More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0052 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0052  Extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
387 aa  790    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  68.78 
 
 
386 aa  518  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1310  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  63.4 
 
 
389 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.381196  normal  0.934076 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  65.46 
 
 
384 aa  491  9.999999999999999e-139  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5900  extracellular ligand-binding receptor  63.51 
 
 
384 aa  489  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.137338 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6648  Extracellular ligand-binding receptor  63.97 
 
 
382 aa  474  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0122953  normal  0.152 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  64.25 
 
 
382 aa  477  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  36.06 
 
 
443 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  34.47 
 
 
397 aa  197  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  35.29 
 
 
438 aa  195  1e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  34.92 
 
 
414 aa  194  2e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  32.76 
 
 
423 aa  186  4e-46  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  34.19 
 
 
440 aa  186  6e-46  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  32.82 
 
 
414 aa  186  7e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.79 
 
 
420 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2007  urea ABC transporter, urea binding protein  35.87 
 
 
405 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3587  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.69 
 
 
418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1711  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.99 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0299695  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.7 
 
 
424 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0220  urea ABC transporter, urea binding protein  33.42 
 
 
421 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.618006  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  35.07 
 
 
405 aa  183  3e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
424 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.43 
 
 
424 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  32.31 
 
 
421 aa  181  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  32.69 
 
 
418 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3145  urea ABC transporter, urea binding protein  33.33 
 
 
422 aa  181  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0349  extracellular ligand-binding receptor  31.23 
 
 
407 aa  181  2.9999999999999997e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.15 
 
 
414 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3572  ABC transporter substrate-binding protein  32.78 
 
 
422 aa  179  8e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.536665  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
419 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  35.38 
 
 
407 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3690  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
417 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3381  ABC transporter substrate-binding protein  33.06 
 
 
417 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2975  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.98 
 
 
416 aa  177  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.13601 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  31.71 
 
 
413 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0976  urea ABC transporter, urea binding protein  33.06 
 
 
426 aa  175  9.999999999999999e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  31.44 
 
 
413 aa  175  9.999999999999999e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  34.54 
 
 
393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  33.33 
 
 
392 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  32.61 
 
 
419 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  33.06 
 
 
420 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.12 
 
 
431 aa  173  5.999999999999999e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  31.28 
 
 
422 aa  173  5.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  31.01 
 
 
413 aa  172  5.999999999999999e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  33.24 
 
 
391 aa  172  1e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  32.22 
 
 
418 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  33.24 
 
 
420 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.52 
 
 
393 aa  171  2e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  31.82 
 
 
410 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  32.18 
 
 
428 aa  170  3e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2250  putative urea ABC transporter, urea binding protein  32.58 
 
 
431 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.582147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  32.87 
 
 
416 aa  166  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  33.88 
 
 
413 aa  166  8e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  32.03 
 
 
425 aa  165  1.0000000000000001e-39  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
421 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  30.68 
 
 
421 aa  160  3e-38  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  31.04 
 
 
463 aa  160  5e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  29.1 
 
 
410 aa  159  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  31.79 
 
 
840 aa  158  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0697  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.17 
 
 
425 aa  156  6e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951166  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.65 
 
 
432 aa  156  7e-37  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1084  urea ABC transporter, urea binding protein  32.72 
 
 
425 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  30.41 
 
 
421 aa  155  1e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1255  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic protein  31.3 
 
 
445 aa  155  1e-36  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.857524 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  29.95 
 
 
402 aa  155  1e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  29.35 
 
 
402 aa  155  1e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7583  ABC transporter substrate-binding protein  31.27 
 
 
393 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.185627  normal  0.979023 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1048  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.75 
 
 
425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.293483  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19191  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.75 
 
 
425 aa  154  2.9999999999999998e-36  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  28.98 
 
 
412 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4452  putative Leu/Ile/Val/Thr/Ala-binding protein  30.19 
 
 
412 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.133528 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  32.29 
 
 
427 aa  153  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  32.28 
 
 
419 aa  152  8e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  31.89 
 
 
420 aa  152  1e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  31.52 
 
 
420 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  31.94 
 
 
421 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0829  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.48 
 
 
425 aa  150  3e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.94 
 
 
421 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  31.94 
 
 
421 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08861  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  31.48 
 
 
425 aa  150  4e-35  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  30.96 
 
 
421 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  31.33 
 
 
422 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  30.96 
 
 
421 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  31.25 
 
 
420 aa  149  7e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5759  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  29.02 
 
 
411 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  31.96 
 
 
428 aa  149  9e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  32.11 
 
 
422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.25 
 
 
421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.34 
 
 
397 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  31.68 
 
 
421 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00881  ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  29.25 
 
 
403 aa  147  3e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0809  Extracellular ligand-binding receptor  28.72 
 
 
414 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.91 
 
 
391 aa  146  5e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0993  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.34 
 
 
426 aa  146  6e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.63 
 
 
421 aa  146  6e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3322  putative UreA/short-chain amide transport system substrate-binding protein precursor  30.17 
 
 
415 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12992  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  31.05 
 
 
419 aa  146  8.000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  31.85 
 
 
422 aa  145  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.08 
 
 
382 aa  145  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  32.26 
 
 
418 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>