More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4697 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4697  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  644    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.168024  normal  0.0438452 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6028  transcriptional regulator, LysR family  92.99 
 
 
315 aa  605  9.999999999999999e-173  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.276744 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2263  LysR family transcriptional regulator  92.36 
 
 
315 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.169056  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  81.67 
 
 
312 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4365  LysR family transcriptional regulator  81.33 
 
 
316 aa  529  1e-149  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000557933  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  76.74 
 
 
309 aa  481  1e-135  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  71.52 
 
 
315 aa  444  1e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 
311 aa  334  1e-90  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 
318 aa  311  7.999999999999999e-84  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2835  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 
309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2651  transcriptional regulator  47.65 
 
 
316 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3039  rubisco operon transcriptional regulator  49.83 
 
 
318 aa  294  1e-78  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.670925  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3204  transcriptional regulator, LysR family  50.17 
 
 
326 aa  294  1e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0357264  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2639  transcriptional regulator  50 
 
 
302 aa  285  5e-76  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  50.66 
 
 
315 aa  286  5e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 
301 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  48.97 
 
 
303 aa  284  2.0000000000000002e-75  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 
301 aa  280  3e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1394  LysR family transcriptional regulator  47.02 
 
 
305 aa  280  3e-74  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  48.65 
 
 
314 aa  277  2e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  44.37 
 
 
323 aa  276  2e-73  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3638  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 
316 aa  274  2.0000000000000002e-72  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000174199  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  44.77 
 
 
316 aa  272  6e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
327 aa  270  2e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1096  transcriptional regulator, LysR family  46.33 
 
 
300 aa  270  2.9999999999999997e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.816594  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1979  LysR family transcriptional regulator  45.03 
 
 
305 aa  268  1e-70  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 
309 aa  265  8e-70  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  43.43 
 
 
309 aa  265  8e-70  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  46.02 
 
 
308 aa  263  3e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  46.02 
 
 
332 aa  262  4e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
311 aa  261  8e-69  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 
320 aa  261  8e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  45.87 
 
 
316 aa  260  2e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2114  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 
307 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.307366  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4331  LysR family transcriptional regulator  44.22 
 
 
310 aa  259  3e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  44.83 
 
 
305 aa  258  1e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4044  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 
326 aa  258  1e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  40.85 
 
 
316 aa  257  2e-67  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1502  LysR family transcriptional regulator  45.58 
 
 
293 aa  257  2e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00504776  normal  0.0231273 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  43.14 
 
 
329 aa  256  5e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
320 aa  251  1e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  45.05 
 
 
307 aa  249  6e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2625  transcriptional regulator  40.96 
 
 
313 aa  246  4e-64  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.172216  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1091  transcriptional regulator, LysR family  41.52 
 
 
300 aa  245  6e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
314 aa  245  6.999999999999999e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0852  LysR family transcriptional regulator  41.58 
 
 
317 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  42.33 
 
 
325 aa  241  1e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4062  hypothetical protein  42.11 
 
 
302 aa  239  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.228225  normal  0.120917 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  42.71 
 
 
310 aa  238  8e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0213  transcriptional regulator, LysR family  42 
 
 
315 aa  238  1e-61  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.402452  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  40.62 
 
 
301 aa  237  2e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0873  transcriptional regulator, LysR family  41.91 
 
 
325 aa  237  2e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.164971  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2215  LysR family transcriptional regulator  42.26 
 
 
314 aa  237  2e-61  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.50368 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 
328 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1513  transcriptional regulator, LysR family  44.11 
 
 
326 aa  236  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5950  LysR family transcriptional regulator  40.61 
 
 
323 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00309473 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2957  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
323 aa  233  5e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.549224  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
322 aa  231  1e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
306 aa  229  5e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2283  LysR family transcriptional regulator  39 
 
 
318 aa  229  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0424839  normal  0.0241191 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 
322 aa  228  1e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  43.25 
 
 
309 aa  227  2e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1326  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
322 aa  227  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.138103  normal  0.40975 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4480  LysR family transcriptional regulator  41 
 
 
320 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.678379  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3968  LysR family transcriptional regulator  39.33 
 
 
322 aa  225  6e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.456128  normal  0.373765 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3755  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 
321 aa  226  6e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0901244  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0918  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 
329 aa  225  9e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.714097 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0318  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 
318 aa  224  2e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.109451  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3253  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 
342 aa  224  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.202061  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5247  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5858  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.845274  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4320  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.279054  hitchhiker  0.0097659 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3723  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 
322 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.162461  hitchhiker  0.00150053 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5002  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
317 aa  223  3e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  42.76 
 
 
316 aa  223  3e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5092  LysR family transcriptional regulator  40.4 
 
 
317 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.478333 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  40.4 
 
 
311 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5126  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
320 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.470567 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2983  LysR family transcriptional regulator  40.73 
 
 
317 aa  223  4e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  41.08 
 
 
320 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0942  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 
329 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0995816  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2414  LysR family transcriptional regulator  40.54 
 
 
309 aa  223  4.9999999999999996e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.43455  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3242  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 
317 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.42821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0978  LysR substrate-binding  40.92 
 
 
329 aa  222  6e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0950289 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3919  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 
313 aa  222  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
320 aa  222  7e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1508  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 
307 aa  222  7e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000734154  hitchhiker  0.000350474 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2695  LysR family transcriptional regulator  37.21 
 
 
312 aa  222  8e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.537624  normal  0.689503 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
311 aa  221  8e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 
320 aa  221  9e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02040  transcriptional regulator, LysR family  42.86 
 
 
315 aa  219  5e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.65232  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2282  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 
316 aa  219  7e-56  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.4 
 
 
316 aa  217  2e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0426  LysR family transcriptional regulator  39.02 
 
 
308 aa  217  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1550  LysR, substrate-binding  41.47 
 
 
319 aa  216  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2055  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 
297 aa  216  5e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.66522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2254  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 
299 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0160178  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0425  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 
314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>