95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6104 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6104  xylose isomerase domain-containing protein  100 
 
 		 278 aa  559  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2191  sugar phosphate isomerases/epimerases  45.96 
 
 		 273 aa  261  8.999999999999999e-69  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2149  xylose isomerase domain-containing protein  51.7 
 
 		 271 aa  258  7e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.398235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30200  Xylose isomerase-type TIM-barrel protein  50.56 
 
 		 271 aa  256  2e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4909  xylose isomerase-like TIM barrel  49.06 
 
 		 271 aa  249  3e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3240  xylose isomerase domain-containing protein  48.68 
 
 		 271 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2673  xylose isomerase domain-containing protein  53.28 
 
 		 287 aa  243  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2603  xylose isomerase domain protein TIM barrel  47.92 
 
 		 271 aa  240  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0698398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3122  xylose isomerase domain-containing protein  47.92 
 
 		 271 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02960  hypothetical protein  53.53 
 
 		 271 aa  224  9e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000610778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2702  xylose isomerase domain-containing protein  44.12 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.964957  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1216  xylose isomerase domain-containing protein  41.08 
 
 		 270 aa  201  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2699  xylose isomerase domain-containing protein  42.64 
 
 		 277 aa  194  2e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.254699 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0410  xylose isomerase-like TIM barrel  36.12 
 
 		 285 aa  159  4e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3481  xylose isomerase domain-containing protein  35.48 
 
 		 278 aa  151  1e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1590  xylose isomerase-like TIM barrel  35.09 
 
 		 286 aa  148  8e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5912  xylose isomerase domain-containing protein  39.7 
 
 		 275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.2156  decreased coverage  0.00155667 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1392  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  36.93 
 
 		 266 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0783  xylose isomerase-like TIM barrel  35.94 
 
 		 268 aa  143  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.248846  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8641  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.61 
 
 		 269 aa  141  9e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3810  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.33 
 
 		 280 aa  138  7.999999999999999e-32  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.022666  normal  0.0930685 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3491  xylose isomerase domain-containing protein  35.34 
 
 		 263 aa  135  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2346  xylose isomerase domain-containing protein  35.82 
 
 		 276 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.848938 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3460  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.76 
 
 		 274 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2843  xylose isomerase domain-containing protein  35.68 
 
 		 269 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.719805 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3684  xylose isomerase domain-containing protein  29.78 
 
 		 277 aa  98.6  1e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.414118  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3640  xylose isomerase domain-containing protein  36.36 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.461732  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1496  xylose isomerase domain-containing protein  29.59 
 
 		 270 aa  90.9  2e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0707299 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0134  xylose isomerase domain-containing protein  32.85 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3304  xylose isomerase domain-containing protein  36.46 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0184902 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7150  xylose isomerase domain-containing protein  26.89 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0169524 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6806  xylose isomerase domain-containing protein  29.05 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2254  xylose isomerase domain-containing protein  33.06 
 
 		 279 aa  77.8  0.0000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.565091 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0839  xylose isomerase domain-containing protein  29.73 
 
 		 292 aa  70.1  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3840  xylose isomerase domain-containing protein  39.39 
 
 		 280 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.479073 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3326  xylose isomerase domain-containing protein  26.81 
 
 		 284 aa  66.6  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.57 
 
 		 628 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.92924  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4415  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  34.57 
 
 		 628 aa  65.5  0.0000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4093  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.66 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.78661  normal  0.012574 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0418  xylose isomerase domain-containing protein  32.07 
 
 		 635 aa  62.8  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02058  hypothetical protein  26.88 
 
 		 626 aa  59.3  0.00000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0224521  normal  0.842888 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1026  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.71 
 
 		 287 aa  57.4  0.0000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2059  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase, putative  31.87 
 
 		 687 aa  57.4  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1081  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.56 
 
 		 628 aa  57  0.0000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.796659  normal  0.416218 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03000  hypothetical protein  34.46 
 
