39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0176 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  100 
 
 		 349 aa  699    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  79.66 
 
 		 349 aa  558  1e-158  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  65.33 
 
 		 337 aa  413  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  61.89 
 
 		 337 aa  412  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  63.35 
 
 		 337 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  64.29 
 
 		 351 aa  395  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  64.61 
 
 		 351 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  64.61 
 
 		 351 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  58.03 
 
 		 344 aa  356  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  57.7 
 
 		 344 aa  353  2e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  57.05 
 
 		 344 aa  351  1e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  43.18 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  46.5 
 
 		 367 aa  202  5e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  40.6 
 
 		 344 aa  182  1e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  45.21 
 
 		 377 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  38.1 
 
 		 368 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  40.82 
 
 		 377 aa  139  7e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  34.92 
 
 		 363 aa  139  8.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  40.31 
 
 		 368 aa  139  8.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  41.04 
 
 		 368 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  40.31 
 
 		 400 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  32.12 
 
 		 438 aa  108  1e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  27.43 
 
 		 416 aa  103  6e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  29.19 
 
 		 462 aa  97.1  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6229  hypothetical protein  41 
 
 		 668 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.422278 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4527  hypothetical protein  30.08 
 
 		 745 aa  67.8  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.820483  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4269  hypothetical protein  29.03 
 
 		 776 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.516015  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.15 
 
 		 920 aa  64.7  0.000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  29.41 
 
 		 403 aa  63.9  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4553  relaxase/mobilization nuclease family protein  32.03 
 
 		 994 aa  63.5  0.000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  28.29 
 
 		 409 aa  61.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4768  hypothetical protein  34.91 
 
 		 996 aa  61.2  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.439128  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6382  hypothetical protein  33.33 
 
 		 830 aa  58.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  26.6 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4166  hypothetical protein  28.81 
 
 		 895 aa  54.3  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3989  relaxase/mobilization nuclease family protein  26.29 
 
 		 777 aa  47  0.0004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3793  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  26.29 
 
 		 736 aa  46.2  0.0008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00267002  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1821  hypothetical protein  29.63 
 
 		 661 aa  45.1  0.002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3656  relaxase/mobilization nuclease family protein  25.77 
 
 		 777 aa  44.7  0.003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>