More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4735 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  66.86 
 
 
688 aa  897    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  100 
 
 
689 aa  1410    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  74.02 
 
 
689 aa  1037    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  66.57 
 
 
688 aa  894    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  66.86 
 
 
688 aa  898    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  66.86 
 
 
688 aa  897    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  66.86 
 
 
688 aa  897    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  66.86 
 
 
688 aa  897    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  73.29 
 
 
689 aa  1013    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.85 
 
 
693 aa  633  1e-180  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  49.49 
 
 
689 aa  629  1e-179  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  49.93 
 
 
685 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  49.78 
 
 
685 aa  619  1e-176  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  49.2 
 
 
687 aa  615  1e-175  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  50.51 
 
 
701 aa  614  9.999999999999999e-175  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.12 
 
 
685 aa  608  1e-173  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.05 
 
 
683 aa  608  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.42 
 
 
693 aa  606  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  49.06 
 
 
695 aa  605  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 
695 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.06 
 
 
709 aa  602  1.0000000000000001e-171  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.27 
 
 
693 aa  600  1e-170  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.91 
 
 
694 aa  598  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  49.56 
 
 
686 aa  601  1e-170  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.77 
 
 
695 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.55 
 
 
695 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  45.4 
 
 
699 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.61 
 
 
692 aa  572  1.0000000000000001e-162  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  45.28 
 
 
699 aa  556  1e-157  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  44.99 
 
 
691 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  45.13 
 
 
699 aa  555  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  44.99 
 
 
699 aa  553  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  44.84 
 
 
699 aa  552  1e-156  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.15 
 
 
710 aa  549  1e-155  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.81 
 
 
716 aa  543  1e-153  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  46.63 
 
 
703 aa  532  1e-150  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  46.21 
 
 
703 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  46.02 
 
 
696 aa  495  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  46.02 
 
 
696 aa  495  1e-139  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.92 
 
 
724 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.66 
 
 
709 aa  471  1.0000000000000001e-131  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  37.98 
 
 
678 aa  457  1e-127  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  38.27 
 
 
785 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4239  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.46 
 
 
695 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4349  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  48.46 
 
 
695 aa  451  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.967572  normal  0.71364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  37.79 
 
 
726 aa  448  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.5 
 
 
760 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02603  hypothetical protein  48.46 
 
 
695 aa  439  1e-121  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0697753  normal  0.14382 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.73 
 
 
726 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  35.97 
 
 
756 aa  412  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  35.91 
 
 
763 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.6 
 
 
1466 aa  392  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.765492  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2332  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with FHA and GAF sensor  44.32 
 
 
884 aa  386  1e-106  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35.56 
 
 
754 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0760  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.91 
 
 
1404 aa  381  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.231921  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.68 
 
 
736 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.02 
 
 
905 aa  380  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3448  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 
696 aa  379  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2656  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.69 
 
 
696 aa  379  1e-103  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  44.65 
 
 
1494 aa  378  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.45 
 
 
827 aa  376  1e-103  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2645  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with Chase sensor  45.43 
 
 
1093 aa  374  1e-102  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  35.22 
 
 
754 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4922  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.57 
 
 
617 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.051397 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  43.95 
 
 
1515 aa  373  1e-102  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.06 
 
 
1508 aa  372  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.19 
 
 
1504 aa  374  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3328  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.36 
 
 
965 aa  375  1e-102  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.928447  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0667  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.65 
 
 
1036 aa  375  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2728  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.98 
 
 
858 aa  375  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.19 
 
 
1504 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2297  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  41.49 
 
 
1025 aa  373  1e-102  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.93563  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.72 
 
 
1505 aa  370  1e-101  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1478  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.31 
 
 
740 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.06 
 
 
1508 aa  372  1e-101  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2380  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.31 
 
 
756 aa  372  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3125  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.82 
 
 
712 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.59 
 
 
754 aa  372  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60870  motility regulator  43.05 
 
 
1415 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.739569  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.06 
 
 
1508 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0661  signal transduction protein  43.94 
 
 
1006 aa  369  1e-101  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2620  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.66 
 
 
743 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.116694  normal  0.658047 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.82 
 
 
1508 aa  371  1e-101  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2681  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.16 
 
 
862 aa  370  1e-101  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4032  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.52 
 
 
1036 aa  371  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.661545 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5242  motility regulator  43.05 
 
 
1410 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.435118  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1311  hypothetical protein  41.8 
 
 
792 aa  367  1e-100  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1752  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.06 
 
 
659 aa  368  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.79 
 
 
633 aa  366  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.56 
 
 
754 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1308  hypothetical protein  41.88 
 
 
792 aa  365  2e-99  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0391  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.29 
 
 
1040 aa  365  2e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.519884  normal  0.119604 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  43.61 
 
 
721 aa  363  4e-99  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.81 
 
 
947 aa  363  6e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.39 
 
 
1511 aa  362  9e-99  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4493  PAS:GGDEF  40.78 
 
 
972 aa  361  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.267938  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4876  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  42.23 
 
 
1282 aa  361  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0958088  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  43.15 
 
 
721 aa  362  2e-98  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1138  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  42.48 
 
 
756 aa  361  3e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0305477  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3959  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.33 
 
 
855 aa  360  3e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>