More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4989 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4989  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 232 aa  473  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0049  GntR family transcriptional regulator  57.78 
 
 		 245 aa  250  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3889  putative transcriptional regulator  56.64 
 
 		 240 aa  248  4e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.570531  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4019  transcriptional regulator, GntR family  56.87 
 
 		 255 aa  242  3e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4132  transcriptional regulator, GntR family  56.87 
 
 		 295 aa  242  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3323  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 226 aa  154  2e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4571  transcriptional regulator, GntR family  41.23 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0294362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3053  GntR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 229 aa  149  3e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.784851  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3422  GntR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 214 aa  149  4e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4201  regulatory protein GntR HTH  41.23 
 
 		 263 aa  148  6e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.316316 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1164  GntR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 218 aa  148  8e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720866  normal  0.242245 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 229 aa  148  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2906  GntR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 226 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.359044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1327  transcriptional regulator, GntR family  39.22 
 
 		 227 aa  144  1e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.349018 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3199  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 222 aa  142  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.405937  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4718  transcriptional regulator, GntR family  42.86 
 
 		 274 aa  142  5e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0061626 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5730  GntR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 251 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.645386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6547  GntR family transcriptional regulator  40.89 
 
 		 246 aa  139  3.9999999999999997e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3062  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 228 aa  138  8.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0583263  normal  0.817477 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2208  GntR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 223 aa  138  8.999999999999999e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.223397  normal  0.583334 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3484  GntR family transcriptional regulator  41.88 
 
 		 224 aa  135  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.294371  normal  0.809242 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2769  transcriptional regulator, GntR family  40.53 
 
 		 223 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5191  transcriptional regulator, GntR family  38.95 
 
 		 225 aa  133  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  decreased coverage  0.000155009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2905  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 231 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.839759  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5113  transcriptional regulator, GntR family  39.47 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0844169  normal  0.823532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4650  regulatory protein GntR HTH  39.47 
 
 		 230 aa  133  3e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.272173  normal  0.380465 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3389  GntR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 223 aa  133  3e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3096  GntR family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 255 aa  131  6.999999999999999e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3401  transcriptional regulator, GntR family  39.29 
 
 		 256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7930  transcriptional regulator, GntR family  39.5 
 
 		 221 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3021  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 234 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.222763 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4617  GntR family transcriptional regulator  41.38 
 
 		 239 aa  129  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3523  GntR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 275 aa  128  8.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.33471  normal  0.169398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0466  GntR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 239 aa  126  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4222  GntR family transcriptional regulator  35.68 
 
 		 254 aa  125  4.0000000000000003e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.993949  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6960  transcriptional regulator, GntR family  34.54 
 
 		 241 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4252  GntR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 241 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1377  transcriptional regulator, GntR family  39.7 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.322083  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5139  GntR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 242 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.911419  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3002  GntR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  2.78265e-16  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 227 aa  120  9.999999999999999e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4007  GntR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 233 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2754  GntR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.287594 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  37.95 
 
 		 223 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  29.72 
 
 		 231 aa  118  6e-26  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4449  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 241 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00199071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 212 aa  116  3e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3752  GntR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 211 aa  116  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.10635  normal  0.669748 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2384  GntR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 211 aa  112  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1149  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0675802  normal  0.772542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  37.04 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 223 aa  111  8.000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1245  GntR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 242 aa  110  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.65087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  34.74 
 
 		 212 aa  109  3e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 222 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4024  GntR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 239 aa  109  4.0000000000000004e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.466546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2160  GntR family transcriptional regulator  35 
 
 		 211 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0507248  normal  0.384122 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3139  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 284 aa  105  9e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00307264  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  35.79 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2090  GntR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 222 aa  104  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.047228  normal  0.700914 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2509  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 211 aa  103  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0825913 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2737  transcriptional regulator, GntR family  32.11 
 
 		 231 aa  102  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.224257 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4101  GntR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 247 aa  100  1e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6216  transcriptional regulator, GntR family  32.23 
 
 		 249 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.468686  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1848  transcriptional regulator, GntR family  31.86 
 
 		 211 aa  99.8  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  29 
 
 		 235 aa  99  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3293  GntR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 256 aa  99  5e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2039  GntR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 211 aa  98.6  7e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1124  transcriptional regulator, GntR family  34.85 
 
 		 223 aa  97.8  1e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2535  transcriptional regulator, GntR family  33.33 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3720  GntR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 222 aa  97.1  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4139  transcriptional regulator, GntR family  31.53 
 
 		 238 aa  97.1  2e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.773243 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2126  transcriptional regulator, GntR family  33.51 
 
 		 215 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199216  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2698  GntR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 232 aa  96.3  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132882 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1392  GntR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 224 aa  96.3  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0675425  normal  0.0999005 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2899  GntR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 226 aa  95.5  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  decreased coverage  0.0000458154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5947  GntR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 218 aa  95.5  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.386506  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 219 aa  95.5  6e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1667  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 226 aa  95.1  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.429941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4139  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3643  GntR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 255 aa  93.6  2e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 235 aa  93.2  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3780  GntR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 245 aa  93.2  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104971 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4020  GntR family transcriptional regulator  31 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4046  GntR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 255 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3944  transcriptional regulator, GntR family  31 
 
 		 258 aa  92.4  6e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0441  GntR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 233 aa  92  6e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2404  GntR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 230 aa  92  7e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3824  GntR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 262 aa  92  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1095  GntR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.103754 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6237  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.223321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6406  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.507804  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5092  GntR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 217 aa  90.9  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00344916 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3396  GntR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.296167  normal  0.56362 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6639  GntR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 233 aa  91.3  1e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.497673  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0644  GntR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 244 aa  90.1  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412108  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5798  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 234 aa  90.5  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4046  GntR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 235 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  28.5 
 
 		 229 aa  90.9  2e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>