More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_4435 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_4435  GntR domain-containing protein  100 
 
 
229 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4274  GntR domain protein  87.34 
 
 
229 aa  407  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5539  regulatory protein GntR HTH  45.21 
 
 
237 aa  175  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1469  GntR domain protein  40.36 
 
 
250 aa  155  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.934444  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4031  GntR domain-containing protein  42.48 
 
 
243 aa  155  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5177  regulatory protein GntR HTH  42.04 
 
 
238 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.835231  normal  0.258028 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5446  GntR domain protein  41.41 
 
 
237 aa  154  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0117781 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1157  GntR-like  41.03 
 
 
252 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00396004  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8124  GntR domain protein  38.12 
 
 
250 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3405  GntR family transcriptional regulator  38.74 
 
 
239 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3050  GntR domain-containing protein  38.74 
 
 
239 aa  142  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0593714 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6442  GntR domain protein  36.16 
 
 
254 aa  135  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.143546 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6265  GntR domain protein  35.71 
 
 
254 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.610791 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3981  GntR domain-containing protein  40.45 
 
 
233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3110  GntR family transcriptional regulator  34.63 
 
 
268 aa  123  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.371117  normal  0.954276 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
251 aa  123  3e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4644  GntR domain-containing protein  39.46 
 
 
274 aa  121  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.028465  normal  0.119949 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.48 
 
 
255 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  35.84 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
248 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  35.53 
 
 
249 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  36.61 
 
 
253 aa  119  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0823  GntR family transcriptional regulator  35.84 
 
 
274 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  35.09 
 
 
251 aa  117  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3321  GntR domain-containing protein  35.29 
 
 
240 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.580884  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3714  GntR family transcriptional regulator  36.09 
 
 
247 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.421261  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1804  GntR family transcriptional regulator  34.07 
 
 
247 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00283289  hitchhiker  0.0098314 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  38.01 
 
 
251 aa  116  3e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0833  GntR family transcriptional regulator  35.78 
 
 
272 aa  115  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0464324 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  32.74 
 
 
237 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  34.36 
 
 
251 aa  115  6e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3584  GntR-like  32.73 
 
 
275 aa  115  6e-25  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.532256  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0393  GntR domain protein  35.14 
 
 
238 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  33.19 
 
 
237 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  33.62 
 
 
247 aa  114  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5664  GntR domain protein  34.82 
 
 
248 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0098751  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  34.5 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
249 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  35.24 
 
 
254 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  35.75 
 
 
241 aa  112  4.0000000000000004e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  35.24 
 
 
249 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1590  GntR domain-containing protein  33.19 
 
 
273 aa  112  6e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.884635  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  33.03 
 
 
273 aa  111  8.000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0023  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
246 aa  110  3e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0020  GntR family transcriptional regulator  33.78 
 
 
246 aa  110  3e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4745  GntR domain-containing protein  33.77 
 
 
249 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00100625 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6605  GntR domain protein  36.06 
 
 
246 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00449422 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1885  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
248 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  35.96 
 
 
215 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  35.17 
 
 
249 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  32.46 
 
 
270 aa  106  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  35.17 
 
 
249 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  35.17 
 
 
249 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  34.75 
 
 
253 aa  105  6e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  34.39 
 
 
238 aa  105  8e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  35.17 
 
 
253 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1995  GntR family transcriptional regulator  31.82 
 
 
268 aa  105  8e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00626171  normal  0.663234 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05190  Transcriptional regulatory protein, GntR family  35.84 
 
 
252 aa  104  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1455  transcriptional regulator, GntR family  32.39 
 
 
218 aa  103  2e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1353  transcriptional regulator, GntR family  33.5 
 
 
218 aa  103  2e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0253  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
262 aa  103  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.6565  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1795  GntR domain protein  31.82 
 
 
272 aa  102  4e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.02855  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  35.35 
 
 
245 aa  102  4e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  32.55 
 
 
244 aa  102  5e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  33.33 
 
 
232 aa  102  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1043  GntR domain-containing protein  34.75 
 
 
253 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3991  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
218 aa  102  7e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.401302  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1046  GntR domain-containing protein  34.75 
 
 
253 aa  101  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1415  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
218 aa  101  8e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  32.72 
 
 
242 aa  101  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1428  GntR family transcriptional regulator  30.57 
 
 
245 aa  100  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.138717  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1321  regulatory protein GntR HTH  37.12 
 
 
240 aa  100  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  2.57427e-29 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4447  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
252 aa  100  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.614266  normal  0.249195 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  33.49 
 
 
238 aa  100  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  34.78 
 
 
243 aa  100  2e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1141  GntR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
233 aa  100  3e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.536549  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  34.42 
 
 
250 aa  99.4  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2069  GntR domain-containing protein  33.79 
 
 
225 aa  99  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.354488  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1215  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
218 aa  99  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0659277  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1193  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
218 aa  99  5e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1314  GntR family transcriptional regulator  33 
 
 
218 aa  99  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1391  transcriptional regulator, GntR family  33 
 
 
218 aa  99  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4759  GntR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
259 aa  99  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0000856086  hitchhiker  0.00798136 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0954  GntR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
255 aa  98.6  8e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.709612  hitchhiker  0.000000169252 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2904  GntR domain protein  36.68 
 
 
240 aa  98.6  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111996  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3405  GntR domain protein  30.97 
 
 
239 aa  98.2  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  8.69353e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1195  GntR family transcriptional regulator  32.51 
 
 
218 aa  97.8  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.187106  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  33.64 
 
 
239 aa  97.8  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4633  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 
233 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.320715  hitchhiker  0.000883916 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  33.77 
 
 
241 aa  97.4  2e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3408  GntR domain protein  32.13 
 
 
253 aa  96.7  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  33.82 
 
 
218 aa  97.1  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4768  GntR domain-containing protein  33.8 
 
 
233 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.907496  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4100  GntR domain protein  32.6 
 
 
236 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5742  GntR domain protein  30.8 
 
 
233 aa  96.3  3e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.343946  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3731  GntR domain protein  32.13 
 
 
238 aa  96.7  3e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
233 aa  95.9  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
247 aa  95.9  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3829  GntR domain-containing protein  31.28 
 
 
237 aa  95.9  5e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.710957  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>