 		 634 aa  54.7  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135939 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1854  xylose isomerase-like TIM barrel  27.59 
 
 		 297 aa  53.9  0.000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.151277  normal  0.216619 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4428  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.28 
 
 		 633 aa  53.9  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4442  xylose isomerase domain-containing protein  28.78 
 
 		 298 aa  52.8  0.000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.481875  normal  0.31172 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5035  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  26 
 
 		 632 aa  52.8  0.000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0782  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  33.33 
 
 		 630 aa  52.8  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.817905  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0882  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.75 
 
 		 627 aa  52.4  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.923988 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5194  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.62 
 
 		 630 aa  52.4  0.000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0327  hypothetical protein  32.26 
 
 		 634 aa  52.4  0.000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.627098  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4666  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.62 
 
 		 630 aa  52.4  0.000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.735725 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0292  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.87 
 
 		 615 aa  51.6  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.45 
 
 		 624 aa  52  0.00001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3418  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.62 
 
 		 630 aa  52  0.00001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0242311  normal  0.14685 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1477  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.61 
 
 		 596 aa  51.6  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0230944  normal  0.313669 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3913  xylose isomerase domain-containing protein  27.32 
 
 		 617 aa  50.8  0.00003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.974395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0343  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 630 aa  50.4  0.00003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5305  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 630 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.114512 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4963  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 630 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0115166 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3062  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 630 aa  50.4  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5952  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.89 
 
 		 631 aa  50.1  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0955687  decreased coverage  0.00791612 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3320  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.89 
 
 		 630 aa  50.1  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5449  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  30.12 
 
 		 615 aa  50.1  0.00005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3911  xylose isomerase domain-containing protein  35.71 
 
 		 257 aa  49.3  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0998183 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3362  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.38 
 
 		 635 aa  49.3  0.00008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.283519  normal  0.789434 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7092  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.99 
 
 		 631 aa  48.9  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.26168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4496  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.02 
 
 		 638 aa  48.1  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2225  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.31 
 
 		 635 aa  47.8  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.44574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6113  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.3 
 
 		 623 aa  47.8  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.471766 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4204  xylose isomerase domain-containing protein  32.5 
 
 		 629 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.460434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3161  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.38 
 
 		 635 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.706766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2554  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  29.38 
 
 		 635 aa  47  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00914053 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1560  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  28.02 
 
 		 632 aa  46.6  0.0004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.288895  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6979  xylose isomerase domain-containing protein  25.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.363123  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1508  xylose isomerase-like TIM barrel  25.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.291962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6321  xylose isomerase domain-containing protein  25.81 
 
 		 295 aa  46.6  0.0005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1894  putative amino acid dioxygenase  31.53 
 
 		 684 aa  46.2  0.0006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1752  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 684 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.10433  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0848  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 684 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2375  xylose isomerase-like TIM barrel  30.23 
 
 		 477 aa  45.8  0.0007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2205  putative 4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 684 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0577  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  31.53 
 
 		 687 aa  45.8  0.0007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0481  AP endonuclease  31.53 
 
 		 684 aa  46.2  0.0007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0891  AP endonuclease  31.53 
 
 		 684 aa  45.8  0.0007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.940921  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1715  xylose isomerase-like TIM barrel  24.47 
 
 		 272 aa  45.4  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4567  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  28 
 
 		 627 aa  45.4  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3692  xylose isomerase domain-containing protein  27.46 
 
 		 305 aa  44.7  0.002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3597  xylose isomerase domain-containing protein  31.07 
 
 		 270 aa  44.3  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.791675  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4755  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  27.21 
 
 		 637 aa  44.3  0.002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.304127  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0606  4-hydroxyphenylpyruvate dioxygenase  25.5 
 
 		 624 aa  42.7  0.006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0633938 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2313  oxidoreductase domain protein  26.09 
 
 		 616 aa  42.7  0.007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0122  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  27.21 
 
 		 627 aa  42.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.134725  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>