182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0172 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  77.41 
 
 		 575 aa  911    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  77.95 
 
 		 576 aa  916    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  90.24 
 
 		 593 aa  1076    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  75.54 
 
 		 557 aa  837    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  75.71 
 
 		 570 aa  843    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  75.4 
 
 		 570 aa  838    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  100 
 
 		 594 aa  1215    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  74.96 
 
 		 583 aa  914    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  50.47 
 
 		 677 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  52.86 
 
 		 559 aa  478  1e-133  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  49.33 
 
 		 601 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  44.27 
 
 		 758 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  43.13 
 
 		 648 aa  363  4e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  42.98 
 
 		 603 aa  346  6e-94  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  40.96 
 
 		 598 aa  344  2.9999999999999997e-93  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  41.76 
 
 		 713 aa  340  5.9999999999999996e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  41.52 
 
 		 651 aa  337  3.9999999999999995e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  41.57 
 
 		 670 aa  333  7.000000000000001e-90  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  38.04 
 
 		 592 aa  313  4.999999999999999e-84  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  38.13 
 
 		 655 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011148  SeAg_A0023  conjugal transfer protein  36.07 
 
 		 673 aa  303  6.000000000000001e-81  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6334  TRAG family protein  48.75 
 
 		 897 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  34.4 
 
 		 658 aa  280  6e-74  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  35.47 
 
 		 723 aa  272  1e-71  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  35.24 
 
 		 714 aa  271  2e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  36.05 
 
 		 648 aa  270  5e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  34.5 
 
 		 641 aa  266  7e-70  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0092  TaxB  34.05 
 
 		 611 aa  233  7.000000000000001e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.393332 
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0047  TraG/TraD family protein  33.48 
 
 		 620 aa  226  6e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  31 
 
 		 633 aa  201  3e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  32.95 
 
 		 633 aa  201  3.9999999999999996e-50  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  30.04 
 
 		 663 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  31.44 
 
 		 548 aa  190  7e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  30.79 
 
 		 834 aa  188  2e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  28.65 
 
 		 660 aa  186  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  28.98 
 
 		 699 aa  186  1.0000000000000001e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  31.74 
 
 		 662 aa  185  2.0000000000000003e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  31.13 
 
 		 809 aa  185  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  30.13 
 
 		 695 aa  185  2.0000000000000003e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  30.57 
 
 		 828 aa  186  2.0000000000000003e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  31.01 
 
 		 687 aa  184  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  29.46 
 
 		 699 aa  184  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  29.96 
 
 		 665 aa  183  7e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  31.65 
 
 		 661 aa  183  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  31.73 
 
 		 659 aa  182  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  29.96 
 
 		 675 aa  182  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  29.69 
 
 		 678 aa  182  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  30.33 
 
 		 665 aa  181  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  29.69 
 
 		 669 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  28.96 
 
 		 672 aa  181  2.9999999999999997e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  29.61 
 
 		 669 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  30.16 
 
 		 668 aa  180  8e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  30.6 
 
 		 659 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  30.16 
 
 		 661 aa  179  1e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  30.26 
 
 		 663 aa  178  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  31.59 
 
 		 678 aa  178  3e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  29.74 
 
 		 665 aa  177  4e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  29.69 
 
 		 674 aa  177  5e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  29.24 
 
 		 662 aa  177  6e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  30.28 
 
 		 661 aa  177  7e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  28.65 
 
 		 664 aa  176  8e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  30.18 
 
 		 665 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  29.11 
 
 		 663 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  30.73 
 
 		 687 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  29.11 
 
 		 663 aa  176  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.95 
 
 		 661 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  30.22 
 
 		 663 aa  176  9.999999999999999e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  30.22 
 
 		 667 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  29.42 
 
 		 673 aa  176  9.999999999999999e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  29.27 
 
 		 666 aa  175  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  29.93 
 
 		 666 aa  175  1.9999999999999998e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  30.68 
 
 		 676 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  30.79 
 
 		 662 aa  175  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  29.6 
 
 		 669 aa  175  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  29.2 
 
 		 670 aa  175  1.9999999999999998e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  31 
 
 		 700 aa  175  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  28.66 
 
 		 630 aa  174  2.9999999999999996e-42  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  29.44 
 
 		 661 aa  174  5e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  30.51 
 
 		 666 aa  174  5e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  28.85 
 
 		 661 aa  173  6.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  28.28 
 
 		 723 aa  173  7.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  26.59 
 
 		 714 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  28.79 
 
 		 664 aa  172  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  29.93 
 
 		 666 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000501937  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  30.33 
 
 		 823 aa  172  2e-41  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  30.56 
 
 		 661 aa  172  2e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  28.93 
 
 		 660 aa  171  3e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  29.46 
 
 		 664 aa  171  3e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  29.18 
 
 		 661 aa  171  4e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0680  agrobacteirum virulence protein VirD4  29.93 
 
 		 554 aa  171  5e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  30.29 
 
 		 573 aa  170  7e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  29.49 
 
 		 669 aa  168  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  26.92 
 
 		 627 aa  167  4e-40  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6612  conjugal transfer coupling protein TraG  29.01 
 
 		 637 aa  166  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  28.75 
 
 		 756 aa  166  8e-40  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6525  conjugal transfer coupling protein TraG  29.01 
 
 		 637 aa  166  9e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.646585  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  28.66 
 
 		 658 aa  166  9e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4317  conjugal transfer coupling protein TraG  29.46 
 
 		 634 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.184857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  27.68 
 
 		 666 aa  165  2.0000000000000002e-39  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  29.48 
 
 		 664 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>