More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4889 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  632  1e-180  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 307 aa  281  1e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  279  5e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 308 aa  278  1e-73  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 307 aa  277  2e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  45.97 
 
 		 309 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  46.31 
 
 		 309 aa  269  4e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  45.64 
 
 		 333 aa  268  5.9999999999999995e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 308 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 308 aa  266  5e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 308 aa  263  3e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 		 308 aa  259  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  46.04 
 
 		 326 aa  258  1e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 327 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  45.68 
 
 		 325 aa  254  1.0000000000000001e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  46.4 
 
 		 325 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  47.67 
 
 		 308 aa  253  3e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 308 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 314 aa  241  9e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1942  LysR family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 320 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000680141 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 345 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 320 aa  229  5e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  39.06 
 
 		 299 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.25 
 
 		 300 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 301 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.19 
 
 		 308 aa  207  1e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  37.71 
 
 		 300 aa  203  3e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  37 
 
 		 301 aa  202  8e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  37.34 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 315 aa  199  3.9999999999999996e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.16 
 
 		 330 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 432 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  36.63 
 
 		 305 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  38.44 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 310 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 320 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 299 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 306 aa  183  3e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 309 aa  183  3e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 318 aa  183  3e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 301 aa  180  2e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 306 aa  179  4e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 306 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  34.31 
 
 		 306 aa  175  9e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 304 aa  175  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 306 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6126  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.936354  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  36.2 
 
 		 306 aa  172  7.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 310 aa  172  9e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 331 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 		 314 aa  169  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  169  6e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  34.68 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 307 aa  169  7e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  33 
 
 		 300 aa  168  9e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  168  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  35.37 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 301 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 298 aa  167  2e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 306 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 306 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 303 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1544  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 309 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  35.37 
 
 		 304 aa  164  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  31.95 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 323 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.78 
 
 		 323 aa  163  3e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 333 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.24 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 315 aa  162  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 326 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 307 aa  161  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 316 aa  159  4e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.11 
 
 		 326 aa  159  8e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>