More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3905 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_3905  porin  100 
 
 
413 aa  842    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6771  porin Gram-negative type  77.6 
 
 
379 aa  593  1e-168  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0165431  normal  0.243338 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0484  outer membrane porin protein precursor  73.14 
 
 
377 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0302  outer membrane porin  73.14 
 
 
377 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0289  outer membrane porin  73.14 
 
 
377 aa  560  1e-158  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3345  outer membrane porin, putative  72.61 
 
 
377 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3333  porin  72.61 
 
 
377 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2079  porin  72.61 
 
 
377 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3014  porin  72.61 
 
 
377 aa  556  1e-157  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0260  porin  72.94 
 
 
378 aa  554  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3008  porin  71.01 
 
 
373 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2394  porin  71.01 
 
 
373 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.636281  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3027  porin  71.01 
 
 
373 aa  528  1e-149  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6354  outer membrane protein, (porin)  73.18 
 
 
373 aa  520  1e-146  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401571  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3002  porin  70.48 
 
 
373 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.703821  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3052  porin  70.16 
 
 
384 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2917  porin  69.63 
 
 
384 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0061  porin  46.79 
 
 
363 aa  302  6.000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0431794  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2074  porin  48.91 
 
 
360 aa  293  3e-78  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2282  porin  45.84 
 
 
357 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3099  outer membrane porin  46.07 
 
 
354 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.345873  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1323  outer membrane porin protein precursor  46.07 
 
 
357 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2974  outer membrane porin  46.07 
 
 
354 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.598026  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3372  porin Gram-negative type  44.5 
 
 
376 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3025  porin Gram-negative type  44.24 
 
 
376 aa  266  7e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3091  outer membrane porin signal peptide protein  44.91 
 
 
376 aa  263  3e-69  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.314497  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0374  OmpC family outer membrane porin  41.97 
 
 
382 aa  260  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.299269  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5535  porin Gram-negative type  36.91 
 
 
391 aa  231  2e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.438233 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5216  porin  38.21 
 
 
354 aa  214  2.9999999999999995e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6127  porin  38.76 
 
 
355 aa  203  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000616948  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1756  porin Gram-negative type  37.31 
 
 
355 aa  202  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.448713 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5974  porin OmpC  37.31 
 
 
355 aa  202  8e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0182107  normal  0.0474626 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5118  outer membrane porin  38.22 
 
 
355 aa  199  6e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4221  outer membrane porin  35.2 
 
 
362 aa  199  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5721  outer membrane porin  37.4 
 
 
352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5137  porin  36.04 
 
 
368 aa  194  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4230  outer membrane porin  36.57 
 
 
379 aa  193  4e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000540205  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4344  porin  35.52 
 
 
371 aa  191  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4834  putative outer membrane pore protein (gram-negative type)  37.04 
 
 
353 aa  190  4e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000215004  normal  0.0137442 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2735  porin Gram-negative type  34.68 
 
 
392 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.396659  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3100  porin Gram-negative type  34.68 
 
 
392 aa  184  3e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0029  porin  42.03 
 
 
264 aa  181  2e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3234  porin  34.64 
 
 
401 aa  179  9e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6305  porin  36.73 
 
 
356 aa  177  4e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2134  porin  34.95 
 
 
387 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.543846  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3210  porin Gram-negative type  36.27 
 
 
368 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3097  porin  35.96 
 
 
402 aa  172  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2863  porin Gram-negative type  33.84 
 
 
374 aa  169  9e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.180964 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5999  porin  36.44 
 
 
352 aa  169  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.565883  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5757  outer membrane porin  36.43 
 
 
387 aa  168  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2855  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.01 
 
 
389 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2933  putative porin signal peptide protein  33.67 
 
 
379 aa  167  4e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02059  porin signal peptide protein  32.81 
 
 
347 aa  166  5e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000217082  normal  0.648974 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4491  porin  33.5 
 
 
358 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.450812  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3410  porin Gram-negative type  33.16 
 
 
386 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.670382 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0008  OmpC family outer membrane porin  33.42 
 
 
365 aa  163  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3064  porin Gram-negative type  32.91 
 
 
386 aa  162  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1599  putative outer membrane porin signal peptide protein  33.89 
 
 
386 aa  161  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.102431  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3347  porin Gram-negative type  33.08 
 
 
348 aa  161  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.735046 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4239  outer membrane porin  33.83 
 
 
377 aa  160  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.983201  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1639  porin  31.46 
 
 
367 aa  160  4e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0946277  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3000  porin Gram-negative type  33.68 
 
 
348 aa  160  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1733  porin  32.77 
 
 
398 aa  159  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0848216  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6031  porin  32.83 
 
 
383 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.00960697  normal  0.0888656 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4991  porin  32.61 
 
 
393 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.156454  normal  0.214455 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4171  porin  33.85 
 
 
381 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.315389  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2273  outer membrane porin protein  33.5 
 
 
449 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1717  OmpC family outer membrane porin  34.68 
 
 
352 aa  156  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.339565  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2059  porin Gram-negative type  34.6 
 
 
351 aa  155  1e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.806422 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3855  porin  33.9 
 
 
388 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2320  outer membrane protein (porin)-like  34.72 
 
 
381 aa  154  2e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5468  porin  30.81 
 
 
383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00161783  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4547  outer membrane porin signal peptide protein  32.28 
 
 
385 aa  154  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000157102  normal  0.308815 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5394  porin  30.81 
 
 
383 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00342687 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0947  outer membrane porin  34.55 
 
 
363 aa  154  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.651765  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1032  outer membrane porin  34.55 
 
 
363 aa  154  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4876  porin  30.32 
 
 
383 aa  154  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1131  porin  34.55 
 
 
363 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1505  putative outer membrane porin  34.55 
 
 
363 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0794813  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0109  putative outer membrane porin  34.55 
 
 
363 aa  153  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4800  porin  35.05 
 
 
367 aa  153  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0160312  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05376  porin signal peptide protein  33.09 
 
 
368 aa  152  8e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0326647 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2100  porin  32.29 
 
 
367 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1728  porin  33.77 
 
 
363 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4702  porin  31.01 
 
 
383 aa  151  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218408  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4416  porin Gram-negative type  32.58 
 
 
354 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4306  porin Gram-negative type  32.58 
 
 
354 aa  150  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.273779  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5031  porin  30.05 
 
 
357 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4994  porin  34.63 
 
 
381 aa  150  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.211824  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4500  outer membrane protein, (porin)  33.58 
 
 
386 aa  149  7e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.048827  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3786  putative outer membrane porin  33.09 
 
 
391 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1357  porin  33.82 
 
 
386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0495362  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0875  porin  33.82 
 
 
386 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3709  porin Gram-negative type  32.53 
 
 
383 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0741295  hitchhiker  0.00542912 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1338  porin  34.05 
 
 
386 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490298  normal  0.0334295 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6252  porin  32.46 
 
 
353 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0400  porin  27.8 
 
 
375 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.676022  normal  0.200977 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5539  porin  30.81 
 
 
386 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5288  outer membrane porin  32.32 
 
 
386 aa  145  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.13289 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1157  porin  36.5 
 
 
379 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>