More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5379 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5379  GntR domain-containing protein  100 
 
 
234 aa  477  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.791423  normal  0.648453 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5449  GntR family transcriptional regulator  78.67 
 
 
247 aa  358  4e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.179216  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5900  GntR family transcriptional regulator  75.56 
 
 
232 aa  335  3e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.540308 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  72.69 
 
 
237 aa  334  7e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  72.69 
 
 
237 aa  334  7e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6080  GntR family transcriptional regulator  70.67 
 
 
238 aa  322  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.348599 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4447  GntR family transcriptional regulator  48.21 
 
 
238 aa  182  5e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  40.72 
 
 
255 aa  174  1e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  42.06 
 
 
257 aa  172  4e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  42.06 
 
 
257 aa  172  5e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  40.97 
 
 
261 aa  170  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  41.2 
 
 
258 aa  164  8e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1705  regulatory protein GntR HTH  40.61 
 
 
256 aa  162  3e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0259893  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0754  GntR family transcriptional regulator  39.32 
 
 
255 aa  161  9e-39  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.393325  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3633  GntR family transcriptional regulator  41.53 
 
 
257 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.744351 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2928  transcriptional regulator  38.71 
 
 
249 aa  157  9e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0871114  normal  0.303622 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  40 
 
 
261 aa  157  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3755  transcriptional regulator PdhR  38.36 
 
 
254 aa  156  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000830263  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3569  transcriptional regulator PdhR  37.9 
 
 
254 aa  155  6e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4055  transcriptional regulator PdhR  39.17 
 
 
250 aa  152  6e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0112662  normal  0.466854 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3857  transcriptional regulator PdhR  39.17 
 
 
250 aa  152  6e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  1.2948e-06 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3935  transcriptional regulator PdhR  39.17 
 
 
250 aa  152  6e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470057  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0673  transcriptional regulator PdhR  38.74 
 
 
254 aa  152  6e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0202  GntR-like  38.43 
 
 
257 aa  151  7e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4012  transcriptional regulator PdhR  39.73 
 
 
254 aa  151  9e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.152194  normal  0.323384 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3026  pyruvate dehydrogenase complex repressor  39.01 
 
 
255 aa  149  2e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.509676  normal  0.414999 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3914  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.517213  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0659  transcriptional regulator PdhR  39.35 
 
 
254 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.01329  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0633  transcriptional regulator PdhR  37.84 
 
 
254 aa  149  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.498815  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0117  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.50379e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  38.01 
 
 
258 aa  149  4e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4600  GntR domain-containing protein  38.4 
 
 
255 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.487729  normal  0.0576497 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3600  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.988331  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0427  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  149  4e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.988139  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0425  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  149  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.113174  normal  0.0306695 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0115  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00632319  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0173  transcriptional regulator PdhR  37.89 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0149565  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0170  transcriptional regulator PdhR  37.89 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0165  transcriptional regulator PdhR  37.89 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0164  transcriptional regulator PdhR  37.89 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.808215  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0106  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0767654  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0164  transcriptional regulator PdhR  37.89 
 
 
254 aa  149  4e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.754019  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0423  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  149  4e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0123  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.739593 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0120  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0135155  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3546  transcriptional regulator PdhR  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000909517  normal  0.0248062 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00111  hypothetical protein  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0201037  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00112  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00731446  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3489  regulatory protein GntR HTH  37.23 
 
 
254 aa  149  4e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  6.5438e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  39.29 
 
 
255 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  39.29 
 
 
255 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4734  GntR family transcriptional regulator  38.4 
 
 
255 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.315584  hitchhiker  0.00963759 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3364  transcriptional regulator PdhR  39.81 
 
 
254 aa  148  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0485553  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3492  transcriptional regulator PdhR  39.81 
 
 
254 aa  148  7e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.593618  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1035  transcriptional regulator PdhR  39.81 
 
 
278 aa  148  7e-35  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.778574  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3418  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  147  1e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.530869  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0374  transcriptional regulator PdhR  38.71 
 
 
250 aa  147  2e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.783921  hitchhiker  0.000643873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0697  GntR domain-containing protein  37.61 
 
 
255 aa  146  2e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.601248  hitchhiker  3.78938e-05 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4735  GntR domain-containing protein  37.97 
 
 
255 aa  145  4e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3384  transcriptional regulator PdhR  37.79 
 
 
250 aa  145  6e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  36.2 
 
 
270 aa  144  9e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  36.2 
 
 
270 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  38.39 
 
 
255 aa  143  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2283  GntR family transcriptional regulator  39.57 
 
 
255 aa  143  2e-33  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.666323  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  35.43 
 
 
270 aa  143  3e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  5.482e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0430  transcriptional regulator PdhR  38.25 
 
 
250 aa  142  4e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3778  transcriptional regulator PdhR  37.67 
 
 
250 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03465  transcriptional regulator PdhR  34.84 
 
 
255 aa  142  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0418  transcriptional regulator PdhR  38.25 
 
 
250 aa  141  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2626  transcriptional regulator PdhR  36.16 
 
 
256 aa  140  2e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2589  GntR family transcriptional regulator  37.95 
 
 
255 aa  139  3e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00059476 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002549  transcriptional repressor for pyruvate dehydrogenase complex  34.55 
 
 
255 aa  139  3e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3432  transcriptional regulator PdhR  38.53 
 
 
250 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.517793  normal  0.595075 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3349  regulatory protein GntR, HTH  33.48 
 
 
251 aa  139  3e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0318  transcriptional regulator PdhR  38.07 
 
 
250 aa  139  5e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.405359 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03226  transcriptional regulator of pyruvate dehydrogenase complex  34.25 
 
 
248 aa  136  3e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.226211  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1991  transcriptional regulator PdhR  35.29 
 
 
256 aa  135  7e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0366  GntR family transcriptional regulator  37.44 
 
 
288 aa  132  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4809  transcriptional regulator PdhR  34.88 
 
 
263 aa  132  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1666  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 
255 aa  131  7e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115082  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0158  GntR domain-containing protein  35.98 
 
 
239 aa  130  2e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0391  GntR domain-containing protein  37.04 
 
 
285 aa  129  3e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.35489  normal  0.643361 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2361  GntR domain protein  42.38 
 
 
254 aa  127  2e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2197  GntR domain-containing protein  34.58 
 
 
239 aa  126  3e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.63165e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1175  GntR family transcriptional regulator  36.29 
 
 
248 aa  126  4e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621986  normal  0.19706 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3910  DNA-binding transcriptional repressor LldR  40.1 
 
 
258 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5432  GntR domain protein  35.74 
 
 
248 aa  123  3e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622945  normal  0.658298 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4017  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.13 
 
 
258 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3972  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.13 
 
 
258 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.773658 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4079  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.13 
 
 
258 aa  121  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3894  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.13 
 
 
258 aa  121  1e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.659933 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  33.92 
 
 
253 aa  119  6e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0131  DNA-binding transcriptional repressor LldR  37.68 
 
 
257 aa  118  7e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4108  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.52 
 
 
258 aa  117  1e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4030  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.61 
 
 
258 aa  117  1e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3941  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.52 
 
 
258 aa  117  2e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03413  hypothetical protein  39.52 
 
 
258 aa  117  2e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3816  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.52 
 
 
258 aa  117  2e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03462  DNA-binding transcriptional repressor  39.52 
 
 
258 aa  117  2e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0104  DNA-binding transcriptional repressor LldR  39.52 
 
 
258 aa  117  2e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>