More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_0049 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010681  Bphyt_0049  putative amidase expression-regulating protein  100 
 
 
380 aa  777    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2996  putative amidase expression-regulating protein  55.1 
 
 
391 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5692  putative amidase expression-regulating protein  50.95 
 
 
377 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0892365  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6645  Extracellular ligand-binding receptor  50.68 
 
 
377 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548908  normal  0.064075 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1305  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.15 
 
 
397 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.614657  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5905  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  53.7 
 
 
391 aa  396  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.607996  normal  0.0988317 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4419  putative amidase expression-regulating protein  50.13 
 
 
384 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1951  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  45.11 
 
 
388 aa  353  4e-96  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3638  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  42.97 
 
 
382 aa  323  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13399  normal  0.0727576 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4902  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.17 
 
 
405 aa  324  2e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1846  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  44.93 
 
 
380 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.280778 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0462  chain B, amide receptor of the amidase operon (Amic)  41.58 
 
 
388 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.564198 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2778  urea ABC transporter, urea binding protein  39.51 
 
 
418 aa  299  5e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2206  regulatory protein, putative  39.89 
 
 
382 aa  290  2e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.137264  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2419  regulatory protein, putative  40 
 
 
382 aa  290  4e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.816344  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1823  extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 
419 aa  287  2e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.158541  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5753  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  41.08 
 
 
384 aa  280  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.887831 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2862  urea ABC transporter, urea binding protein  42.31 
 
 
443 aa  279  5e-74  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2143  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  38.32 
 
 
385 aa  279  5e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20580  aliphatic amidase expression-regulating protein  38.74 
 
 
385 aa  279  5e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172164  normal  0.861433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2205  extracellular ligand-binding receptor  39.39 
 
 
393 aa  278  1e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.327939  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1766  aliphatic amidase expression-regulating protein  38.74 
 
 
385 aa  276  3e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2418  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  38.78 
 
 
393 aa  276  4e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3498  urea ABC transporter, urea binding protein  39.46 
 
 
419 aa  272  8.000000000000001e-72  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0969064 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4361  extracellular ligand-binding receptor  40.83 
 
 
438 aa  271  1e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000367621  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0803  ABC branched chain amino acid family transporter, periplasmic ligand binding protein  39.78 
 
 
388 aa  271  1e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.123562  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4596  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.18 
 
 
372 aa  269  5e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0130  extracellular ligand-binding receptor  37.64 
 
 
423 aa  265  7e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0243473 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1674  urea ABC transporter, urea binding protein  37.74 
 
 
407 aa  257  2e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3324  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  40 
 
 
402 aa  257  2e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2260  urea ABC transporter, urea binding protein  38.4 
 
 
440 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.411735  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2661  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  37.04 
 
 
385 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.547475  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5281  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  39.01 
 
 
425 aa  253  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3240  urea ABC transporter, urea binding protein  35.95 
 
 
405 aa  252  8.000000000000001e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00360419  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4910  extracellular ligand-binding receptor  38.27 
 
 
397 aa  251  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.618157  normal  0.278899 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4295  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  39.78 
 
 
388 aa  251  1e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0107993 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2291  extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 
421 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.553297  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2338  extracellular ligand-binding receptor  37.06 
 
 
421 aa  250  3e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.267805 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3022  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, AmiC  38.77 
 
 
384 aa  250  4e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3881  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  37.91 
 
 
411 aa  248  1e-64  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3798  extracellular ligand-binding receptor  36.78 
 
 
402 aa  248  1e-64  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2596  extracellular ligand-binding receptor  36.78 
 
 
402 aa  248  1e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.677611 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0810  putative PAS/PAC sensor protein  38.44 
 
 
840 aa  248  2e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.643579  normal  0.828908 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1953  putative aliphatic amidase expression-regulating protein (amiC)  38.19 
 
 
410 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2330  extracellular ligand-binding receptor  35.97 
 
 
421 aa  245  9.999999999999999e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.26288  normal  0.0264278 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1662  ABC transporter, periplasmic binding protein, putative  37.71 
 
 
428 aa  243  3.9999999999999997e-63  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1506  putative substrate-binding component of ABC transporter  35.85 
 
 
436 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1139  urea ABC transporter, urea binding protein  36.64 
 
 
413 aa  239  5e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29741  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  39.08 
 
 
431 aa  239  6.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2161  urea ABC transporter, urea binding protein  36.34 
 
 
422 aa  238  1e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.269161  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2500  urea ABC transporter, urea binding protein  36.34 
 
 
422 aa  238  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.172849  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0701  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.63 
 
