More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_3210 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010623  Bphy_3210  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  49.65 
 
 		 303 aa  251  8.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6114  transcriptional regulator, LysR family  48.23 
 
 		 311 aa  250  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  45.75 
 
 		 306 aa  246  3e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 299 aa  240  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  43.75 
 
 		 300 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  44.44 
 
 		 300 aa  230  2e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  47.52 
 
 		 313 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  43.38 
 
 		 299 aa  221  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 300 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 311 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  35.56 
 
 		 331 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  36.09 
 
 		 329 aa  169  4e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3202  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 319 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3365  LysR substrate-binding  35.46 
 
 		 320 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.415783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3766  transcriptional regulator, LysR family  35.14 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.763855  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.58 
 
 		 307 aa  157  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 335 aa  145  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 312 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.73 
 
 		 318 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5882  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 325 aa  143  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1721  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0891841  normal  0.236435 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 325 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2004  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 304 aa  139  6e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4059  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.870241  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  36.82 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 328 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 312 aa  133  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.55 
 
 		 323 aa  132  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  29.22 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3155  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 320 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4037  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  32.06 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2041  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.881958  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3701  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.037732  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.28 
 
 		 295 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0935  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0897  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 306 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.536186  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4206  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 316 aa  126  5e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.46291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 308 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 341 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 345 aa  125  8.000000000000001e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2999  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0222348  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  34.35 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 319 aa  124  1e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  34.35 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1195  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.279757  normal  0.378839 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0637  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  122  5e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  29.72 
 
 		 307 aa  123  5e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3859  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 308 aa  123  5e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000207692 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.91 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  34.91 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.69 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2084  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 323 aa  119  7e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.911939  normal  0.0802538 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.24 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3382  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4069  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 324 aa  117  3.9999999999999997e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.35 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3414  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 324 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7653  Transcriptional regulator  32.95 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3132  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 308 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.168013  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.19 
 
 		 334 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  34.35 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.94 
 
 		 301 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 307 aa  113  5e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6263  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1567  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 313 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  29.13 
 
 		 294 aa  112  9e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.24 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  32.24 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>