More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6858 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6858  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.1149  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3977  LysR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.459808  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001290  transcriptional regulator LysR family protein  35.64 
 
 		 308 aa  193  4e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.913137  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4846  transcriptional regulator, LysR family  42.96 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.067999 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5290  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0902185 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0027  LysR family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.302128  normal  0.674901 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3569  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.898807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0431  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3295  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.923456  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5073  LysR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4485  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 308 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5212  LysR family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 301 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0079  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000353876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0030  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.93 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0094  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 299 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.686241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5010  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0097  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.603539  hitchhiker  0.0000731437 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0094  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 299 aa  178  9e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000160709 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0586  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0164  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 316 aa  177  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00400  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 304 aa  176  3e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.119408 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0065  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 317 aa  175  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0698  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.18558  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0483  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2120  LysR family regulatory protein  37.37 
 
 		 339 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.246446  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1856  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.144419  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0994  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367666  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1967  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.166127  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0840  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 301 aa  172  5e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3291  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5074  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00820352 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0752  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 292 aa  168  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1574  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2717  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.624024  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5375  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 302 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.323066 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3743  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00613556 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4620  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.15 
 
 		 300 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3780  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.116323  decreased coverage  0.000992163 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4992  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2922  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 312 aa  162  6e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.264653  normal  0.551343 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4553  hypothetical protein  33.22 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2267  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000460407  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.99 
 
 		 306 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2352  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7696  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 341 aa  159  6e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.349394 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2946  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 292 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.601984 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5907  transcriptional regulator LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  158  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5999  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.504175 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0745  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0528277 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0248  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 302 aa  157  2e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.319703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6490  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5634  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 330 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3881  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 297 aa  157  3e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3544  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 310 aa  156  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  hitchhiker  0.00470366  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0033  putative transcriptional regulator  36.18 
 
 		 299 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.195958  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0891  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.867323  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3137  transcriptional regulator, LysR family  35.31 
 
 		 287 aa  155  8e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.076596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0481  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7408  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 330 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.936004 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1334  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 311 aa  153  2.9999999999999998e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111205 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3030  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  153  4e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0262827 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.07 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  152  5e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0418  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171121  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3471  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000267837  hitchhiker  0.000102426 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.76 
 
 		 303 aa  152  7e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4008  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 292 aa  152  7e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1025  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 305 aa  151  1e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.1 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00415  transcription regulator protein  33 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.41 
 
 		 303 aa  151  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6126  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10800  transcriptional regulator AmpR  37.85 
 
 		 296 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0253412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  33.56 
 
 		 303 aa  150  2e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1165  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.711876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2272  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  normal  0.046421 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5525  LysR family transcriptional regulator  33.87 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.70643  normal  0.485988 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3748  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 293 aa  149  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.970136  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0998  LysR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 290 aa  149  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.927457 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3688  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000292486  normal  0.608026 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6153  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 330 aa  149  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5462  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 306 aa  148  9e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.278821  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  32.53 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>