 
421 aa  237  2e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.525993  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0986  twin-arginine translocation pathway signal  35.54 
 
 
418 aa  237  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0952  twin-arginine translocation pathway signal  35.81 
 
 
419 aa  236  3e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.553309  normal  0.40345 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1289  putative substrate-binding component of ABC transporter  34.5 
 
 
436 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1687  extracellular ligand-binding receptor  35.41 
 
 
413 aa  236  6e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2746  urea ABC transporter, urea binding protein  36.34 
 
 
423 aa  236  6e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.276837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3780  putative aliphatic amidase expression-regulating protein  35.16 
 
 
404 aa  236  6e-61  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.583472  hitchhiker  0.00053565 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0700  urea ABC transporter, urea binding protein  36.49 
 
 
463 aa  236  6e-61  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0172324  hitchhiker  0.0000000649369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1200  urea ABC transporter, urea binding protein  36.36 
 
 
413 aa  235  9e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.12535 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3200  putative aliphatic amidase expression-regulating protein, amiC  37.1 
 
 
386 aa  235  1.0000000000000001e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1360  urea ABC transporter, urea binding protein  36.36 
 
 
413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396806  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6186  urea ABC transporter, urea binding protein  36.36 
 
 
410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.411723  normal  0.830735 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3931  urea ABC transporter, urea binding protein  35.64 
 
 
417 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.606906  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1421  putative substrate-binding periplasmic transport protein  36.07 
 
 
422 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1443  urea ABC transporter, urea binding protein  36.54 
 
 
420 aa  233  5e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0654  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  35.99 
 
 
391 aa  233  5e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.379667 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3500  twin-arginine translocation pathway signal  36.81 
 
 
420 aa  232  7.000000000000001e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1252  amide-urea binding protein  36.54 
 
 
392 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0854371  normal  0.451875 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3864  amide-urea binding protein  36.81 
 
 
420 aa  232  9e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.601855  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4426  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.29 
 
 
421 aa  231  1e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.171999 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3381  twin-arginine translocation pathway signal  36.87 
 
 
419 aa  231  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3211  twin-arginine translocation pathway signal  37.4 
 
 
420 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.35137  normal  0.840301 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1988  putative substrate-binding periplasmic transport protein  36.07 
 
 
423 aa  231  2e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.146215 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3112  urea ABC transporter, urea binding protein  38.46 
 
 
416 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3732  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.78 
 
 
424 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4636  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.78 
 
 
424 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5668  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  37.78 
 
 
424 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.851164  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4719  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.56 
 
 
421 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.14369  normal  0.0383938 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1393  twin-arginine translocation pathway signal  37.07 
 
 
428 aa  230  3e-59  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.656328  normal  0.386042 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0997  twin-arginine translocation pathway signal  36.87 
 
 
427 aa  230  3e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4841  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  35.56 
 
 
421 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.365474 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4078  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.64 
 
 
414 aa  230  4e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.749846  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0593  urea ABC transporter, urea binding protein  34.51 
 
 
418 aa  229  8e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0692994 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4898  urea ABC transporter, urea binding protein  35.56 
 
 
421 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0308389 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1443  twin-arginine translocation pathway signal  35.11 
 
 
420 aa  228  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5579  hypothetical protein  35.29 
 
 
421 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64270  hypothetical protein  35.29 
 
 
421 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00916173  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4012  urea ABC transporter, urea binding protein  36.77 
 
 
422 aa  226  5.0000000000000005e-58  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.394915  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4633  urea ABC transporter, urea binding protein  35.29 
 
 
421 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.688874  normal  0.0837107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5512  ABC transporter substrate-binding protein  34.71 
 
 
422 aa  225  8e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.115941  normal  0.320522 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08881  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  37.33 
 
 
425 aa  225  9e-58  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2041  putative urea/short-chain amide-binding signal peptide protein  35.66 
 
 
418 aa  224  1e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4885  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  34.49 
 
 
421 aa  224  1e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.99 
 
 
420 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2193  urea ABC transporter, urea binding protein  35.54 
 
 
418 aa  224  1e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.200796 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2794  urea ABC transporter, urea binding protein  34.48 
 
 
422 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2620  putative urea ABC transporter, substrate binding protein  35.87 
 
 
432 aa  224  2e-57  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0558299  normal  0.886918 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2873  urea ABC transporter, urea binding protein  34.48 
 
 
422 aa  224  2e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.862041  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1340  urea ABC transporter urea binding protein  34.48 
 
 
422 aa  224  2e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.231626 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>