More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6818 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6818  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
322 aa  652    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.580362  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6804  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  73.84 
 
 
322 aa  481  1e-135  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.453683  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6817  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.57 
 
 
322 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0294191  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.38 
 
 
316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.57 
 
 
311 aa  126  5e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.29 
 
 
311 aa  125  1e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  33.12 
 
 
295 aa  125  1e-27  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  32.18 
 
 
307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  31.23 
 
 
289 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  31.1 
 
 
307 aa  114  3e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
292 aa  113  5e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  33.86 
 
 
294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  28.17 
 
 
296 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  30.61 
 
 
315 aa  110  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3448  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
326 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  31.03 
 
 
307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  29.03 
 
 
295 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  27.57 
 
 
299 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  31.65 
 
 
292 aa  106  4e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.62 
 
 
315 aa  107  4e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2399  ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein  30.13 
 
 
310 aa  106  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  31.65 
 
 
292 aa  106  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  29.03 
 
 
295 aa  106  5e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  31.23 
 
 
296 aa  106  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.99 
 
 
306 aa  106  7e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.32 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.32 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
294 aa  104  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
294 aa  104  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  104  2e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  30.58 
 
 
292 aa  104  2e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.32 
 
 
296 aa  103  4e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.91 
 
 
301 aa  103  4e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  29.2 
 
 
296 aa  103  5e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  102  7e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.47 
 
 
296 aa  102  8e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0580  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0579  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.196661  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0669  ribose ABC transporter ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  101  2e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0726  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  29.68 
 
 
308 aa  101  2e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.9854199999999997e-37 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  28.32 
 
 
296 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.68 
 
 
321 aa  100  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.66 
 
 
320 aa  97.1  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.72 
 
 
322 aa  96.7  4e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1336  periplasmic binding protein and sugar binding domain of the LacI family protein  29.02 
 
 
312 aa  96.3  6e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.454554 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0573  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.8 
 
 
321 aa  95.9  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27 
 
 
324 aa  95.1  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.61 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4229  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.61 
 
 
318 aa  94.4  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2257  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.86 
 
 
309 aa  93.2  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.876756  normal  0.048401 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  29.04 
 
 
308 aa  93.2  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2882  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.94 
 
 
354 aa  92.8  7e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.79248 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2035  Monosaccharide-transporting ATPase  27.55 
 
 
309 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.609477  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1985  monosaccharide-transporting ATPase  28.36 
 
 
306 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.27759  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4207  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.8 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4095  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.8 
 
 
328 aa  90.5  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.39 
 
 
320 aa  89.7  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6223  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.81 
 
 
325 aa  89.7  6e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.945898  normal  0.500437 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1855  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.28 
 
 
326 aa  89.7  6e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3110  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.48 
 
 
294 aa  89.4  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00370209  hitchhiker  0.000114297 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.14 
 
 
308 aa  89  9e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.78 
 
 
330 aa  89.4  9e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8257  periplasmic ribose-binding protein  29.63 
 
 
353 aa  87.4  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.01712 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3903  Monosaccharide-transporting ATPase  31.7 
 
 
311 aa  87  4e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2790  bifunctional carbohydrate binding and transport protein  26.88 
 
 
312 aa  87  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.614175 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03960  D-allose transporter subunit  31.7 
 
 
311 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03920  hypothetical protein  31.7 
 
 
311 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4768  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.19 
 
 
318 aa  86.7  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.379262  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3938  D-allose transporter subunit  31.7 
 
 
311 aa  86.7  5e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1017  sugar-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  30.3 
 
 
319 aa  85.9  9e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.353153  normal  0.189775 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.72 
 
 
320 aa  85.5  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.591469  normal  0.698974 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2475  monosaccharide-transporting ATPase  25.76 
 
 
321 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.498676  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1720  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.72 
 
 
320 aa  84.7  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000157019  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.38 
 
 
322 aa  83.6  0.000000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4554  D-allose transporter subunit  30.94 
 
 
313 aa  83.6  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4340  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.06 
 
 
339 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.75 
 
 
335 aa  83.2  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2239  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.33 
 
 
343 aa  83.2  0.000000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.957083  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1044  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.26 
 
 
321 aa  83.2  0.000000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.74741  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4157  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 
321 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.645067 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4625  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.44 
 
 
329 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.525494 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0381  Monosaccharide-transporting ATPase  28.06 
 
 
339 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3049  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding, putative  30.27 
 
 
308 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00910782  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2371  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.97 
 
 
341 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  27.24 
 
 
319 aa  81.6  0.00000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2298  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  23.39 
 
 
345 aa  81.6  0.00000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.211923  normal  0.0897745 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2682  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
328 aa  80.9  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.776041 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.79 
 
 
343 aa  80.9  0.00000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4908  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 
320 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2127  ABC transporter periplasmic-binding protein ytfQ precursor  32.17 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>