279 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5304 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_5304  RNA polymerase factor sigma-54  100 
 
 		 490 aa  993    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.78999  normal  0.0292267 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1172  RNA polymerase factor sigma-54  80.85 
 
 		 497 aa  812    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.163827 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5435  RNA polymerase factor sigma-54  80.97 
 
 		 493 aa  779    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.403044 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3119  RNA polymerase factor sigma-54  62.3 
 
 		 491 aa  578  1e-164  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.194904  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1345  RNA polymerase factor sigma-54  62.1 
 
 		 491 aa  576  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2995  RNA polymerase factor sigma-54  62.1 
 
 		 491 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.342471  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3882  RNA polymerase factor sigma-54  59.56 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3770  RNA polymerase factor sigma-54  59.56 
 
 		 500 aa  567  1e-160  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0528545  normal  0.0523944 
 
 
-
 
NC_003296  RSp1671  RNA polymerase factor sigma-54  58.92 
 
 		 500 aa  560  1e-158  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6067  RNA polymerase factor sigma-54  60.53 
 
 		 477 aa  552  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.166835  normal  0.0599686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1352  RNA polymerase factor sigma-54  60.53 
 
 		 477 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.632235  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6477  RNA polymerase factor sigma-54  60.53 
 
 		 477 aa  550  1e-155  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6346  RNA polymerase factor sigma-54  60.29 
 
 		 479 aa  546  1e-154  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0651972  normal  0.700008 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7019  RNA polymerase factor sigma-54  60.94 
 
 		 486 aa  542  1e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.50947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5472  RNA polymerase factor sigma-54  61.35 
 
 		 475 aa  543  1e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130261 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5616  RNA polymerase factor sigma-54  60.08 
 
 		 479 aa  544  1e-153  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.502286  normal  0.202881 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0303  RNA polymerase factor sigma-54  45.18 
 
 		 492 aa  409  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.152498  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0408  RNA polymerase factor sigma-54  44.75 
 
 		 499 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.236863 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0355  RNA polymerase factor sigma-54  45.71 
 
 		 493 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0263  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 		 503 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0290  RNA polymerase factor sigma-54  44.25 
 
 		 503 aa  405  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0084  sigma-54 (RpoN)  42.91 
 
 		 488 aa  400  9.999999999999999e-111  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0486  RNA polymerase factor sigma-54  44.77 
 
 		 513 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0148  putative RNA polymerase sigma N (sigma 54) factor transcription regulator protein  44.19 
 
 		 507 aa  395  1e-109  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3108  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 502 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.200113  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4149  RNA polymerase factor sigma-54  45.23 
 
 		 489 aa  397  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0765  RNA polymerase factor sigma-54  44.19 
 
 		 513 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.823391  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0597  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 502 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.779758  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1514  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 513 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0076  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 513 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2942  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 502 aa  397  1e-109  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2851  RNA polymerase factor sigma-54  44.14 
 
 		 501 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.795188  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0581  RNA polymerase factor sigma-54  44.38 
 
 		 502 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.23 
 
 		 525 aa  394  1e-108  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0337  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  45.23 
 
 		 525 aa  393  1e-108  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.411531  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2177  RNA polymerase factor sigma-54  44.53 
 
 		 498 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2791  RNA polymerase factor sigma-54  44.53 
 
 		 498 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.148981  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0708  RNA polymerase factor sigma-54  44.02 
 
 		 484 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.725065  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2802  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 		 501 aa  392  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.402108 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0524  RNA polymerase factor sigma-54  44.66 
 
 		 501 aa  391  1e-107  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2709  RNA polymerase factor sigma-54  43.48 
 
 		 501 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0191424 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6121  RNA polymerase factor sigma-54  44.27 
 
 		 501 aa  387  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.592385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0596  RNA polymerase factor sigma-54  43.45 
 
 		 503 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0209881 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0326  RNA polymerase factor sigma-54  44.12 
 
 		 505 aa  386  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.35647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0533  RNA polymerase factor sigma-54  43.06 
 
 		 478 aa  384  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4122  RNA polymerase factor sigma-54  43.7 
 
 		 505 aa  385  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0419  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  44.34 
 
 		 529 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.361593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0578  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.64 
 
 		 526 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0142  sigma-54 (RpoN)  41.37 
 
 		 488 aa  370  1e-101  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4348  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.76 
 
