More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6018 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_6018  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
306 aa  599  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.550846  normal  0.605819 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  86.93 
 
 
313 aa  490  1e-137  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  80.39 
 
 
313 aa  456  1e-127  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6135  LysR family transcriptional regulator  80.07 
 
 
317 aa  456  1e-127  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.120476  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5627  transcriptional regulator, LysR family  79.41 
 
 
317 aa  445  1e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  66.99 
 
 
308 aa  395  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  68.95 
 
 
308 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  61.64 
 
 
308 aa  370  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  66.56 
 
 
308 aa  369  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  61.24 
 
 
310 aa  349  3e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0848  LysR-family transcriptional regulator  58.36 
 
 
308 aa  343  3e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00362304  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0739  LysR-family transcriptional regulator  58.36 
 
 
308 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  5.0568e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0751  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 
308 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000639538  normal  0.380791 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0812  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 
308 aa  342  4e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0254349  normal  0.598657 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0799  LysR family transcriptional regulator  58.36 
 
 
308 aa  341  9e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00821953  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  59.29 
 
 
316 aa  333  2e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  60.97 
 
 
310 aa  325  5e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  56.83 
 
 
324 aa  320  2e-86  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  56.83 
 
 
324 aa  319  4e-86  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  54.09 
 
 
323 aa  311  1e-83  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  54.29 
 
 
320 aa  310  2e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  53.95 
 
 
308 aa  308  6e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  40.26 
 
 
316 aa  211  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 
316 aa  197  1e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
316 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
335 aa  172  6e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 
312 aa  171  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 
328 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  39.62 
 
 
320 aa  164  1e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 
310 aa  150  2e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 
311 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
302 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  39.36 
 
 
323 aa  149  6e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  31.7 
 
 
331 aa  143  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  37.9 
 
 
305 aa  142  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  40 
 
 
313 aa  142  9e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  32.15 
 
 
318 aa  141  1e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.48 
 
 
305 aa  140  2e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  1.90292e-08  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.48 
 
 
305 aa  140  2e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  4.1726e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.63 
 
 
305 aa  141  2e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
319 aa  141  2e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.48 
 
 
307 aa  140  2e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  2.43153e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.72 
 
 
305 aa  140  2e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  5.72709e-09  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6344  transcriptional regulator, LysR family  33.44 
 
 
310 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  4.20428e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  33.33 
 
 
305 aa  140  3e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
325 aa  139  5e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 
324 aa  139  7e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 
306 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
306 aa  136  6e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 
306 aa  136  6e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 
329 aa  135  8e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  36.59 
 
 
302 aa  135  8e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 
309 aa  135  1e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  34.87 
 
 
339 aa  135  1e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 
303 aa  134  2e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7661  transcriptional regulator LysR family  35.6 
 
 
301 aa  133  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 
316 aa  130  3e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
301 aa  127  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 
306 aa  127  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  34.45 
 
 
299 aa  127  2e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
332 aa  127  2e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  32.35 
 
 
320 aa  127  2e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1501  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.73 
 
 
312 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.729326  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
345 aa  127  3e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  32.94 
 
 
306 aa  126  4e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 
336 aa  126  4e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 
328 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.62 
 
 
307 aa  126  6e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 
333 aa  125  8e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 
320 aa  125  8e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  34.94 
 
 
304 aa  125  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 
329 aa  125  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1631  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 
311 aa  124  3e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.06 
 
 
307 aa  123  3e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 
305 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
315 aa  121  1e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.2 
 
 
307 aa  122  1e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
302 aa  121  1e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 
313 aa  120  3e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  31.05 
 
 
320 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 
309 aa  120  4e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 
319 aa  119  5e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
307 aa  118  2e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 
304 aa  117  3e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0273  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 
295 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 
341 aa  115  7e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  34.58 
 
 
308 aa  114  2e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 
308 aa  113  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 
308 aa  113  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
306 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  32.94 
 
 
307 aa  113  4e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 
313 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
303 aa  110  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 
299 aa  111  2e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 
299 aa  110  2e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
306 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>