000000000002e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3342  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  37.16 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000152618  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  41.39 
 
 		 337 aa  230  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  41.9 
 
 		 335 aa  229  5e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  36.86 
 
 		 332 aa  229  8e-59  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  36.86 
 
 		 332 aa  229  8e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  36.56 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 347 aa  228  1e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  36.86 
 
 		 332 aa  228  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1484  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 		 331 aa  227  2e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4575  catabolite control protein A  36.86 
 
 		 332 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4929  catabolite control protein A  36.86 
 
 		 332 aa  227  3e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  36.56 
 
 		 332 aa  227  3e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  36.25 
 
 		 332 aa  226  4e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  36.56 
 
 		 332 aa  226  7e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40.37 
 
 		 347 aa  225  8e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  38.23 
 
 		 335 aa  225  9e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 		 341 aa  225  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 		 343 aa  225  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.8 
 
 		 343 aa  225  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.27 
 
 		 330 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.58 
 
 		 335 aa  223  4.9999999999999996e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  36.25 
 
 		 332 aa  223  6e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  41.52 
 
 		 332 aa  222  7e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.39 
 
 		 339 aa  222  8e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.2 
 
 		 341 aa  221  1.9999999999999999e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 346 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  40 
 
 		 356 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  38.67 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  40.66 
 
 		 349 aa  214  1.9999999999999998e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  37.99 
 
 		 334 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.5 
 
 		 341 aa  214  2.9999999999999995e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  38.67 
 
 		 349 aa  212  7e-54  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  40.67 
 
 		 334 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.72 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  36.57 
 
 		 368 aa  209  6e-53  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  38.96 
 
 		 344 aa  208  1e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 		 335 aa  208  1e-52  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.93 
 
 		 356 aa  208  1e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  40.24 
 
 		 335 aa  208  1e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2733  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.33 
 
 		 331 aa  207  2e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  35.87 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0698  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  34.65 
 
 		 330 aa  204  1e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  35.56 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.65 
 
 		 342 aa  203  3e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  39.63 
 
 		 353 aa  202  9e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  35.54 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  32.72 
 
 		 335 aa  201  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.31 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 338 aa  197  3e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  39.35 
 
 		 333 aa  196  5.000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.02 
 
 		 339 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 		 334 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  36.17 
 
 		 338 aa  195  9e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  36.61 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.98 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 		 340 aa  194  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  35.26 
 
 		 331 aa  194  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 335 aa  194  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  35.37 
 
 		 328 aa  192  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  36.92 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 339 aa  191  2e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  36.7 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.81 
 
 		 355 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.36 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.22 
 
 		 331 aa  189  4e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  38.11 
 
 		 343 aa  189  5e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.93 
 
 		 336 aa  189  5e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  37.8 
 
 		 343 aa  189  7e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 348 aa  189  9e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 347 aa  188  1e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>