 		 520 aa  370  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0466  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41 
 
 		 530 aa  367  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.292828  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0732  RNA polymease sigma-54 factor protein  42.31 
 
 		 476 aa  366  1e-100  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.126089  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0778  sigma-54 (RpoN)  43.53 
 
 		 530 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4485  sigma-54 (RpoN)  41.15 
 
 		 515 aa  364  2e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.181904 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57940  RNA polymerase factor sigma-54  40.32 
 
 		 497 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03664  RNA polymerase factor sigma-54  39.92 
 
 		 491 aa  360  3e-98  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3710  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  41.68 
 
 		 521 aa  359  7e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.254796  normal  0.129145 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002403  RNA polymerase sigma-54 factor RpoN  39.44 
 
 		 489 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0870  RNA polymerase factor sigma-54  38.8 
 
 		 497 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.252205  normal  0.87298 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4225  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.71 
 
 		 536 aa  352  7e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390991 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.28 
 
 		 489 aa  351  1e-95  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3179  RNA polymerase factor sigma-54  37.4 
 
 		 507 aa  350  3e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03193  RNA polymerase sigma-54 factor  38.08 
 
 		 493 aa  350  3e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0726  RNA polymerase factor sigma-54  40.12 
 
 		 508 aa  349  6e-95  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0952  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 		 497 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0991  RNA polymerase factor sigma-54  38.58 
 
 		 497 aa  348  9e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0741  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 487 aa  348  2e-94  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.111429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2109  RNA polymerase factor sigma-54  38.71 
 
 		 487 aa  348  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4263  RNA polymerase factor sigma-54  39.21 
 
 		 497 aa  347  3e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5035  RNA polymerase factor sigma-54  40.87 
 
 		 497 aa  346  5e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.111129  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0857  RNA polymerase factor sigma-54  37.92 
 
 		 497 aa  346  5e-94  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.718619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2715  RNA polymerase factor sigma-54  39.22 
 
 		 511 aa  345  8e-94  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4453  RNA polymerase sigma-54 factor  38.32 
 
 		 497 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.508978  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0751  RNA polymerase, sigma54 subunit, RpoN  40.32 
 
 		 502 aa  343  5.999999999999999e-93  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0959  RNA polymerase factor sigma-54  38.91 
 
 		 489 aa  342  1e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.742347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4147  RNA polymerase factor sigma-54  38.32 
 
 		 511 aa  341  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12790  RNA polymerase factor sigma-54  40.76 
 
 		 488 aa  341  2e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4543  RNA polymerase sigma-54 factor  36.63 
 
 		 505 aa  340  2.9999999999999998e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2793  sigma-54, RpoN  38.66 
 
 		 482 aa  340  4e-92  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127883  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0674  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  42.99 
 
 		 538 aa  339  5.9999999999999996e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.354478  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2418  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.93 
 
 		 491 aa  334  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.969925  normal  0.0433381 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0370  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  40.56 
 
 		 497 aa  334  2e-90  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.273387 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0274  RNA polymerase factor sigma-54  40.33 
 
 		 477 aa  333  6e-90  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0721448  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0568  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  36.63 
 
 		 497 aa  333  6e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.380077  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2230  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  38.34 
 
 		 505 aa  332  8e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4367  RNA polymerase factor sigma-54  38.7 
 
 		 477 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0828271  normal  0.598436 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3638  RNA polymerase factor sigma-54  39.55 
 
 		 477 aa  330  3e-89  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.421634  normal  0.148775 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03067  DNA-directed RNA polymerase subunit N  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0010606  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4524  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0498  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.128471  normal  0.323836 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3395  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3498  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3568  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.676639  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3690  RNA polymerase factor sigma-54  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3025  RNA polymerase sigma-54 factor  39.48 
 
 		 475 aa  330  5.0000000000000004e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03018  hypothetical protein  39.35 
 
 		 477 aa  330  5.0000000000000004e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0014618  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2633  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.48 
 
 		 475 aa  330  5.0000000000000004e-89  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0505  RNA polymerase, sigma 54 subunit, RpoN  39.15 
 
 		 477 aa  329  9e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3088  RNA polymerase factor sigma-54  40.96 
 
 		 493 aa  326  7e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.104233  normal  0.152595 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3679  RNA polymerase factor sigma-54  38.68 
 
 		 477 aa  325  1e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.246915 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>